
<html>


<head>


<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">


</head>


<body dir="auto">


<div dir="ltr"></div>


<div dir="ltr">Dear Jason,</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">there are to my knowledge (having worked for FEI and TF for quite a long time) only 2 scenarios: </div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">-if the filling fails the nitrogen is not refilled. the microscope will slowly warm up over hours because there is no active heating.</div>


<div dir="ltr">-the sample warms up either in vacuum, which will result in freeze drying or the vacuum also fails which will result in a liquids state at some point.</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">However, the column is closed and has many protection valves. failing if the pumps will not result in instant loss of vacuum be a degraded state that is still below the triple point. I think you actively need to vent the column to break the vacuum


 of an autoloader system.</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">The only way that via an airflow one could get aerosols is if the sample goes through liquid state while the column is aired at exactly the same time? how would that work exactly? To my knowledge this scenario is impossible</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">making gas with the electron beam also needs to consider the area. the ultra high dose can only be reached by illuminating a very small area. but the still, which particles will come off? are you suggesting we can ionize full bacteria and virus


 particles and make then “fly” in a vacuum like a mass spec? or evaporation? infectious particles are not atoms and molecules one can evaporate like water. how would a herpes virus evaporate? and evaporate out of a solid block of ice, since we determined the


 liquid state can not be made.</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">For clarity, should the vacuum be broken, you cant get an electron beam because that would instantly destroy the tip and create a lightning bolt? without vacuum the safety prevents you to switch on the beam.</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">Then during imaging, if the sample would be exposed to a small area extreme high dose beam it won’t evaporate but be destroyed. The reason we image in low dose is to preserve the structure. too high dose and we actually see the damage in the


 total illuminated area destroying any pathogen and turning the structure into oxygen, hydrogen, carbon based gasses, etc, but anything you can push into the vacuum is not an infectious particles. </div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">Mass spec has great difficulties developing methods of gentle ionization to make larger proteins “fly”, let alone a whole virus, bacteria or cell.</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">And finally should we be able to ionize intact pathogens into the vacuum system. what is the change that you get sick if only one or 10 in the bsl-2 space. in a bsl-2 lab you wear personal protection. service engineers due to tge vacuum already


 need to wear gloves. the airconditioning refresh rate on bsl-2 is much higher and what is the lower infectious dose.</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">And finally the pathogens are class two. any toilet visit would pose a higher risk, that service of the inside of the microscope in a bsl-2 lab wearing personal protection dealing with 1 sample of a volume of 1-2 nL.</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">I see a lot that because safety organisation don’t understand the technology that much stricter standards are imposed vs standard wet labs where much larger quantities are used and the risk are several orders of magnitude higher.</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">I hope this helps and i’m open for a physics explanation how inside an EM infections particles (so full full intact undamaged viruses and cells) can be made airport at sufficient dose and infect a service engineer splitting the column and wearing


 personal protection.</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">cheers</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">Matthijn</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr"><br>


<blockquote type="cite">On Jun 12, 2025, at 15:38, Jason NG (CPOS) <jasonng.cpos@hku.hk> wrote:<br>


<br>


</blockquote>


</div>


<blockquote type="cite">


<div dir="ltr">


<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin-top: 1em; margin-bottom: 1em; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">


Dear Matthijn and Kim,</div>


<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin-top: 1em; margin-bottom: 1em; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">


Thank you both for your thoughtful responses and for sharing your valuable experiences.</div>


<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin-top: 1em; margin-bottom: 1em; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">


Matthijn, I appreciate your clarification on the physics of cryo-TEM conditions. I apologize for not doing enough research before raising my initial question. As I understand now, under standard cryo-EM doses (such as 20–60 e⁻/Å² for single particle analysis


 or 100–120 e⁻/Å² for tomography), the risk is extremely low. However, I am curious about what might happen at much higher doses—on the order of thousands of e⁻/Å². Would such extreme irradiation potentially change the situation? From my current understanding,


 cryo-TEM operates far below both the triple point pressure and temperature of water, placing the sample firmly in the solid or vapor region of the phase diagram, where aerosol formation is not possible. Thus, the question is whether there might be any potential


 risks associated with the vapor that is formed under these conditions.</div>


<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin-top: 1em; margin-bottom: 1em; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">


