<div dir="ltr"><div>Hi Lauren,</div><div>Thanks for using my software. What messages do you see from Relion? You must check both the run.out and run.err files for the extraction job - a major hint is any "particle outside micrograph" warning.</div><div><br></div><div>In all our image processing suites but one (nextPYP), particle extraction (using coordinates to duplicate the data around each particle into small images of uniform size) is a required preprocessing step for single-particle analysis jobs. It is up to you whether to import your new micrographs from Relion MotionCorr back into cryoSPARC, or to extract in relion. However, you will notice that the micrographs from Relion are upside-down relative to the ones from cryoSPARC, because Relion flips any .tif file when it is read into memory. Further, Relion and cryoSPARC also use opposite conventions for the Y origin. Further further again, cryoSPARC Import Particle jobs assume the Relion convention in the .star file - the coordinates are inverted. Thus csparc2star.py has several options to account for all use cases.</div><div><br></div><div>default : exported coordinates are inverted, so that the same micrographs can be used for extraction in Relion (as mentioned this was the only use case in the first versions of cryoSPARC)</div><div>--inverty : exported coordinates are not inverted, so that if they are imported back into cryoSPARC, they will work, e.g. if you only run Class3D in Relion</div><div>--flipy : no effect on coordinates, but flips CTF angles to account for the upside-down images (one can always run CTF estimation again instead)</div><div><br></div><div>I recommend you always inspect the pick locations on the micrographs either manually, with relion_display, or back in cryoSPARC to avoid wasting time by extracting with wrong coordinates. They can also be verified by running 2D classification again, but it's less efficient.</div><div><br></div><div>The same issue will also affect the use of an empirical gain reference produced by relion_estimate_gain. If your data is from a Gatan camera, you will need to use the opposite gain flip (in Y) vs. the gain saved from DM and converted by e2proc2d.py (EMAN2) or dm2mrc (IMOD).</div><div><br></div><div>More details, discussion, examples, etc. can be found on the pyem issue tracker and wiki on github.</div><div><a href="https://urldefense.com/v3/__https://github.com/asarnow/pyem__;!!Mih3wA!EYimMhBqGpR-E8kdz4pCHVhY8OP3Wtu9MEGXvKoqvtg0EkWO-hj_3sjrEvrsXcSDRyJeEfdF_W7XlDbyP5k$">https://github.com/asarnow/pyem</a></div><div><br></div><div>Best,</div><div>-da</div></div><br><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Oct 16, 2025 at 10:55 AM Lauren Pellows via 3dem <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg4484945620659677818">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Hi all, </div>
<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I am new to cryoEM field and have been working in Cryosparc for all my processing. I am now wanting to use Relion and have been trying to figure out how to import the particles I extracted in cryosparc into relion. I wanted to reprocess my raw micrographs in
 relion so I imported those ran motion correction and CTF estimation on those. After that I ran csparc2spar on my cryosparc data and now have my particles in a .star file. I also have gone into the particle.star file made sure the _rlnMicrographName in the
 star file to match the relion processes images. I have now imported the particles.star file into relion but when I run the extraction job I don't get any extracted particles. </div>
<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I have been reading online and can't find anything conclusive on if I need to run the extraction job. I have read that I dont need run the extraction job since the particles.star file should have all the metadata on the particles, and I can just use the particles.star
 to run my jobs. I also read that I can rerun the extraction job using the particle coordinates from cryosparc. Since these feel counter intuitive and I keep getting errors I am not sure what to do next. I know that this is a very typically workflow that people
 do so im hoping this is a pretty straightforward question. Any help or advice anyone has would be a great help!! </div>
<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Thank you so much, </div>
<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Lauren Pellows, PhD</div>
<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Postdoctoral Fellow </div>
<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Dukovic Lab</div>
<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
University of Colorado, Boulder </div>
<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
</div></blockquote></div>