<div dir="ltr"><div>Hi Scott,</div><div>You can use the "import micrographs" job to import micrographs into cryoSPARC using an appropriate wildcard or by creating symbolic links in a new directory. For example, in the relion project directory:</div><div><span style="font-family:monospace">mkdir csimport; cd csimport</span></div><div><span style="font-family:monospace">for i in $(relion_star_printtable ../selected_micrographs.star data_micrographs rlnMicrographName); do ln -s ../$i -t .; done</span></div><div>You will have to run CTF estimation again in cryoSPARC, however fortunately 1) it is cheap and 2) Patch CTF is in my experience superior even to per-particle estimates unless the particles are quite large or there is significant residual beam tilt.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>-da</div></div><br><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jun 26, 2025 at 10:08 AM justacuriousone01--- via 3dem <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div dir="auto"><p style="font-style:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">Dear 3DEM community,</p><p style="font-style:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">I’m looking for a way to export a subset of micrographs—already motion-corrected and CTF-estimated in RELION—for further processing in CryoSPARC, starting from Patch Motion Correction.</p><p style="font-style:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">Is there an easy or recommended method to transfer selected micrographs between the two softwares? If anyone knows of a script or best practice for this workflow, I’d really appreciate your help.</p><p style="font-style:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">Kind regards,<br>Scott</p></div><div><br></div></div>_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
</blockquote></div>