Additionally, I am interested in situations where the sample might inadvertently warm up in the TEM, for example, due to insufficient liquid nitrogen or a vacuum pump failure. Would there be any recommended follow-up procedures in such scenarios?</div>


<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin-top: 1em; margin-bottom: 1em; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">


Kim, thank you for sharing your insights on the practical aspects of equipment disposal. It is certainly an important concern, and we will communicate with our local TFS engineer regarding this. Fortunately, our vacuum pumps have been quite stable over the


 past half year, and no replacement has been required so far.</div>


<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin-top: 1em; margin-bottom: 1em; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">


Thank you both again for your guidance and support.</div>


<div class="elementToProof" style="text-align: left; text-indent: 0px; margin-top: 1em; margin-bottom: 1em; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">


Best regards,<br>


Jason</div>


<div id="appendonsend"></div>


<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">


<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Gibson, Kimberley <kimberley.gibson@yale.edu><br>


<b>Sent:</b> Thursday, June 12, 2025 21:04<br>


<b>To:</b> Jason NG (CPOS) <jasonng.cpos@hku.hk>; Matthijn VOS <matthijn.vos@pasteur.fr><br>


<b>Cc:</b> 3dem@ncmir.ucsd.edu <3dem@ncmir.ucsd.edu><br>


<b>Subject:</b> Re: [3dem] Seeking Advice on BSL-2 CryoEM Laboratory Setup and Safety Protocols</font>


<div> </div>


</div>


<div dir="ltr">


<div class="x_elementToProof" style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">


Hi Jason, </div>


<div class="x_elementToProof" style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">


<br>


</div>


<div class="x_elementToProof" style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">


Typically, at BSL-2, all equipment can be operated under normal conditions - i.e. in the open on a lab bench (Vitrobot or Leica  GPS) with special considerations for the evacuation of N2 gas or Ethane and Ethane/Propane mixtures. </div>


<div class="x_elementToProof" style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">


<br>


</div>


<div class="x_elementToProof" style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">


Issues regarding BSL-2 have only arisen during disposal of equipment. TFS was not allowed to ship an old Ion Getter Pump overseas (from the US back to Eindhoven, NL) if the microscope operated in a BLS-2 lab. The IGP had to be disposed of locally and typically


 sprayed down with Ethanol prior to disposal. I have also sprayed an old Peltier device removed from a Vitrobot and sent it for electronic waste disposal. </div>


<div class="x_elementToProof" style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">


<br>


</div>


<div class="x_elementToProof" style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">


Best, </div>


<div class="x_elementToProof" style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">


<br>


</div>


<div class="x_elementToProof" style="font-family:Aptos,Aptos_EmbeddedFont,Aptos_MSFontService,Calibri,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">


Kim</div>


<div id="x_Signature" class="x_elementToProof">


<div class="x_elementToProof" style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:8pt; color:rgb(0,0,0)">


<br>


</div>


<div id="x_divtagdefaultwrapper" class="x_elementToProof">


<div id="x_divtagdefaultwrapper" class="x_elementToProof"></div>


</div>


</div>


<div id="x_appendonsend"></div>


<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">


<div id="x_divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> 3dem <3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu> on behalf of Matthijn VOS via 3dem <3dem@ncmir.ucsd.edu><br>


<b>Sent:</b> Thursday, June 12, 2025 06:32<br>


<b>To:</b> Jason NG <jasonng.cpos@hku.hk><br>


<b>Cc:</b> 3dem@ncmir.ucsd.edu <3dem@ncmir.ucsd.edu><br>


<b>Subject:</b> Re: [3dem] Seeking Advice on BSL-2 CryoEM Laboratory Setup and Safety Protocols</font>


<div> </div>


</div>


<div dir="auto">


<div dir="ltr"></div>


<div dir="ltr">Dear Jason,</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">could you explain the physics hiw sn electron beam can create aerosols on a solid sample ar -196 degrees in ultra high vacuum (orders of magnitude under the tripple point of water)</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">I don’t see how this is possible.</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">cheers</div>


<div dir="ltr"><br>


</div>


<div dir="ltr">Matthijn </div>


<div dir="ltr"><br>


<blockquote type="cite">On Jun 12, 2025, at 11:01, Jason NG (CPOS) via 3dem <3dem@ncmir.ucsd.edu> wrote:<br>


