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<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Hi all,</div>

<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I took a week off. CryoEM-relater papers from the last 2 weeks:</div>

<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<ul style="list-style-type: disc;" data-editing-info="{"applyListStyleFromLevel":true}">

<li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div class="elementToProof">New Statistical Metric for Robust Target Detection in Cryo-EM Using 2DTM<br>

<span style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1);"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.01.616095v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4ahbBeEQ$" target="_blank" id="OWA1a3a0e0e-1a9c-280e-0165-aa7b33360347" class="c-link OWAAutoLink" rel="noopener noreferrer" style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1); text-align: left;" data-stringify-link="https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.01.616095v1" data-sk="tooltip_parent">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.01.616095v1</a></span></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div class="elementToProof">Recent advances in correlative cryo-light and electron microscopy<br>

<span style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1);"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0959440X24001611__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4uO9PeLw$" target="_blank" id="OWA611a4e1c-04af-3528-efee-26bab8bffeff" class="c-link OWAAutoLink" rel="noopener noreferrer" style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1); text-align: left;" data-stringify-link="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0959440X24001611" data-sk="tooltip_parent">https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0959440X24001611</a></span></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div class="elementToProof">Representing structures of the multiple conformational states of proteins<br>

<span style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1);"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X2300177X__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5VLHzhQQ$" target="_blank" id="OWA2f17a16c-825d-0b83-df04-238dda1b061a" class="c-link OWAAutoLink" rel="noopener noreferrer" style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1); text-align: left;" data-stringify-link="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X2300177X" data-sk="tooltip_parent">https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X2300177X</a></span></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div class="elementToProof">CryoSPIN: Improving Ab-Initio Cryo-EM Reconstruction with Semi-Amortized Pose Inference<br>

<span style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1);"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2406.10455__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6FBFMp_A$" target="_blank" id="OWA22c45ec1-0bcc-0257-a8b9-191b599d2905" class="c-link OWAAutoLink" rel="noopener noreferrer" style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1); text-align: left;" data-stringify-link="https://arxiv.org/abs/2406.10455" data-sk="tooltip_parent">https://arxiv.org/abs/2406.10455</a></span></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div class="elementToProof">Automated model-free analysis of cryo-EM volume ensembles with SIREn<br>

<span style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1);"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.08.617123v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6hvv7eRw$" target="_blank" id="OWA71924de1-8fe0-33d6-2996-13543bb5e4e1" class="c-link OWAAutoLink" rel="noopener noreferrer" style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1); text-align: left;" data-stringify-link="https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.08.617123v1" data-sk="tooltip_parent">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.08.617123v1</a></span></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div class="elementToProof">Subspace method of moments for ab initio 3-D single-particle Cryo-EM reconstruction<br>

<span style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1);"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2410.06889__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7xbsMpeA$" target="_blank" id="OWA578b8fcc-b4b0-9ca2-2874-ef6ec0539bd7" class="c-link OWAAutoLink" rel="noopener noreferrer" style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1); text-align: left;" data-stringify-link="https://arxiv.org/abs/2410.06889" data-sk="tooltip_parent">https://arxiv.org/abs/2410.06889</a></span></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div class="elementToProof">Image Detection Using Combinatorial Auction<br>

<span style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1);"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://ieeexplore.ieee.org/document/10637697__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5B_r0bYw$" target="_blank" id="OWA9a9c7b15-40a5-71d0-71b9-d84dececcb00" class="c-link OWAAutoLink" rel="noopener noreferrer" style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1); text-align: left;" data-stringify-link="https://ieeexplore.ieee.org/document/10637697" data-sk="tooltip_parent">https://ieeexplore.ieee.org/document/10637697</a></span></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div class="elementToProof">Protein complex structure modeling by cross-modal alignment between cryo-EM maps and protein sequences<br>

<span style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1);"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41467-024-53116-5__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5xq38rhQ$" target="_blank" id="OWA9ad06d42-c7b7-4e34-5ab7-3be1f190b6d4" class="c-link OWAAutoLink" rel="noopener noreferrer" style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1); text-align: left;" data-stringify-link="https://www.nature.com/articles/s41467-024-53116-5" data-sk="tooltip_parent">https://www.nature.com/articles/s41467-024-53116-5</a></span></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div class="elementToProof">Heterogeneity in ligand-bound TRPV1: A comparison of methods in cryo-EM and molecular dynamics simulation<br>

<span style="color: rgba(var(--sk_highlight_hover,11,76,140),1);"><u><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.07.617120v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p66JtZveg$" target="_blank" id="OWA49a51340-5709-4b80-c93a-aa57ec1834a0" class="c-link OWAAutoLink" rel="noopener noreferrer" style="color: rgba(var(--sk_highlight_hover,11,76,140),1); text-align: left;" data-stringify-link="https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.07.617120v1" data-sk="tooltip_parent">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.07.617120v1</a></u></span></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div class="elementToProof">An approach for coherent periodogram averaging of tilt-series data for improved CTF estimation<br>

<span style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1);"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.10.617684v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4qmeyHHw$" target="_blank" id="OWAb64650e3-6c4c-1d93-d837-69e8a63e7070" class="c-link OWAAutoLink" rel="noopener noreferrer" style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1); text-align: left;" data-stringify-link="https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.10.617684v1" data-sk="tooltip_parent">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.10.617684v1</a></span></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div class="elementToProof">ExoSloNano: Multi-Modal Nanogold Tags for identi-fication of Macromolecules in Live Cells & Cryo-Electron Tomograms<br>

<span style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1);"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.12.617288v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p56QJIGfg$" target="_blank" id="OWAafceba52-093d-3c83-bbaf-9d44bc873900" class="c-link OWAAutoLink" rel="noopener noreferrer" style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1); text-align: left;" data-stringify-link="https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.12.617288v1" data-sk="tooltip_parent">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.12.617288v1</a></span></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div class="elementToProof">Easy and accurate protein structure prediction using ColabFold<br>

<span style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1);"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41596-024-01060-5__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6-OBUu1A$" target="_blank" id="OWA2ce21746-cbbd-c686-9cb5-1993ba2b7b48" class="c-link OWAAutoLink" rel="noopener noreferrer" style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1); text-align: left;" data-stringify-link="https://www.nature.com/articles/s41596-024-01060-5" data-sk="tooltip_parent">https://www.nature.com/articles/s41596-024-01060-5</a></span></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div class="elementToProof">GoToCloud optimization of cloud computing environment for accelerating cryo-EM structure-based drug design<br>

<span style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1);"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s42003-024-07031-6__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p51ksxFtg$" target="_blank" id="OWAcfb850b6-23e2-8623-7a0f-6642498df0b0" class="c-link OWAAutoLink" rel="noopener noreferrer" style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1); text-align: left;" data-stringify-link="https://www.nature.com/articles/s42003-024-07031-6" data-sk="tooltip_parent">https://www.nature.com/articles/s42003-024-07031-6</a></span></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div class="elementToProof">Roodmus: a toolkit for benchmarking heterogeneous electron cryo-microscopy reconstructions<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://journals.iucr.org/m/issues/2024/06/00/rq5011/index.html__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6uI_i4ow$">https://journals.iucr.org/m/issues/2024/06/00/rq5011/index.html</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div class="elementToProof">CryoFM: A Flow-based Foundation Model for Cryo-EM Densities<br>

<span style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1);"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2410.08631__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5NgJVUEQ$" target="_blank" id="OWAba4cc0e9-e341-5c41-d90b-30c8f574d59f" class="c-link OWAAutoLink" rel="noopener noreferrer" style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1); text-align: left;" data-stringify-link="https://arxiv.org/abs/2410.08631" data-sk="tooltip_parent">https://arxiv.org/abs/2410.08631</a></span></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div class="elementToProof">CryoSeek: A strategy for bioentity discovery using cryoelectron microscopy<br>

<span style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1);"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2417046121__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7arxrP7g$" target="_blank" id="OWAc06c6700-f4d6-9d6c-e35b-1fe0a656c498" class="c-link OWAAutoLink" rel="noopener noreferrer" style="color: rgba(var(--sk_highlight,18,100,163),1); text-align: left;" data-stringify-link="https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2417046121" data-sk="tooltip_parent">https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2417046121</a></span></div>

