
<div dir="ltr"><div>To supplement the nice answers from Matthijn, Kimberly, Jaap.</div><div><br></div><div>Our wet lab, grid prep room, and microscopes are all in BSL2. In my opinion, the primary concern for BSL2 is grid recovery, as culturing something from a thawed grid might actually be possible. We simply recover BSL2 grids from LN2 into a tube of bleach, and eventually the tube is discarded via the regular BSL2 biohazard waste stream. One can compare to how pipette tips or cryopreservation tubes are handled in tissue culture. We also wipe down inside the GP2 with 70% ethanol, as well as the freezing/clipping tools, and use a slide warmer at a fairly high temperature just inside the range for heat inactivation for good measure (>45˚C). On the Vitrobot, an Aclar "anti-contamination" ring can be placed behind the filter paper to prevent media soaking into the foam pads (also makes papers behave better in the GP2, can be made by hand or purchased from Subangstrom, they seem to be infinitely reusable). The filter papers and so forth go in regular biohazard waste. Typically used grid boxes already get soaked in ethanol or IPA to clean the labels (aside: colored ink is easier to remove).</div><div><br></div><div>Best,</div><div>-da</div></div><br><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jun 12, 2025 at 6:47 AM Jason NG (CPOS) via 3dem <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg5933071631785228036">


<div dir="ltr">

<div style="text-align:left;text-indent:0px;margin-top:1em;margin-bottom:1em;font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">

Dear Matthijn and Kim,</div>

<div style="text-align:left;text-indent:0px;margin-top:1em;margin-bottom:1em;font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">

Thank you both for your thoughtful responses and for sharing your valuable experiences.</div>

<div style="text-align:left;text-indent:0px;margin-top:1em;margin-bottom:1em;font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">

Matthijn, I appreciate your clarification on the physics of cryo-TEM conditions. I apologize for not doing enough research before raising my initial question. As I understand now, under standard cryo-EM doses (such as 20–60 e⁻/Å² for single particle analysis

 or 100–120 e⁻/Å² for tomography), the risk is extremely low. However, I am curious about what might happen at much higher doses—on the order of thousands of e⁻/Å². Would such extreme irradiation potentially change the situation? From my current understanding,

 cryo-TEM operates far below both the triple point pressure and temperature of water, placing the sample firmly in the solid or vapor region of the phase diagram, where aerosol formation is not possible. Thus, the question is whether there might be any potential

 risks associated with the vapor that is formed under these conditions.</div>

<div style="text-align:left;text-indent:0px;margin-top:1em;margin-bottom:1em;font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">

Additionally, I am interested in situations where the sample might inadvertently warm up in the TEM, for example, due to insufficient liquid nitrogen or a vacuum pump failure. Would there be any recommended follow-up procedures in such scenarios?</div>

<div style="text-align:left;text-indent:0px;margin-top:1em;margin-bottom:1em;font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">

Kim, thank you for sharing your insights on the practical aspects of equipment disposal. It is certainly an important concern, and we will communicate with our local TFS engineer regarding this. Fortunately, our vacuum pumps have been quite stable over the

 past half year, and no replacement has been required so far.</div>

<div style="text-align:left;text-indent:0px;margin-top:1em;margin-bottom:1em;font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">

Thank you both again for your guidance and support.</div>

<div style="text-align:left;text-indent:0px;margin-top:1em;margin-bottom:1em;font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">

Best regards,<br>

Jason</div>

<div id="m_5933071631785228036appendonsend"></div>

<hr style="display:inline-block;width:98%">

<div id="m_5933071631785228036divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Gibson, Kimberley <<a href="mailto:kimberley.gibson@yale.edu" target="_blank">kimberley.gibson@yale.edu</a>><br>

<b>Sent:</b> Thursday, June 12, 2025 21:04<br>

<b>To:</b> Jason NG (CPOS) <<a href="mailto:jasonng.cpos@hku.hk" target="_blank">jasonng.cpos@hku.hk</a>>; Matthijn VOS <<a href="mailto:matthijn.vos@pasteur.fr" target="_blank">matthijn.vos@pasteur.fr</a>><br>

<b>Cc:</b> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a> <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>

<b>Subject:</b> Re: [3dem] Seeking Advice on BSL-2 CryoEM Laboratory Setup and Safety Protocols</font>