<br>


</blockquote>


</div>


<blockquote type="cite">


<div dir="ltr">


<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">


 <style>@font-face { font-family: Wingdings; }


@font-face { font-family: "Cambria Math"; }


@font-face { font-family: DengXian; }


@font-face { font-family: Calibri; }


@font-face { font-family: Aptos; }


@font-face { font-family: "@DengXian"; }


p.x_x_MsoNormal, li.x_x_MsoNormal, div.x_x_MsoNormal { margin: 0cm; font-size: 12pt; font-family: Aptos, sans-serif; }


span.x_x_EmailStyle17 { font-family: Aptos, sans-serif; color: windowtext; }


@page WordSection1 { margin: 72pt; }


ol { margin-bottom: 0cm; }


ul { margin-bottom: 0cm; }</style>


<div class="x_x_WordSection1">


<p class="x_x_MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Dear CryoEM Community,</span></p>


<p class="x_x_MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> </span></p>


<p class="x_x_MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">We are currently evaluating the risks of becoming BSL-2 CryoEM laboratory and would greatly appreciate your guidance on several safety and setup considerations.</span></p>


<p class="x_x_MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> </span></p>


<p class="x_x_MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Specifically, we are interested in understanding:</span></p>


<ul type="disc" style="margin-top:0cm">


<li class="x_x_MsoNormal" style=""><span style="font-size:11.0pt">Given that the electron beam can potentially generate aerosols or cause warming within TEMs, what disinfection protocols or measures have you found effective for maintaining biosafety?</span></li><li class="x_x_MsoNormal" style=""><span style="font-size:11.0pt">Is implementing negative room pressure necessary in a CryoEM lab at BSL-2?</span></li><li class="x_x_MsoNormal" style=""><span style="font-size:11.0pt">For sample preparation instruments such as the TFS Vitrobot and Leica GP2, is it recommended to place them inside a biosafety cabinet? How about large instruments like the Leica ICE—are there


 specific safety measures we should consider?</span></li></ul>


<p class="x_x_MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> </span></p>


<p class="x_x_MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Your insights and experiences would be extremely helpful as we evaluate the best practices for creating a safe and effective CryoEM environment. Thank you very much for your time and guidance.</span></p>


<p class="x_x_MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> </span></p>


<p class="x_x_MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif; color:#1F497D">Best Regards,</span></p>


<p class="x_x_MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif; color:#1F497D">Jason NG</span></p>


<p class="x_x_MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif; color:#548DD4">Senior Technical Assistant</span></p>


<p class="x_x_MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif; color:#548DD4">LKS Cryo-EM Laboratory</span><span style="font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; color:#212121"></span></p>


<p class="x_x_MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif; color:black"> </span><span style="color:#212121"></span></p>


<p class="x_x_MsoNormal" style="background:white"><span style="color:black"></span></p>


<div><image001.jpg></div>


<span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif; color:black"> </span><span style="color:#212121"></span>


<p></p>


<p class="x_x_MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif; color:black"> </span><span style="color:#212121"></span></p>


<p class="x_x_MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif; color:#1F4E79">Centre for PanorOmic Sciences</span><span style="color:#212121"></span></p>


<p class="x_x_MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif; color:#1F497D">LLG03, Laboratory Block</span></p>


<p class="x_x_MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif; color:#1F497D">21 Sassoon Road, Pokfulam, Hong Kong</span></p>


<p class="x_x_MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif; color:#1F497D">P: +852 3910-3528</span><span style="font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; color:#212121"></span></p>


<p class="x_x_MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif; color:#1F497D">E: </span><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif; color:#1F4E79"><a href="mailto:jasonng.cpos@hku.hk"><span style="color:#467886">jasonng.cpos@hku.hk</span></a></span></p>