</li></ul>

<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Best regards,</div>

<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Alex Noble</div>

<div id="appendonsend" style="color: inherit;"></div>

<div style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<hr style="display: inline-block; width: 98%;">

<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr" style="color: inherit;"><span style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);"><b>From:</b> Alex Noble <anoble@nysbc.org><br>

<b>Sent:</b> Monday, September 30, 2024 11:36 PM<br>

<b>To:</b> 3dem@ncmir.ucsd.edu <3dem@ncmir.ucsd.edu><br>

<b>Subject:</b> Re: New cryoEM papers (#cryoem_papers)</span>

<div> </div>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Hi all,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

End-of-day paper posting, and a reminder that these emails can be filtered using the #cryoem_papers tag in the title.</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<ul style="direction: ltr; list-style-type: disc;" data-editing-info="{"applyListStyleFromLevel":true}">

<li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">A deep learning method for simultaneous denoising and missing wedge reconstruction in cryogenic electron tomography<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41467-024-51438-y__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5UEQRbIg$" id="OWA2c60abb9-d07f-8871-e822-1c1c0da84c69" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s41467-024-51438-y</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Camera Paths, Modeling, and Image Processing Tools for ArtiaX<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.23.614454v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4X8sKETQ$" id="OWAa05731ec-5c43-7503-31c1-80240db9c794" class="x_c-link x_OWAAutoLink" style="text-align: left;" data-auth="NotApplicable" data-stringify-link="https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.23.614454v1" data-sk="tooltip_parent">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.23.614454v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">OPUS-DSD2: Disentangling Dynamics and Compositional Heterogeneity for Cryo-EM Single Particle Analysis<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.24.614854v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5m4MlMGw$" id="OWA5b5a3c43-1c08-1fe3-6e39-4a8895be3b81" class="x_c-link x_OWAAutoLink" style="text-align: left;" data-auth="NotApplicable" data-stringify-link="https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.24.614854v1" data-sk="tooltip_parent">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.24.614854v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Building molecular model series from heterogeneous CryoEM structures using Gaussian mixture models and deep neural networks<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.27.615511v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6aDhbz-A$" id="OWA3f6818d4-bed2-8e47-4e2d-f68922fe81ab" class="x_c-link x_OWAAutoLink" style="text-align: left;" data-auth="NotApplicable" data-stringify-link="https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.27.615511v1" data-sk="tooltip_parent">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.27.615511v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">VirtualIce: Half-synthetic CryoEM Micrograph Generator<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.28.615520v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6q3-tTAg$" id="OWA957b9762-32ff-5403-c9c4-bd5f117e8ac0" class="x_c-link x_OWAAutoLink" style="text-align: left;" data-auth="NotApplicable" data-stringify-link="https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.28.615520v1" data-sk="tooltip_parent">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.28.615520v1</a></div>

</li></ul>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Best wishes,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Alex Noble</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div id="x_appendonsend" style="color: inherit;"></div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<hr style="direction: ltr; display: inline-block; width: 98%;">

<div id="x_divRplyFwdMsg" dir="ltr" style="color: inherit;"><span style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);"><b>From:</b> Alex Noble <anoble@nysbc.org><br>

<b>Sent:</b> Monday, September 23, 2024 5:11 PM<br>

<b>To:</b> 3dem@ncmir.ucsd.edu <3dem@ncmir.ucsd.edu><br>

<b>Subject:</b> Re: New cryoEM papers (#cryoem_papers)</span>

<div> </div>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Hi cool people,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Below is a list of new cryoEM-related material from the past week. Sorry for the delay, I've been working on software and a paper which should be out soon!</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<ul style="direction: ltr; list-style-type: disc;" data-editing-info="{"applyListStyleFromLevel":true}">

<li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Bridging structural biology and clinical research through in-tissue cryo-electron tomography</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.embopress.org/doi/full/10.1038/s44318-024-00216-z__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6UcO-AyA$" id="OWA10b669c8-76c8-6f68-2e51-ae3f56680f2f" class="x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.embopress.org/doi/full/10.1038/s44318-024-00216-z</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Single particle cryo-EM map and model validation: It's not crystal clear</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X24001453__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4gVzgcVQ$" id="OWA0e231a3f-8d2f-9912-6782-02628cde24b9" class="x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X24001453</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">The future of integrated structural biology<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.cell.com/structure/fulltext/S0969-2126(24)00331-9__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4vOVWuRA$" id="OWAfd3e6056-c090-ba20-6327-90fe8d0c281b" class="x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.cell.com/structure/fulltext/S0969-2126(24)00331-9</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">pytom-match-pick: a tophat-transform constraint for automated classification in template matching</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.17.613497v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p76NyZZHw$" id="OWA34cd9617-9d37-a214-ef4e-76b52d808062" class="x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.17.613497v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Real-space heterogeneous reconstruction, refinement, and disentanglement of CryoEM conformational states with HetSIREN<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.16.613176v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4PrBcD3w$" id="OWA840ad382-2265-f0c4-a678-f30d28abceb5" class="x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.16.613176v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Integrating various Experimental Information to Assist Protein Complex Structure Prediction by GRASP</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.16.613256v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6bq5ymAw$" id="OWA1e71ee88-93d9-8884-242b-4739236ccae4" class="x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.16.613256v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">How to autocontouring grid squares in SerialEM:<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://x.com/Nexperion/status/1836681264499139055__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7FlTAAFA$" id="OWAfbdc6a9a-5ad6-c1ec-5e62-dbcf3a8f6008" class="x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://x.com/Nexperion/status/1836681264499139055</a></div>

</li></ul>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Best wishes,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Alex Noble</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div id="x_x_appendonsend" style="color: inherit;"></div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<hr style="direction: ltr; display: inline-block; width: 98%;">

<div id="x_x_divRplyFwdMsg" dir="ltr" style="color: inherit;"><span style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);"><b>From:</b> Alex Noble <<a href="mailto:anoble@nysbc.org" id="OWA1711c4d3-a252-5ae4-c658-db5ce8f6b9b9" class="x_x_linkificator-ext x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:anoble@nysbc.org">anoble@nysbc.org</a>><br>

<b>Sent:</b> Monday, September 16, 2024 10:54 AM<br>

<b>To:</b> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWA1e48317d-d0a7-80d1-8203-c5ffbf8d86ac" class="x_x_linkificator-ext x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">

3dem@ncmir.ucsd.edu</a> <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWA81318638-08f4-3e18-3c50-8f5ff8373ec4" class="x_x_linkificator-ext x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>

<b>Subject:</b> Re: New cryoEM papers (#cryoem_papers)</span>

<div> </div>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Hi cool people,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Below are cryoEM-related papers and software from the past week:</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<ul style="direction: ltr; list-style-type: disc;" data-editing-info="{"applyListStyleFromLevel":true}">

