<div dir="ltr"><div>Hi Daniel,</div><div><br></div><div>Thanks for the inputs. Basically there are two copies of the ligand , one each bound to either of the chains of the main protein dimer. Each copy has one covalent bond that it forms with the respective Cysteine in each chain.</div><div><br></div><div>I am going through the linked paper.</div><div><br></div><div>I have some experience with using ISOLDE and will try generating the combined parameters and using them.</div><div><br></div><div>Thanks again for your help.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Sagnik</div></div><br><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Oct 15, 2025 at 6:19 PM Daniel Asarnow <<a href="mailto:dasarnow@gmail.com">dasarnow@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi Sagnik,</div><div>Are there two copies of the molecule/does it have two reactive moieties? Or is it a case where you see both in superposition in the map but each copy only has one covalent bond formed?</div><div><br></div><div>If the latter you may find this paper interesting.</div><div><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.science.org/doi/full/10.1126/science.aaw2922__;!!IKRxdwAv5BmarQ!bwMVJRtzlZtnyQhA-s7uAcXqW29v66BdL_MN3JxES3g7dzbVH4j7YWIbA5qWrWMMrvv0fOV3bU3e_vGZa1s$" target="_blank">https://www.science.org/doi/full/10.1126/science.aaw2922</a></div><div><br></div><div>To supplement Dom's reply, you can also use those elbow parameters with ISOLDE in ChimeraX and use the ISOLDE > Model building > Make bond action to create a new bond. Though you may need to generate parameters for a combined residue along the lines of e.g. P1L (palmitocysteine) to continue the simulation.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>-da</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Oct 15, 2025 at 8:20 AM Sagnik Sen via 3dem <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear all,</div><div><br></div><div>We have a sample where a small molecule ligand is bound to a homodimer protein. It forms covalent bonds with the Sulfur of a Cysteine on both the chains. We currently have a cryoEM map of 2.5 <span><span><span>Å</span></span></span> and we can clearly see the ligand density on both the chains, after fitting the protein model to the map. </div><div><br></div><div>We are also able to roughly fit the ligand using Coot but seek inputs with respect to forming the bond. Placement of the ligand in the density near to the Cysteine and doing real space refinement does not make the bond. </div><div><br></div><div>We do have a PDB and restraints file for the ligand, made using Phenix eLBOW. Do we need to edit the PDB files for both the protein and the ligand to make the link? IF so, what is a good way to do that? </div><div><br></div><div>Or is there a way to fit this using Phenix?</div><div><br></div><div>Thanks and best regards,</div><div>Sagnik </div></div>
_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://urldefense.com/v3/__https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem__;!!IKRxdwAv5BmarQ!bwMVJRtzlZtnyQhA-s7uAcXqW29v66BdL_MN3JxES3g7dzbVH4j7YWIbA5qWrWMMrvv0fOV3bU3eHOt0qAs$" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
</blockquote></div>
</blockquote></div>