<div dir="ltr"><div>Dear all,</div><div><br></div><div>We have a sample where a small molecule ligand is bound to a homodimer protein. It forms covalent bonds with the Sulfur of a Cysteine on both the chains. We currently have a cryoEM map of 2.5 <span><span><span class="gmail-kqEaA gmail-z8gr9e">Å</span></span></span> and we can clearly see the ligand density on both the chains, after fitting the protein model to the map. </div><div><br></div><div>We are also able to roughly fit the ligand using Coot but seek inputs with respect to forming the bond. Placement of the ligand in the density near to the Cysteine and doing real space refinement does not make the bond. </div><div><br></div><div>We do have a PDB and restraints file for the ligand, made using Phenix eLBOW. Do we need to edit the PDB files for both the protein and the ligand to make the link? IF so, what is a good way to do that? </div><div><br></div><div>Or is there a way to fit this using Phenix?</div><div><br></div><div>Thanks and best regards,</div><div>Sagnik </div></div>