<li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">The Protein Design Archive (PDA): insights from 40 years of protein design<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.05.611465v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7mxJrSnw$" id="OWAc5f2d87b-358c-47df-3fe2-7ea61fbf404c" class="x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.05.611465v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Fast event-based electron counting for small molecule structure determination by MicroED<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/66db946ecec5d6c1425cd490__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6qlulRcg$" id="OWAc91c6489-5544-f40d-13e4-df8f96e8b20f" class="x_x_x_c-link x_x_x_OWAAutoLink" style="text-align: left;" data-auth="NotApplicable" data-stringify-link="https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/66db946ecec5d6c1425cd490" data-sk="tooltip_parent">https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/66db946ecec5d6c1425cd490</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Outlier Removal in Cryo-EM via Radial Profiles<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2409.05523__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6LglX7zw$" id="OWA216ba8a9-652b-3df8-3064-bf5dbd80bc76" class="x_x_x_c-link x_x_x_OWAAutoLink" style="text-align: left;" data-auth="NotApplicable" data-stringify-link="https://arxiv.org/abs/2409.05523" data-sk="tooltip_parent">https://arxiv.org/abs/2409.05523</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Preparing research samples for safe arrival at centers and facilities: recipes for successful experiments<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://journals.iucr.org/f/issues/2024/08/00/oq5002/index.html__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5mtSTHwQ$" id="OWA1e7bc008-411f-a174-ff53-6ceaf1523ca1" class="x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://journals.iucr.org/f/issues/2024/08/00/oq5002/index.html</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Development of a Liquid-Helium Free Cryogenic Sample Holder with mK Temperature Control for Autonomous Electron Microscopy<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0304399124001165__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4MtcV9JQ$" id="OWA53b9cc56-eac1-3a99-67f5-a761501b5098" class="x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0304399124001165</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Genetically Encoded FerriTag as a Specific Label for Cryo-Electron Tomography<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.10.612178v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4Smyi4Zg$" id="OWAa5c99dfc-d5fc-f0f4-2b34-a2c8ca76cacd" class="x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.10.612178v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Cryo-Electron Microscopy in Structural Biology (book)<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.taylorfrancis.com/books/edit/10.1201/9781003326106/cryo-electron-microscopy-structural-biology-krishnarao-appasani__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7KFR868w$" id="OWAa3a0694b-94ee-32b5-8063-a661443cd78f" class="x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.taylorfrancis.com/books/edit/10.1201/9781003326106/cryo-electron-microscopy-structural-biology-krishnarao-appasani</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Single-Particle Cryo-EM: What happens inside the Black Box?<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://osf.io/preprints/osf/5empt__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7zmpnrlA$" id="OWA3a37bfda-9eb2-fbbf-bd53-8267d9c434cb" class="x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://osf.io/preprints/osf/5empt</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Precision defect integrated graphene as reliable support membrane for high-resolution cryo-transmission electron microscopy<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0008622324008443__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7JyvLKTg$" id="OWA716e6b7e-3f1a-b6d7-7627-0e5868f29c44" class="x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0008622324008443</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">CryoTEN: Efficiently Enhancing Cryo-EM Density Maps Using Transformers<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.06.611715v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6Dl1vCPg$" id="OWA19673c6d-7935-0339-ba57-8c41a1e75863" class="x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.06.611715v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Utilizing Molecular Dynamics Simulations, Machine Learning, Cryo-EM, and NMR Spectroscopy to Predict and Validate Protein Dynamics<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.mdpi.com/1422-0067/25/17/9725__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4IW0qkNw$" id="OWA570a388f-47e5-4860-aa92-7a5449110ced" class="x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.mdpi.com/1422-0067/25/17/9725</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Evaluating Cryo-TEM Reconstruction Accuracy of Self-Assembled Polymer Nanostructures<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/marc.202400589__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5Q7P5vOw$" id="OWA2c512dac-8177-6e64-f138-f624cae5b885" class="x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/marc.202400589</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Serialized on-grid lift-in sectioning for tomography (SOLIST) enables a biopsy at the nanoscale</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41592-024-02384-6__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5m-_1UXA$" id="OWA8021aaad-312a-020b-ff76-5c2eb3a59d3a" class="x_x_x_c-link x_x_x_OWAAutoLink" style="text-align: left;" data-auth="NotApplicable" data-stringify-link="https://www.nature.com/articles/s41592-024-02384-6" data-sk="tooltip_parent">https://www.nature.com/articles/s41592-024-02384-6</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Serial lift-out for in situ structural biology of multicellular specimens</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41592-024-02317-3__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7rY5iA9Q$" id="OWAc024da34-5514-9e42-81ec-dd3c95739e9f" class="x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s41592-024-02317-3</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Protein identification using cryo-EM and artificial intelligence guides improved sample purification<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.11.612515v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4kIzQOIA$" id="OWA8f8d0d2a-521c-dc5c-0935-020ff5db54cb" class="x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.11.612515v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Low-dose cryo-electron ptychography of proteins at sub-nanometer resolution<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41467-024-52403-5__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7vBlmiOg$" id="OWA1614dc01-2ebc-54fc-36eb-ed1d3ff2ec69" class="x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s41467-024-52403-5</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Academic Journal Publishers Antitrust Litigation<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.lieffcabraser.com/antitrust/academic-journals/__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7g5P2FVg$" id="OWA3d479bd6-fb31-2619-f09a-7614c4adb6aa" class="x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.lieffcabraser.com/antitrust/academic-journals/</a><br>

"... these publishers conspired to unlawfully appropriate billions of dollars that would otherwise have funded scientific research."</div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Uniprot to AlphaFold3 JSON Generator (Beta)</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://uniprot2alphafold3.streamlit.app/__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6hS-IKBQ$" id="OWA076b80cb-9791-89d1-5bf6-96d4650f358a" class="x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://uniprot2alphafold3.streamlit.app/</a></div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://x.com/DawidZyla/status/1835077103630664087?s=19__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7ed1L5uA$" id="OWAda06e62c-490f-2c9c-fdfb-7c29ae1d7b07" class="x_x_x_c-link x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable" data-stringify-link="https://x.com/DawidZyla/status/1835077103630664087?s=19" data-sk="tooltip_parent">https://x.com/DawidZyla/status/1835077103630664087</a></div>

</li></ul>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Best wishes,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Alex Noble<br>

(written only on behalf of myself, not anyone else=)</div>

<div id="x_x_x_appendonsend" style="color: inherit;"></div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<hr style="direction: ltr; display: inline-block; width: 98%;">

<div id="x_x_x_divRplyFwdMsg" dir="ltr" style="color: inherit;"><span style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);"><b>From:</b> Alex Noble <<a href="mailto:anoble@nysbc.org" id="OWAbb3ad381-e1a7-992d-8054-66080dfa1529" class="x_x_x_linkificator-ext x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:anoble@nysbc.org">anoble@nysbc.org</a>><br>

<b>Sent:</b> Monday, September 9, 2024 11:02 AM<br>

<b>To:</b> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWA356804ba-cf4e-6e02-58b9-c283bcd28719" class="x_x_x_linkificator-ext x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">

3dem@ncmir.ucsd.edu</a> <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWAfefc52b9-00df-f538-3960-c8a43877a2b1" class="x_x_x_linkificator-ext x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>

<b>Subject:</b> Re: New cryoEM papers (#cryoem_papers)</span>

<div> </div>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Hi cool people,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Here's last week set of new cryoEM-related papers and software:</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<ul style="direction: ltr; list-style-type: disc;" data-editing-info="{"applyListStyleFromLevel":true}">