<div> </div>

</div>


<div dir="ltr">

<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">

Hi Jason, </div>

<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">

<br>

</div>

<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">

Typically, at BSL-2, all equipment can be operated under normal conditions - i.e. in the open on a lab bench (Vitrobot or Leica  GPS) with special considerations for the evacuation of N2 gas or Ethane and Ethane/Propane mixtures. </div>

<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">

<br>

</div>

<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">

Issues regarding BSL-2 have only arisen during disposal of equipment. TFS was not allowed to ship an old Ion Getter Pump overseas (from the US back to Eindhoven, NL) if the microscope operated in a BLS-2 lab. The IGP had to be disposed of locally and typically

 sprayed down with Ethanol prior to disposal. I have also sprayed an old Peltier device removed from a Vitrobot and sent it for electronic waste disposal. </div>

<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">

<br>

</div>

<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">

Best, </div>

<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">

<br>

</div>

<div style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">

Kim</div>

<div id="m_5933071631785228036x_Signature">

<div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:8pt;color:rgb(0,0,0)">

<br>

</div>

<div id="m_5933071631785228036x_divtagdefaultwrapper">

<div id="m_5933071631785228036x_divtagdefaultwrapper"></div>

</div>

</div>

<div id="m_5933071631785228036x_appendonsend"></div>

<hr style="display:inline-block;width:98%">

<div id="m_5933071631785228036x_divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> 3dem <<a href="mailto:3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu</a>> on behalf of Matthijn VOS via 3dem <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>

<b>Sent:</b> Thursday, June 12, 2025 06:32<br>

<b>To:</b> Jason NG <<a href="mailto:jasonng.cpos@hku.hk" target="_blank">jasonng.cpos@hku.hk</a>><br>

<b>Cc:</b> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a> <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>

<b>Subject:</b> Re: [3dem] Seeking Advice on BSL-2 CryoEM Laboratory Setup and Safety Protocols</font>

<div> </div>

</div>

<div dir="auto">

<div dir="ltr"></div>

<div dir="ltr">Dear Jason,</div>

<div dir="ltr"><br>

</div>

<div dir="ltr">could you explain the physics hiw sn electron beam can create aerosols on a solid sample ar -196 degrees in ultra high vacuum (orders of magnitude under the tripple point of water)</div>

<div dir="ltr"><br>

</div>

<div dir="ltr">I don’t see how this is possible.</div>

<div dir="ltr"><br>

</div>

<div dir="ltr">cheers</div>

<div dir="ltr"><br>

</div>

<div dir="ltr">Matthijn </div>

<div dir="ltr"><br>

<blockquote type="cite">On Jun 12, 2025, at 11:01, Jason NG (CPOS) via 3dem <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>> wrote:<br>

<br>

</blockquote>

</div>

<blockquote type="cite">

<div dir="ltr">


<div>

<p><span style="font-size:11pt">Dear CryoEM Community,</span></p>

<p><span style="font-size:11pt"> </span></p>

<p><span style="font-size:11pt">We are currently evaluating the risks of becoming BSL-2 CryoEM laboratory and would greatly appreciate your guidance on several safety and setup considerations.</span></p>

<p><span style="font-size:11pt"> </span></p>

<p><span style="font-size:11pt">Specifically, we are interested in understanding:</span></p>

<ul type="disc" style="margin-top:0cm">

<li><span style="font-size:11pt">Given that the electron beam can potentially generate aerosols or cause warming within TEMs, what disinfection protocols or measures have you found effective for maintaining biosafety?</span></li><li><span style="font-size:11pt">Is implementing negative room pressure necessary in a CryoEM lab at BSL-2?</span></li><li><span style="font-size:11pt">For sample preparation instruments such as the TFS Vitrobot and Leica GP2, is it recommended to place them inside a biosafety cabinet? How about large instruments like the Leica ICE—are there

 specific safety measures we should consider?</span></li></ul>

<p><span style="font-size:11pt"> </span></p>

<p><span style="font-size:11pt">Your insights and experiences would be extremely helpful as we evaluate the best practices for creating a safe and effective CryoEM environment. Thank you very much for your time and guidance.</span></p>

<p><span style="font-size:11pt"> </span></p>

<p style="background:white"><span style="font-size:10pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Best Regards,</span></p>

<p style="background:white"><span style="font-size:10pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Jason NG</span></p>

<p style="background:white"><span style="font-size:10pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:rgb(84,141,212)">Senior Technical Assistant</span></p>

<p style="background:white"><span style="font-size:10pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:rgb(84,141,212)">LKS Cryo-EM Laboratory</span><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:rgb(33,33,33)"></span></p>

