<div dir="ltr">Dear community,<br><br>I'm trying to import a volume from EMDB into RELION4.0.1 and use it for template picking on my dataset, I've already changed several parameters, but it keeps finding zero particles. I think I may be making a mistake in the process.<br><br>Some details:<br><br>I used these parameters with a 3D model obtained from this dataset, on a 100 micrographs subset, and it finds ~500particles<br><br>+Symmetry = I<br>+3D angular sampling = 3.7degrees<br>+Lowpass = 15A<br>+Highpass = -1<br>+Pixel Size in ref = 2.28<br>+In plane sampling = 3degrees<br>+Reference have inverted contrast = Yes<br>+Are reference CTF corrected = Yes<br>+Ignore until first peak = No<br>+Picking Threshold = 0<br>+Minimum Distance = 400A<br>+Max stddev noise = -1<br>+Minimum avg noise = -999<br><br>Then I downloaded a .map from EMDB, saved it as .mrc in ChimeraX, and imported it in Relion as 3D Reference (.mrc). Also, I tried changing the format using other tools (map2mrc and e2proc3d.py).<br>Then I used it for Autopicking on the same subset with the same parameters as before, except a few:<br><br>+Pixel Size in ref = 1.375 (taken from EMDB, and checked in ChimeraX)<br>+Reference have inverted contrast = Yes/No (tried both)<br>+Are reference CTF corrected = No (also tried Yes, just to check)<br>+Lowpass filter = 15A/60A (tried both)<br><br>but it always finds zero particles. The correlation between both maps in ChimeraX is 0.843, they're quite similar.<br><br>Any suggestion why I can't make it work? Am I making an error in the conversion of the map? or the importing to relion?<br><br>best,<br>Agustin</div>