<li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Technical Report of HelixFold3 for Biomolecular Structure Prediction</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2408.16975__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6KWDNJbw$" id="OWA52a9f3c0-096a-1db7-3ff1-5205959f9a07" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2408.16975</a><br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/tree/dev/apps/protein_folding/helixfold3__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7gyFZjbQ$" id="OWA3a778a21-720b-73a2-0f9d-4aa23110e3d9" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" title="https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/tree/dev/apps/protein_folding/helixfold3" data-auth="NotApplicable">https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/tree/dev/apps/protein_folding/helixfold3</a><br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://paddlehelix.baidu.com/__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p64sQ3KBw$" id="OWA91cecd7e-21be-f932-7c07-ca80ed0a9c72" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://paddlehelix.baidu.com/</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Cryo-EM: A window into the dynamic world of RNA molecules<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0959440X2400143X__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4f1A7RTw$" id="OWAae73e968-f609-804e-7a5e-77e147c40931" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0959440X2400143X</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Small LEA proteins mitigate air-water interface damage to fragile cryo-EM samples during plunge freezing</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41467-024-52091-1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7k2eQjNA$" id="OWA8e12b31e-7c09-36a5-9737-216b971a2ea1" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s41467-024-52091-1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Mesoscale Explorer - Visual Exploration of Large-Scale Molecular Models</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.02.610826v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6uR14PbA$" id="OWA10c5fbf9-b92f-e738-560a-dd79495c5412" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.02.610826v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Teaching protein structure and function through molecular visualization<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://iubmb.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/bmb.21860__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4e_o4o-g$" id="OWA7cec299f-b13e-4efc-367c-2b14e2fc5dea" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://iubmb.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/bmb.21860</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Tomogram Reconstruction and Gold Fiducial Removal with Warp, Etomo, and Fidder</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.protocols.io/view/tomogram-reconstruction-and-gold-fiducial-removal-6qpvr8qbblmk/v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6DcBOXBA$" id="OWAcadce3af-c3b8-da59-fe5d-0e4f7fe19a88" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.protocols.io/view/tomogram-reconstruction-and-gold-fiducial-removal-6qpvr8qbblmk/v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">De novo design of high-affinity protein binders with AlphaProteo</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://deepmind.google/discover/blog/alphaproteo-generates-novel-proteins-for-biology-and-health-research/__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4rSPzs-w$" id="OWAa83ed826-7b7d-00df-bac8-15f8e4280547" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" title="https://deepmind.google/discover/blog/alphaproteo-generates-novel-proteins-for-biology-and-health-research/" data-auth="NotApplicable">https://deepmind.google/discover/blog/alphaproteo-generates-novel-proteins-for-biology-and-health-research/</a></div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://storage.googleapis.com/deepmind-media/DeepMind.com/Blog/alphaproteo-generates-novel-proteins-for-biology-and-health-research/AlphaProteo2024.pdf__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6jaDMQfA$" id="OWA05aeb7d2-dee4-c0bb-92e9-e43b6470ee08" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://storage.googleapis.com/deepmind-media/DeepMind.com/Blog/alphaproteo-generates-novel-proteins-for-biology-and-health-research/AlphaProteo2024.pdf</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Deep Mapper: Efficient Visualization of Plausible Conformational Pathways<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2402.19177__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p46d2xFKA$" id="OWA185df132-b8ae-9678-d0df-bf5b24cd4091" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2402.19177</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Liquid Phase Electron Microscopy of Bacterial Ultrastructure<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/smll.202402871__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6wgdKrTQ$" id="OWA0803ec56-cd0c-9ce8-3742-c869a3dfcf23" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/smll.202402871</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Empowering AlphaFold2 for protein conformation selective drug discovery with AlphaFold2-RAVE<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://elifesciences.org/articles/99702__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5c2hWRtw$" id="OWAbf3be99c-b0fd-c178-687d-d2cabd550401" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://elifesciences.org/articles/99702</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Dynamic PDB: A New Dataset and a SE(3) Model Extension by Integrating Dynamic Behaviors and Physical Properties in Protein Structures<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2408.12413__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4FAKbFoA$" id="OWA410e6941-262b-2c6e-c252-902806608ca7" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2408.12413</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Sub-3 � resolution protein structure determination by single-particle cryo-EM at 100 keV<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.05.611417v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5aVhHkWQ$" id="OWAe2b453aa-8881-3a1c-db12-d1ea12f07131" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.05.611417v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">MiLoPYP: self-supervised molecular pattern mining and particle localization in situ<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41592-024-02403-6__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4cRTIORA$" id="OWA6fb7aea3-184b-a038-3c3d-49388d94ef2a" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s41592-024-02403-6</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Cryo-Electron Microscopy Studies of Biomolecular Structure and Dynamics<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.mdpi.com/2072-666X/15/9/1092__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4bcUN8gg$" id="OWA90bb6709-018e-499c-1a03-6adc9a5461b5" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.mdpi.com/2072-666X/15/9/1092</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">AlphaFold3 Open-Source Implementation<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://github.com/Ligo-Biosciences/AlphaFold3__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4JPfIcSw$" id="OWAaf503e2e-a2c4-ee0c-78c4-9fe83ad1cc87" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://github.com/Ligo-Biosciences/AlphaFold3</a></div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://x.com/ArdaGoreci/status/1830744265007480934__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4NyMTw6g$" id="OWA04bfbd67-05c9-7281-c3f5-57c117a619f0" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://x.com/ArdaGoreci/status/1830744265007480934</a></div>

</li></ul>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Best wishes,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Alex Noble</div>

<div id="x_x_x_x_appendonsend" style="color: inherit;"></div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<hr style="direction: ltr; display: inline-block; width: 98%;">

<div id="x_x_x_x_divRplyFwdMsg" dir="ltr" style="color: inherit;"><span style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);"><b>From:</b> Alex Noble <<a href="mailto:anoble@nysbc.org" id="OWA9a0e9f80-ea9e-2699-e631-c68f1527e586" class="x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:anoble@nysbc.org">anoble@nysbc.org</a>><br>

<b>Sent:</b> Monday, September 2, 2024 8:23 PM<br>

<b>To:</b> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWA85c97968-693f-e79e-dc16-1f306a9cad73" class="x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">

3dem@ncmir.ucsd.edu</a> <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWA7fedf04c-3465-3f52-4570-a66c9b265d85" class="x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>

<b>Subject:</b> Re: New cryoEM papers (#cryoem_papers)</span>

<div> </div>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Hi cool people,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Below is the last week's set of new cryoEM papers and software:</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<ul style="direction: ltr; list-style-type: disc;" data-editing-info="{"applyListStyleFromLevel":true}">

<li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Applying 3D ED/MicroED workflows toward the next frontiers<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://journals.iucr.org/c/issues/2024/06/00/yp3235/index.html__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6iFt4FKA$" id="OWAd6eebe9f-abd0-2aca-ee9c-1d9ca56c1464" class="x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://journals.iucr.org/c/issues/2024/06/00/yp3235/index.html</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">CryoTRANS: predicting high-resolution maps of rare conformations from self-supervised trajectories in cryo-EM<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s42003-024-06739-9__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4Oqv2BCg$" id="OWAb9cdf062-27cb-eb09-fc9e-ae4c69354c9f" class="x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s42003-024-06739-9</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">A Cryo-to-Liquid Phase Correlative Light Electron Microscopy Workflow for the Visualization of Biological Processes in Graphene Liquid Cells<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.05.08.539575v2__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p57vundgQ$" id="OWA9008477f-1fba-4848-51c7-8e44bb7bd524" class="x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.05.08.539575v2</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Artificial Intelligence in Cryo-EM Protein Particle Picking: The Hope, Hype, and Hurdles<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.preprints.org/manuscript/202408.1936/v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7RBZRCBw$" id="OWA71c0b59a-345c-bd36-80e6-a789708b541f" class="x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.preprints.org/manuscript/202408.1936/v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Ligand Identification using Deep Learning<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.27.610022v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5TjQ2QDw$" id="OWA846b58ac-2904-ae19-7610-8e70a65c221c" class="x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.27.610022v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Energy filtering enables macromolecular MicroED data at sub-atomic resolution</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.29.610380v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6nMI3rgg$" id="OWAd0d42368-03d2-c0e9-1d8f-f67cdecc8824" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" title="https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.29.610380v1" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.29.610380v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Validation of 3D cryoEM single particle reconstruction correctness and handedness with Ewald's sphere correction<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.29.610390v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5o5rJ13Q$" id="OWA13006077-179c-299d-c5b7-94d0b750c3d8" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.29.610390v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">ProteinGPT: Multimodal LLM for Protein Property Prediction and Structure Understanding<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2408.11363__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6Z9w2qzg$" id="OWA9a213c07-9b78-af36-321a-03603945f23c" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2408.11363</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Targeting TRP channels: The emerging role of cryogenic electron microscopy in drug discovery (book chapter)</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://wzww.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/B9780443186530000101__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6eJnVANA$" id="OWA54557921-4128-e12d-6667-967672ad1a6b" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://wzww.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/B9780443186530000101</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Refinement of cryo-EM 3D maps with a self-supervised denoising model: crefDenoiser<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://journals.iucr.org/m/issues/2024/05/00/fq5024/index.html__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5b_Hvv_g$" id="OWAa236429b-6ad9-d8a9-5db1-cbafab2ea4c0" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://journals.iucr.org/m/issues/2024/05/00/fq5024/index.html</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Wiggle for UCSF ChimeraX</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://x.com/bj_charles/status/1567346827456028673__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6tR7D0lw$" id="OWA91be07f5-dbc9-1e9c-f725-0bb123459d6f" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://x.com/bj_charles/status/1567346827456028673</a></div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://github.com/charbj/wiggle__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p50iVYaDw$" id="OWA921acf83-d911-2dec-15f8-5a3d368021a3" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://github.com/charbj/wiggle</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">maskChains for ChimeraX</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://x.com/JiangLabCryoEM/status/1828861099485073537__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6bf_y0BA$" id="OWA458ff6d7-3ce6-a772-b311-d6d54ee8002c" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://x.com/JiangLabCryoEM/status/1828861099485073537</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Technical Report of HelixFold3 for Biomolecular Structure Prediction<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2408.16975__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6KWDNJbw$" id="OWA978f0732-d486-312f-21ae-970b2aaaa8ce" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2408.16975</a></div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/tree/dev/apps/protein_folding/helixfold3__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7gyFZjbQ$" id="OWA11a400f0-3673-cada-14ae-cf3e1b367355" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/tree/dev/apps/protein_folding/helixfold3</a></div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://paddlehelix.baidu.com/?redirect__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4PUO1lVw$" id="OWA743b10f9-022c-b04b-d329-e9b37a186d99" class="x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://paddlehelix.baidu.com/?redirect</a></div>