<p class="x_x_MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif; color:#1F497D">W: </span><span style="color:#1F4E79"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://cpos.hku.hk/__;!!Mih3wA!B5co-igM_UHRmCF1lSC-8fHY1eebmRgfFqxjKo2KEWhA_VnVBHdVH1ZLRO9f_JY6lLds5D1C_SANjg3mKpVKQaHmXg$" originalsrc="https://urldefense.com/v3/__https://cpos.hku.hk/__;!!Mih3wA!B5co-igM_UHRmCF1lSC-8fHY1eebmRgfFqxjKo2KEWhA_VnVBHdVH1ZLRO9f_JY6lLds5D1C_SANjg3mKpVKQaHmXg$" target="_blank"><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Arial",sans-serif; color:blue">https://cpos.hku.hk</span></a></span><span style="color:#212121"></span></p>


<p class="x_x_MsoNormal"><a href="https://urldefense.com/v3/__http://www.facebook.com/cposhku__;!!Mih3wA!B5co-igM_UHRmCF1lSC-8fHY1eebmRgfFqxjKo2KEWhA_VnVBHdVH1ZLRO9f_JY6lLds5D1C_SANjg3mKpXC2V-dIQ$" originalsrc="https://urldefense.com/v3/__http://www.facebook.com/cposhku__;!!Mih3wA!B5co-igM_UHRmCF1lSC-8fHY1eebmRgfFqxjKo2KEWhA_VnVBHdVH1ZLRO9f_JY6lLds5D1C_SANjg3mKpXC2V-dIQ$"><span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif; color:#1F497D; text-decoration:none"></span></a></p>


<a href="https://urldefense.com/v3/__http://www.facebook.com/cposhku__;!!Mih3wA!B5co-igM_UHRmCF1lSC-8fHY1eebmRgfFqxjKo2KEWhA_VnVBHdVH1ZLRO9f_JY6lLds5D1C_SANjg3mKpXC2V-dIQ$" originalsrc="https://urldefense.com/v3/__http://www.facebook.com/cposhku__;!!Mih3wA!B5co-igM_UHRmCF1lSC-8fHY1eebmRgfFqxjKo2KEWhA_VnVBHdVH1ZLRO9f_JY6lLds5D1C_SANjg3mKpXC2V-dIQ$">


<div><image002.png></div>


</a><span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif; color:#1F497D"> </span><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.instagram.com/hkucpos__;!!Mih3wA!B5co-igM_UHRmCF1lSC-8fHY1eebmRgfFqxjKo2KEWhA_VnVBHdVH1ZLRO9f_JY6lLds5D1C_SANjg3mKpX6V0tH6g$" originalsrc="https://urldefense.com/v3/__https://www.instagram.com/hkucpos__;!!Mih3wA!B5co-igM_UHRmCF1lSC-8fHY1eebmRgfFqxjKo2KEWhA_VnVBHdVH1ZLRO9f_JY6lLds5D1C_SANjg3mKpX6V0tH6g$"><span lang="EN-US" style="font-family:"Arial",sans-serif; color:#1F497D; text-decoration:none">


<div><image003.png></div>


</span></a><span style="font-family:"Arial",sans-serif; color:#1F497D"></span><a href="https://urldefense.com/v3/__https://twitter.com/hkucpos__;!!Mih3wA!B5co-igM_UHRmCF1lSC-8fHY1eebmRgfFqxjKo2KEWhA_VnVBHdVH1ZLRO9f_JY6lLds5D1C_SANjg3mKpXWoJl-nQ$" originalsrc="https://urldefense.com/v3/__https://twitter.com/hkucpos__;!!Mih3wA!B5co-igM_UHRmCF1lSC-8fHY1eebmRgfFqxjKo2KEWhA_VnVBHdVH1ZLRO9f_JY6lLds5D1C_SANjg3mKpXWoJl-nQ$"><span style="color:#1F4E79; text-decoration:none">


<div><image004.png></div>


</span></a><span lang="EN-US"></span>


<p></p>


<p class="x_x_MsoNormal"> </p>


</div>


<span>_______________________________________________</span><br>


<span>3dem mailing list</span><br>


<span>3dem@ncmir.ucsd.edu</span><br>


<span>https://urldefense.com/v3/__https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem__;!!JFdNOqOXpB6UZW0!vaLVgSx1I7GvPS5Vt6M0KpJ3i9__CnfGfi6zybjMWW1NFpyKqwVEqoiegVHg31sBnQz_rajNqphhXN2eu3VSFK0$


</span><br>


</div>


</blockquote>


</div>


</div>


</div>


</blockquote>


</body>


</html>