<p style="background:white"><span style="font-size:10pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black"> </span><span style="color:rgb(33,33,33)"></span></p>

<p style="background:white"><span style="color:black"></span></p>

<div><image001.jpg></div>

<span style="font-size:10pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black"> </span><span style="color:rgb(33,33,33)"></span>

<p></p>

<p style="background:white"><span style="font-size:10pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:black"> </span><span style="color:rgb(33,33,33)"></span></p>

<p style="background:white"><span style="font-size:10pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:rgb(31,78,121)">Centre for PanorOmic Sciences</span><span style="color:rgb(33,33,33)"></span></p>

<p style="background:white"><span style="font-size:10pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:rgb(31,73,125)">LLG03, Laboratory Block</span></p>

<p style="background:white"><span style="font-size:10pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:rgb(31,73,125)">21 Sassoon Road, Pokfulam, Hong Kong</span></p>

<p style="background:white"><span style="font-size:10pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:rgb(31,73,125)">P: +852 3910-3528</span><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:rgb(33,33,33)"></span></p>

<p style="background:white"><span style="font-size:10pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:rgb(31,73,125)">E: </span><span style="font-size:10pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:rgb(31,78,121)"><a href="mailto:jasonng.cpos@hku.hk" target="_blank"><span style="color:rgb(70,120,134)">jasonng.cpos@hku.hk</span></a></span></p>

<p style="background:white"><span style="font-size:10pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:rgb(31,73,125)">W: </span><span style="color:rgb(31,78,121)"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://cpos.hku.hk/__;!!Mih3wA!B5co-igM_UHRmCF1lSC-8fHY1eebmRgfFqxjKo2KEWhA_VnVBHdVH1ZLRO9f_JY6lLds5D1C_SANjg3mKpVKQaHmXg$" target="_blank"><span style="font-size:10pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:blue">https://cpos.hku.hk</span></a></span><span style="color:rgb(33,33,33)"></span></p>

<p><a href="https://urldefense.com/v3/__http://www.facebook.com/cposhku__;!!Mih3wA!B5co-igM_UHRmCF1lSC-8fHY1eebmRgfFqxjKo2KEWhA_VnVBHdVH1ZLRO9f_JY6lLds5D1C_SANjg3mKpXC2V-dIQ$" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif;color:rgb(31,73,125);text-decoration:none"></span></a></p>

<div><image002.png></div>

<span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif;color:rgb(31,73,125)"> </span><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.instagram.com/hkucpos__;!!Mih3wA!B5co-igM_UHRmCF1lSC-8fHY1eebmRgfFqxjKo2KEWhA_VnVBHdVH1ZLRO9f_JY6lLds5D1C_SANjg3mKpX6V0tH6g$" target="_blank"><span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif;color:rgb(31,73,125);text-decoration:none">

<div><image003.png></div>

</span></a><span style="font-family:"Arial",sans-serif;color:rgb(31,73,125)"></span><a href="https://urldefense.com/v3/__https://twitter.com/hkucpos__;!!Mih3wA!B5co-igM_UHRmCF1lSC-8fHY1eebmRgfFqxjKo2KEWhA_VnVBHdVH1ZLRO9f_JY6lLds5D1C_SANjg3mKpXWoJl-nQ$" target="_blank"><span style="color:rgb(31,78,121);text-decoration:none">

<div><image004.png></div>

</span></a><span lang="EN-US"></span>

<p></p>

<p> </p>

</div>

<span>_______________________________________________</span><br>

<span>3dem mailing list</span><br>

<span><a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a></span><br>

<span><a href="https://urldefense.com/v3/__https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem__;!!JFdNOqOXpB6UZW0!vaLVgSx1I7GvPS5Vt6M0KpJ3i9__CnfGfi6zybjMWW1NFpyKqwVEqoiegVHg31sBnQz_rajNqphhXN2eu3VSFK0$" target="_blank">https://urldefense.com/v3/__https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem__;!!JFdNOqOXpB6UZW0!vaLVgSx1I7GvPS5Vt6M0KpJ3i9__CnfGfi6zybjMWW1NFpyKqwVEqoiegVHg31sBnQz_rajNqphhXN2eu3VSFK0$</a>

</span><br>

</div>

</blockquote>

</div>

</div>

</div>


_______________________________________________<br>

3dem mailing list<br>

<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>

<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>

</div></blockquote></div>