</li></ul>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Cheers,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Alex Noble</div>

<div id="x_x_x_x_x_appendonsend" style="color: inherit;"></div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<hr style="direction: ltr; display: inline-block; width: 98%;">

<div id="x_x_x_x_x_divRplyFwdMsg" dir="ltr" style="color: inherit;"><span style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);"><b>From:</b> Alex Noble <<a href="mailto:anoble@nysbc.org" id="OWA1459e3cc-c900-d371-011d-11e995465de4" class="x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:anoble@nysbc.org">anoble@nysbc.org</a>><br>

<b>Sent:</b> Monday, August 26, 2024 1:17 PM<br>

<b>To:</b> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWAa4504d44-2710-de75-ce29-921db119128e" class="x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a> <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWA3a019f3a-6a7f-0f03-1bb8-b84437452666" class="x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>

<b>Subject:</b> Re: New cryoEM papers (#cryoem_papers)</span>

<div> </div>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Hi cool people,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Below is this past week's installment of new cryoEM papers (including several that are on the edge of the field):</div>

<ul style="direction: ltr; list-style-type: disc;" data-editing-info="{"applyListStyleFromLevel":true}">

<li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">MAASTY: A (dis)ordered copolymer for structural determination of human membrane proteins in native nanodiscs<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.19.608676v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6pNudwQQ$" id="OWAbb395b53-a7bf-4a4c-ed98-8d3b8d874642" class="x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.19.608676v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Generative artificial intelligence performs rudimentary structural biology modeling<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41598-024-69021-2__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6grqIN7g$" id="OWA4784b36e-f3ab-afd3-828c-d04410253cf2" class="x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s41598-024-69021-2</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Miniaturizing, Modifying, and Augmenting Nature�s Proteins with Raygun<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.13.607858v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6SRGobCQ$" id="OWA9b7e6072-3e49-df55-d62d-988868548c0f" class="x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.13.607858v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Lifting the Concentration Limit of Mass Photometry by PEG Nanopatterning<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.nanolett.4c01667__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5T-BYuEQ$" id="OWA3f85d7b7-fd0c-52cb-22bb-d19e087f5109" class="x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.nanolett.4c01667</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">CryoBench: Diverse and challenging datasets for the heterogeneity problem in cryo-EM<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2408.05526__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5rsr2ANw$" id="OWAcc4f42a1-20ba-387d-c494-344ef1e1a99f" class="x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2408.05526</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr; text-align: left; text-indent: 0px;">Methods in Cell Biology chapters:</div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); margin-bottom: 0px; margin-left: 28px;">

<div style="direction: ltr;">How to apply the broad toolbox of correlative light and electron microscopy to address a specific biological question</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0091679X2400061X__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4XRyVXXw$" id="OWA4758ffa5-2602-873d-30f6-4890dde53c2a" class="x_x_x_x_x_x_c-link x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable" data-stringify-link="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0091679X2400061X" data-sk="tooltip_parent">https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0091679X2400061X</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); margin-bottom: 0px; margin-left: 28px;">

<div style="direction: ltr;">Correlative cryo-microscopy pipelines for in situ cellular studies</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0091679X24000694__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4fNq8EGg$" id="OWAf82b7173-89a6-4c79-3087-8d9325ead68c" class="x_x_x_x_x_x_c-link x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable" data-stringify-link="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0091679X24000694" data-sk="tooltip_parent">https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0091679X24000694</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); margin-bottom: 0px; margin-left: 28px;">

<div style="direction: ltr;">Building a super-resolution fluorescence cryomicroscope</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0091679X24000578__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4uaxky1g$" id="OWA518e3846-c5ab-a4c5-b0f6-f6c27a399eed" class="x_x_x_x_x_x_c-link x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable" data-stringify-link="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0091679X24000578" data-sk="tooltip_parent">https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0091679X24000578</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); margin-bottom: 0px; margin-left: 28px;">

<div style="direction: ltr;">Imaging intracellular components in situ using super-resolution cryo-correlative light and electron microscopy</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0091679X2400058X__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5LBu1BPA$" id="OWA28f40601-199d-74ec-9a25-369ff287bcd5" class="x_x_x_x_x_x_c-link x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable" data-stringify-link="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0091679X2400058X" data-sk="tooltip_parent">https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0091679X2400058X</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); margin-bottom: 0px; margin-left: 28px;">

<div style="direction: ltr;">Toward quantitative super-resolution methods for cryo-CLEM</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0091679X24000591__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6NM9WvQQ$" id="OWA28d47b81-b0ba-565c-6e76-aba0fed349de" class="x_x_x_x_x_x_c-link x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable" data-stringify-link="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0091679X24000591" data-sk="tooltip_parent">https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0091679X24000591</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Recent Technical Advances in Cellular Cryo-Electron Tomography<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1357272524001407__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6xuLpK5w$" id="OWAed2cb0b3-a18e-623c-eed8-580ee15aa147" class="x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1357272524001407</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Advancing Single-Particle Analysis in Synthetic Chemical Systems: A Forward-Looking Discussion<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/adma.202406914__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5XOUTQKw$" id="OWAec59413f-215c-9b91-cf87-941ec0fb5f2c" class="x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/adma.202406914</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Imaging Frozen, Hydrated Acrosomal Bundle from Limulus Sperm at 7 � Resolution with a 400 kV Electron Cryomicroscope<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0022283683711551__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5YlT3bOw$" id="OWA53286a81-bd17-2d2b-6bd1-4a09cc659464" class="x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0022283683711551</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Self-assembled superstructure alleviates air-water interface effect in cryo-EM<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41467-024-51696-w__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6FYq0AXg$" id="OWA933e5571-765e-e1ec-ea44-0baa10976fea" class="x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s41467-024-51696-w</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">ColabSeg: An interactive tool for editing, processing, and visualizing membrane segmentations from cryo-ET data<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1047847724000078__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4aXK3emg$" id="OWAa295b858-781a-5314-6d06-596b8374bb7a" class="x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1047847724000078</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Validation of electron-microscopy maps using solution small-angle X-ray scattering<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://journals.iucr.org/d/issues/2024/07/00/wan5003/__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7uWHs50A$" id="OWAf0a8f954-afdc-a39d-d7b7-034288942eed" class="x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://journals.iucr.org/d/issues/2024/07/00/wan5003/</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Towards interpretable Cryo-EM: disentangling latent spaces of molecular conformations<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.frontiersin.org/journals/molecular-biosciences/articles/10.3389/fmolb.2024.1393564/full__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5qDAqdIg$" id="OWA9d9b8f99-d506-c223-a6c3-df2cabd98061" class="x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.frontiersin.org/journals/molecular-biosciences/articles/10.3389/fmolb.2024.1393564/full</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Accurate model and ensemble refinement using cryo-electron microscopy maps and Bayesian inference<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371*journal.pcbi.1012180__;Lw!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p557-QWyQ$" id="OWA8702cc14-9584-ce76-3dd6-170b85373696" class="x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1012180</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Optimizing Contrast in Automated 4D STEM Cryotomography<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://academic.oup.com/mam/article/30/3/476/7695190__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4ByravgQ$" id="OWA14a549c0-a9c0-9587-91ad-77df86b9be61" class="x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://academic.oup.com/mam/article/30/3/476/7695190</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Cryo-tomography and 3D Electron Diffraction Reveal the Polar Habit and Chiral Structure of the Malaria Pigment Crystal Hemozoin<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acscentsci.4c00162__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4phSDXjA$" id="OWAa6e6ea44-ec2b-beb5-15e1-ddc0f56c3a7c" class="x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acscentsci.4c00162</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Reduction of SEM charging artefacts in native cryogenic biological samples<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.23.609373v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6rCJocOQ$" id="OWA1d8dd613-4acd-e4e2-2ac8-f50b9ea0deeb" class="x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.23.609373v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">EMhub: a web platform for data management and on-the-fly processing in scientific facilities</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.12.607607v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6Cj2gVZA$" id="OWA705b562c-e643-a722-3bd0-b9dc1ddb68c3" class="x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.12.607607v1</a></div>

</li></ul>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Also, a follow-up to a topic I brought up a couple weeks ago about peer-reviewers directly discussing the paper and review with authors: someone asked which journals have allowed/disallowed this. Here are lists from my experience:</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Allowed direct author-reviewer communication:</div>

<ul style="direction: ltr; list-style-position: outside; list-style-type: disc;" data-editing-info="{"applyListStyleFromLevel":true}">

<li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Acta Crystallographica Section D</div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Nature Communications</div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Biological Imaging</div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Cell Structure</div>

</li></ul>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Did not allow:</div>

<ul style="direction: ltr; list-style-position: outside; list-style-type: disc;" data-editing-info="{"applyListStyleFromLevel":true}">

<li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">PNAS</div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">IEEE Transactions on Medical Imaging</div>

</li></ul>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

It might also depend on the editor.</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Best wishes,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Alex Noble</div>

<div id="x_x_x_x_x_x_appendonsend" style="color: inherit;"></div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<hr style="direction: ltr; display: inline-block; width: 98%;">

<div id="x_x_x_x_x_x_divRplyFwdMsg" dir="ltr" style="color: inherit;"><span style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);"><b>From:</b> Alex Noble <<a href="mailto:anoble@nysbc.org" id="OWAfa09ae5f-3abc-2d07-a3b3-74ed9f517e56" class="x_x_x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:anoble@nysbc.org">anoble@nysbc.org</a>><br>

<b>Sent:</b> Monday, August 19, 2024 3:07 PM<br>

<b>To:</b> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWAa85324ef-eb5f-6480-4a0f-4e00d563df35" class="x_x_x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a> <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWAe03faf48-b298-a205-5611-5b69e01f68ed" class="x_x_x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>

<b>Subject:</b> Re: New cryoEM papers (#cryoem_papers)</span>

<div> </div>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

New week, new papers and software:<br>

(also, I'll include papers that I missed starting from June)</div>

<ul style="direction: ltr; list-style-type: disc;" data-editing-info="{"applyListStyleFromLevel":true}">

<li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Cryo-electron microscopy in the study of virus entry and infection<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.frontiersin.org/journals/molecular-biosciences/articles/10.3389/fmolb.2024.1429180/full__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5ETJzs7w$" id="OWAe5f1639c-0716-3731-b6b7-c3c05ddbb2ec" class="x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.frontiersin.org/journals/molecular-biosciences/articles/10.3389/fmolb.2024.1429180/full</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">An image processing pipeline for electron cryo-tomography in RELION-5<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/2211-5463.13873__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4PnJaJRA$" id="OWA15649559-2d5f-e8e2-fb02-1fadb78f9c30" class="x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/2211-5463.13873</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">JPEG Tomogram (reduce tomogram size by ~90% for visualization, annotation, sharing)<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://github.com/alexjnoble/jpeg_tomogram__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5vbXb85g$" id="OWA2e3a0685-b8c6-0446-a401-8789c4659653" class="x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://github.com/alexjnoble/jpeg_tomogram</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">A versatile correlative light and electron microscopy protocol for human brain and other biological models<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.11.598271v2__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6OTAOgJQ$" id="OWA3e46c8f2-85a9-3c42-be6b-afe926fbae66" class="x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.11.598271v2</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">The dynamic duo: cryo-EM teams up with machine learning to visualize biomolecules in motion<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/07366205.2024.2355771__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5_8ZITRA$" id="OWA1b8aa40d-2a40-e04b-5dae-65ab2843023f" class="x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/07366205.2024.2355771</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Determining Protein Secondary Structures in Heterogeneous Medium-Resolution Cryo-EM Images Using CryoSSESeg<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acsomega.4c02608__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6kwUMdoQ$" id="OWA12824f81-914b-fab7-19ff-ed9ecb3cb412" class="x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acsomega.4c02608</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">MDFF_NM: Improved Molecular Dynamics Flexible Fitting into Cryo-EM Density Maps with a Multireplica Normal Mode-Based Search<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jcim.3c02007__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6t4WXp7A$" id="OWA5806ad4a-c9af-7ef5-319f-b60572be5ae2" class="x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jcim.3c02007</a></div>

</li></ul>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Best wishes,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Alex Noble</div>

<div id="x_x_x_x_x_x_x_appendonsend" style="color: inherit;"></div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<hr style="direction: ltr; display: inline-block; width: 98%;">

<div id="x_x_x_x_x_x_x_divRplyFwdMsg" dir="ltr" style="color: inherit;"><span style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);"><b>From:</b> Alex Noble <<a href="mailto:anoble@nysbc.org" id="OWA7a5b8ac6-086f-e15e-34a3-0dd9f5460276" class="x_x_x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:anoble@nysbc.org">anoble@nysbc.org</a>><br>

<b>Sent:</b> Monday, August 12, 2024 10:54 AM<br>

<b>To:</b> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWA49f2bc6b-a71c-9cb7-10c4-7869faa6f066" class="x_x_x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a> <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWAb6838282-2d06-4526-3cd4-5cc181a82869" class="x_x_x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>

<b>Subject:</b> Re: New cryoEM papers (#cryoem_papers)</span>

<div> </div>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

New papers:</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<ul style="direction: ltr; list-style-type: disc;" data-editing-info="{"applyListStyleFromLevel":true}">

<li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Bayesian reweighting of biomolecular structural ensembles using heterogeneous cryo-EM maps with the cryoENsemble method</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41598-024-68468-7__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5zMHBHvQ$" id="OWA4691bf27-c6c9-bb7a-e316-6340b8d43632" class="x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s41598-024-68468-7</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Cryo-EM phase-plate images reveal unexpected levels of apparent specimen damage</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.04.606536v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5N4rpqYQ$" id="OWA2fb224c8-a2c1-3cbd-04cc-74d2482926eb" class="x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.04.606536v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Tensorial template matching for fast cross-correlation with rotations and its application for tomography</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2408.02398__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7DPomlSQ$" id="OWAc25bb8db-66c5-23ab-2f72-da103f49aeb6" class="x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2408.02398</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Multi-species cryoEM calibration and workflow verification standard</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.05.606612v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6M4iMg_Q$" id="OWA6ca543fe-baf7-d209-f458-257d5945ed2d" class="x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.05.606612v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">SPOT-RASTR�A cryo-EM specimen preparation technique that overcomes problems with preferred orientation and the air/water interface <br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://academic.oup.com/pnasnexus/article/3/8/pgae284/7727607__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6k5XP7Fg$" id="OWA9dea3d90-171e-603a-8f3f-d052d0880bff" class="x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://academic.oup.com/pnasnexus/article/3/8/pgae284/7727607</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Smart parallel automated cryo-electron tomography<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41592-024-02373-9__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5QGHgSqA$" id="OWA86d119aa-7df1-fb09-816b-2c79fbb5f670" class="x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s41592-024-02373-9</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">DynaMight: estimating molecular motions with improved reconstruction from cryo-EM images<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41592-024-02377-5__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6nPq8djA$" id="OWA8df0d3f3-9b8e-c30c-bb27-286e13649f01" class="x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s41592-024-02377-5</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Challenges, advances, and opportunities in RNA structural biology by Cryo-EM<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X24001210__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p55OTMD0A$" id="OWA66d4bdc3-e33f-8456-e8e7-294b5ecb0a0e" class="x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X24001210</a></div>

<div style="direction: ltr;"><br>

</div>

</li></ul>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div id="x_x_x_x_x_x_x_x_appendonsend" style="color: inherit;"></div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<hr style="direction: ltr; display: inline-block; width: 98%;">

<div id="x_x_x_x_x_x_x_x_divRplyFwdMsg" dir="ltr" style="color: inherit;"><span style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);"><b>From:</b> Alex Noble <<a href="mailto:anoble@nysbc.org" id="OWA0ceb833e-c09a-680d-5173-e8815b01a0cc" class="x_x_x_x_x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:anoble@nysbc.org">anoble@nysbc.org</a>><br>

<b>Sent:</b> Monday, August 5, 2024 3:50 PM<br>

<b>To:</b> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWA8a516a9c-7861-25a8-404c-ab7e63666a3b" class="x_x_x_x_x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a> <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWA3af2b41e-a676-d09a-7604-2d01400fc73d" class="x_x_x_x_x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>

<b>Subject:</b> Re: New cryoEM papers (#cryoem_papers)</span>

<div> </div>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Hi cool people,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Below is this past week's installment of new cryoEM papers and related software - it was a slow week!</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<ul style="direction: ltr;">

<li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Automated fiducial-based alignment of cryo-electron tomography tilt series in Dynamo</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.cell.com/structure/fulltext/S0969-2126(24)00241-7__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4WVcGHLQ$" id="OWA3e7454f2-5b1a-60eb-a03c-d78488abbbd8" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.cell.com/structure/fulltext/S0969-2126(24)00241-7</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Segment Anything Model 2 (SAM 2)<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://ai.meta.com/sam2/__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4kzUgATg$" id="OWAe8a0ed1c-0614-c04b-a9d6-0dd13be96abc" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://ai.meta.com/sam2/</a></div>

</li></ul>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Since it's a slow week, how about a discussion on cryoEM papers: Peer-review is a process that helps keep guard-rails on papers (which is good) but it also significantly slows down research compared to the computer science field, for example, which primarily

 uses preprints to rapidly increment progress. In contrast, it's common in my experience as an author and peer-reviewer for editors and reviewers to stymie progress in our field's development due to minor misunderstandings; e.g. a paper being rejected because

 a reviewer wrongly claims that a method is not novel and the editor accepting that claim.<br>

<br>

To avoid many of these unnecessary issues, I decided late last year to only peer-review a paper if the editor allows for open discussion between myself and the authors by email (with the editor cc'ed). Have others used this method as well, or have another solution

 to this problem? Is this a problem?</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Best wishes,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Alex Noble</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div id="x_x_x_x_x_x_x_x_x_appendonsend" style="color: inherit;"></div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<hr style="direction: ltr; display: inline-block; width: 98%;">

<div id="x_x_x_x_x_x_x_x_x_divRplyFwdMsg" dir="ltr" style="color: inherit;"><span style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);"><b>From:</b> Alex Noble <<a href="mailto:anoble@nysbc.org" id="OWA937e27e2-dcde-447a-722b-b761c35e7196" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:anoble@nysbc.org">anoble@nysbc.org</a>><br>

<b>Sent:</b> Monday, July 29, 2024 9:39 AM<br>

<b>To:</b> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWAdbc1f66e-a1d1-d48f-c30b-08e000ea9ff7" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">

3dem@ncmir.ucsd.edu</a> <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWAc3856fdf-bc8f-b9df-8cc1-4009558dbf18" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>

<b>Subject:</b> Re: New cryoEM papers (#cryoem_papers)</span>

<div> </div>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Hi cool people,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Below is this past week's installment of new cryoEM papers. There are many short M&M papers - they're not listed here for space reasons; the first link has a full list.</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<ul style="direction: ltr;">

<li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">M&M papers:<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://academic.oup.com/mam/issue/30/Supplement_1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5HePkMGA$" id="OWA2faf0c1b-b13c-695b-ce54-4665109b4348" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://academic.oup.com/mam/issue/30/Supplement_1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Preparation of oxygen-sensitive proteins for high-resolution cryoEM structure determination using (an)aerobic blot-free vitrification</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.19.604374v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6Szu_hww$" id="OWA961789b1-7fd2-5803-453f-f9e5e43721b7" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.19.604374v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Amortized template-matching of molecular conformations from cryo-electron microscopy images using simulation-based inference</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.23.604154v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7VSw_2zw$" id="OWAeba16c65-7b7b-d486-3876-24fbcb086bc4" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.23.604154v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Cryo-EM Screening of Apoferritin at 100 kV Using Hitachi�s HT7800 Thermionic Transmission Electron Microscope<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://academic.oup.com/mam/article/30/Supplement_1/ozae044.379/7720487__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4tHjyIZg$" id="OWAb12c660f-8662-1cb7-0b35-fd0fe7e88a01" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://academic.oup.com/mam/article/30/Supplement_1/ozae044.379/7720487</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">All atom molecular dynamics simulations enable ensemble refinement of flexible and mismodelled cryo-EM derived RNA structures</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.24.604258v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4GhCsMVQ$" id="OWAb9650a96-50d6-7ff5-62ef-d74c591c0003" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.24.604258v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Likelihood-based interactive local docking into cryo-EM maps in ChimeraX<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://journals.iucr.org/d/issues/2024/08/00/id5013/index.html__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4QnjToJA$" id="OWAc25a669c-848b-9f99-729c-5cbf92659556" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://journals.iucr.org/d/issues/2024/08/00/id5013/index.html</a></div>

</li></ul>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Cheers,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Alex Noble</div>

<div id="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_appendonsend" style="color: inherit;"></div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<hr style="direction: ltr; display: inline-block; width: 98%;">

<div id="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_divRplyFwdMsg" dir="ltr" style="color: inherit;"><span style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);"><b>From:</b> Alex Noble <<a href="mailto:anoble@nysbc.org" id="OWA131d8375-581b-f64c-5453-80d82f55bcca" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:anoble@nysbc.org">anoble@nysbc.org</a>><br>

<b>Sent:</b> Monday, July 22, 2024 12:18 PM<br>

<b>To:</b> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWA24d14c35-8b1c-8fa2-d2d0-027cb08643de" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">

3dem@ncmir.ucsd.edu</a> <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWAbb302b0c-3d0f-cc5e-254a-06aa47cd0730" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>

<b>Subject:</b> Re: New cryoEM papers (#cryoem_papers)</span>

<div> </div>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Hi cool people,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Here is this past week's installment of new cryoEM papers (which will now also include new software):</div>

<ul style="direction: ltr;">

<li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">MarkerDetector: A method for robust fiducial marker detection in electron micrographs using wavelet-based template</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1047847723001077__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7sAZcnBw$" id="OWAf81493e5-9e0c-ae6c-52bd-d26ecd04703d" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1047847723001077</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">CryoEM Workflow Acceleration with Feret Signatures</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.mdpi.com/1422-0067/25/14/7593__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7XHgtfwA$" id="OWAccbacee0-1b4c-0c6a-8049-931847be67ff" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.mdpi.com/1422-0067/25/14/7593</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">St Jude's EMHub software for facility organization</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://x.com/StJudeStructBio/status/1813236681388032326__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6q0xMkSw$" id="OWA79acc7f0-23f9-252a-63fb-7742bf30f2be" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://x.com/StJudeStructBio/status/1813236681388032326</a><br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://github.com/3dem/emhub__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p57Li78PQ$" id="OWAd75ff4fa-cff3-9eae-f418-754e9d33f0fe" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://github.com/3dem/emhub</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">CryoSamba: self-supervised deep volumetric denoising for cryo-electron tomography data</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.11.603117v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5ohB_4Nw$" id="OWAf8e8a59a-19c0-af5c-c0f0-130d0ff97185" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.11.603117v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Denoising, Deblurring, and optical Deconvolution for cryo-ET and light microscopy with a physics-informed deep neural network DeBCR</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.12.603278v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4oRYB8Fw$" id="OWA2f7cf74d-b960-fd66-a168-cef9f974717f" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.12.603278v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Vesicle Picker: A tool for efficient identification of membrane protein complexes in vesicles</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.15.603622v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5hPHGg6g$" id="OWA49c12abc-3256-0da4-cdd5-5869f89df9fd" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.15.603622v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Computational models of amorphous ice for accurate simulation of cryo-EM images of biological samples</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304399123001997__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5DmC6BUw$" id="OWAe44afef0-b7ba-7a79-1cc4-76db1a40a08b" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304399123001997</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">CryoDRGN-ET: deep reconstructing generative networks for visualizing dynamic biomolecules inside cells<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41592-024-02340-4__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4NjsgMJg$" id="OWA245a43bb-bec9-ce44-1f28-10a395a21d90" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s41592-024-02340-4</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Exploring Cellular Processes by Modeling Ligands in Cryo-EM Maps</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://app.jove.com/b/66310/modeling-small-molecule-ligands-in-cryoem-maps-of-macromolecules__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p66vF-TgA$" id="OWA1ebad817-f959-36a1-99a0-7e9c7da89215" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://app.jove.com/b/66310/modeling-small-molecule-ligands-in-cryoem-maps-of-macromolecules</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">AQuaRef: Machine learning accelerated quantum refinement of protein structures</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.21.604493v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6DZod3mg$" id="OWAf6443522-55e9-ad2e-6890-525b3b59d130" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.21.604493v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">The myth of high-resolution liquid phase biological electron microscopy</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pro.5125__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p73Hcdhjw$" id="OWAd62f3373-45d3-dd0f-297e-10484658db15" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pro.5125</a></div>

</li></ul>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Best wishes,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Alex Noble</div>

<div id="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_appendonsend" style="color: inherit;"></div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<hr style="direction: ltr; display: inline-block; width: 98%;">

<div id="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_divRplyFwdMsg" dir="ltr" style="color: inherit;"><span style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);"><b>From:</b> Alex Noble<br>

<b>Sent:</b> Monday, July 15, 2024 2:39 PM<br>

<b>To:</b> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWA702c2710-9f0b-0543-9bce-d5d5dde16bfe" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a> <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" id="OWA450a6522-9602-dbff-5a44-8d16a5d628ce" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_linkificator-ext x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>

<b>Subject:</b> New cryoEM papers (#cryoem_papers)</span>

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<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Hi cool people,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

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</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I've been finding new cryoEM papers that are interesting to me (methods/new tech, machine learning, cryoFIB/SEM-ET, etc.; typically no biology-focused papers) for our internal Slack channel for years and decided to share them with the community as well. Many

 papers fall through the cracks, so I think it would be good to have the whole cryoEM community on the same page. Hopefully it will make the community more productive and speed up the pace of developments.=)</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

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</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

There used to be a twitter bot that (<a href="https://urldefense.com/v3/__https://x.com/cryoem_papers__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7r0j5u-Q$" id="OWA3c13d546-57f9-6ede-d14e-d19a3869102d" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="https://x.com/cryoem_papers" data-auth="NotApplicable">@cryoem_papers</a>) that did this

 work. I'll add #cryoem_papers to this recurrent email so it's easy for you to filter them as you wish.</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

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</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I'll aim to post new papers every Monday. Here's the first batch covering the past 2 weeks:</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

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<ul style="direction: ltr;">

<li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">CryoViT: Efficient Segmentation of Cryogenic Electron Tomograms with Vision Foundation Models<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.26.600701v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6bz9t2Wg$" id="OWA8570df94-1c7e-bf65-140c-719c6b1728ca" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.26.600701v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Accurate size-based protein localization from cryo-ET tomograms<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2590152424000096__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5WHB7vtw$" id="OWA527f8e67-82bb-5216-dcc0-970628f6046a" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2590152424000096</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Accurate Prediction of Protein Structural Flexibility by Deep Learning Integrating Intricate Atomic Structures and Cryo-EM Density Information<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41467-024-49858-x__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7S5uWHNQ$" id="OWAbe687c5a-a3ad-6c94-2014-8c8566e48913" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s41467-024-49858-x</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">OPUS-TOMO: Deep Learning Framework for Structural Heterogeneity Analysis in Cryo-electron Tomography</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.30.601442v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5jt1zK1g$" id="OWAfd860eb1-2687-b657-c25d-40077a8ea134" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.30.601442v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Frontiers in integrative structural biology: modeling disordered proteins and utilizing in situ data</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2407.00566__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p48QpveNQ$" id="OWA5d56a44c-6df8-f805-89b9-b213f2884b35" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2407.00566</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Direct Measurement of the Critical Cooling Rate for the Vitrification of Water</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2407.01087__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5P2YiQTQ$" id="OWAd7d21159-c036-5867-1e33-726b65f1cd26" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2407.01087</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">DiffFit: Visually-Guided Differentiable Fitting of Molecule Structures to a Cryo-EM Map</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2404.02465__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5PNh2ymg$" id="OWAab6f1b79-d06a-2730-8dab-978f6bffc863" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2404.02465</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Einstein from Noise: Statistical Analysis</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.06.602366v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6XuISnMQ$" id="OWAa9609395-3fee-32e9-edc3-1a84803eac27" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.06.602366v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Advances in cryo-ET data processing: meeting the demands of visual proteomics</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X24000885__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p66rC119Q$" id="OWAaaf7308f-e5fa-0869-f4bb-cca6729720b5" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X24000885</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Expanding insights from in situ cryo-EM</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0959440X2400112X__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7mAxDI6A$" id="OWA1782bee8-17e3-6e7e-a7a1-597cb585389d" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0959440X2400112X</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">High-resolution real-space reconstruction of cryo-EM structures using a neural field network</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s42256-024-00870-2__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7thSKAFA$" id="OWA1351778b-4160-9ef2-364b-ff6714c96fe5" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s42256-024-00870-2</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Nanobody-assisted cryoEM structural determination for challenging proteins</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.cell.com/trends/biochemical-sciences/abstract/S0968-0004(24)00136-1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5T-JLt5A$" id="OWA7cd16ef2-7559-57e5-df3b-24e68dcdaa5f" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.cell.com/trends/biochemical-sciences/abstract/S0968-0004(24)00136-1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">De novo atomic protein structure modeling for cryoEM density maps using 3D transformer and HMM<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41467-024-49647-6__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4uU_KCJA$" id="OWAac53e837-347a-ead4-8f8e-9a277cedecee" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s41467-024-49647-6</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Training-free CryoET Tomogram Segmentation</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.arxiv.org/abs/2407.06833__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7n-ji4wg$" id="OWA58e68325-eedd-03c3-eda9-939ba6f6c150" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.arxiv.org/abs/2407.06833</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Improving Ab-Initio Cryo-EM Reconstruction with Semi-Amortized Pose Inference</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2406.10455v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p6_9zopGA$" id="OWA0ede49bb-4c24-cd1b-cbdb-abc6178832dd" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2406.10455v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">CryoJAM: Automating Protein Homolog Fitting in Medium Resolution Cryo-EM Density Maps</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.10.602952v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7XGYugpg$" id="OWA0e04969b-79a1-adff-ae82-dd5b5c8a5824" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.10.602952v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Ais: streamlining segmentation of cryo-electron tomography datasets<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://elifesciences.org/reviewed-preprints/98552__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p57P1tD2Q$" id="OWAeeaa16fb-fa1e-55f1-dd17-d46db516a220" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://elifesciences.org/reviewed-preprints/98552</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Cryo-electron tomography pipeline for plasma membranes</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.27.600657v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5QEuE3Kw$" id="OWAfc4c674a-c062-28f2-8baa-804173763db7" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.27.600657v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">DeepOrientation: Deep Orientation Estimation of Macromolecules in Cryo-electron tomography</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.12.603241v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p7s26MYXg$" id="OWAdfd3e12d-c440-acd0-2d3b-e2470888bc0f" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.12.603241v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Graphene in cryo-EM specimen optimization</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X24000502__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p5hIVf1fw$" id="OWAd3a33a00-97df-75c8-3a10-4fe82f5fa05b" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X24000502</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">FakET: Simulating Cryo-Electron Tomograms with Neural Style Transfer</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2304.02011__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4TXRKCqA$" id="OWA72b2380e-5cad-df3b-ae98-393d54b21f20" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2304.02011</a></div>

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<div style="direction: ltr;">Vox-UDA: Voxel-wise Unsupervised Domain Adaptation for Cryo-Electron Subtomogram Segmentation with Denoised Pseudo Labeling</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2406.18610__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p42RUNldg$" id="OWAc9196896-8889-ecf4-94a2-16790474c329" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2406.18610</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Visualizing the translation landscape in human cells at high resolution</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.02.601723v1__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4-rxjXHw$" id="OWAa799b9ad-fb50-f516-495e-d2f888205b95" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.02.601723v1</a></div>

</li></ul>

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<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Best wishes,</div>

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-Alex Noble</div>

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SEMC/NYSBC</div>

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X: <u><a href="https://urldefense.com/v3/__https://x.com/alexjamesnoble__;!!Mih3wA!EopGwyr9K0R25oxCg0NFWpTNyZadJKvQQcNxEV1E3TACg9_PsXRw1U5isC6nkWzWQrOU5jQz9p4F5oVavw$" id="OWAfb6e3060-ced5-3162-80a9-3b72f076fdcd" class="x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_x_OWAAutoLink" title="https://x.com/alexjamesnoble" data-auth="NotApplicable">@alexjamesnoble</a></u></div>

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