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<body dir="ltr">

<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Hi cool people,</div>

<div style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Here is this past week's installment of new cryoEM papers (which will now also include new software):</div>

<ul>

<li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div>MarkerDetector: A method for robust fiducial marker detection in electron micrographs using wavelet-based template</div>

<div><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1047847723001077__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmLc7o3doQ$" id="OWA6f191050-a05a-8d0e-0895-5b963af12a58" class="OWAAutoLink">https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1047847723001077</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div>CryoEM Workflow Acceleration with Feret Signatures</div>

<div><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.mdpi.com/1422-0067/25/14/7593__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmI6wdYGHg$" id="OWAb792ef63-7c21-91c9-3d09-694a47cb2e09" class="OWAAutoLink">https://www.mdpi.com/1422-0067/25/14/7593</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div>St Jude's EMHub software for facility organization</div>

<div><a href="https://urldefense.com/v3/__https://x.com/StJudeStructBio/status/1813236681388032326__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmJecJFBFg$" id="OWA65d0ee99-1b31-1442-4112-da0a93b7dc9b" class="OWAAutoLink">https://x.com/StJudeStructBio/status/1813236681388032326</a><br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://github.com/3dem/emhub__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmKvcYnxYg$" id="OWA4e06e1f5-2862-fb9b-8515-aaec74242fb6" class="OWAAutoLink">https://github.com/3dem/emhub</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div>CryoSamba: self-supervised deep volumetric denoising for cryo-electron tomography data</div>

<div><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.11.603117v1__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmKavHFU_A$" id="OWA5888d54b-a791-6d8d-6f2b-ebe4d86fd684" class="OWAAutoLink">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.11.603117v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div>Denoising, Deblurring, and optical Deconvolution for cryo-ET and light microscopy with a physics-informed deep neural network DeBCR</div>

<div><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.12.603278v1__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmLE071xjA$" id="OWAfe5bd70c-9a5d-7003-a61b-3c2f52545296" class="OWAAutoLink">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.12.603278v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div>Vesicle Picker: A tool for efficient identification of membrane protein complexes in vesicles</div>

<div><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.15.603622v1__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmKYPTMoBA$" id="OWAd1c7b24f-1995-2dfb-e0af-a910ea30d53e" class="OWAAutoLink">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.15.603622v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div>Computational models of amorphous ice for accurate simulation of cryo-EM images of biological samples</div>

<div><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304399123001997__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmLfZ86qng$" id="OWA2f5199f9-d6f3-2fb1-0797-6903a49c6ea0" class="OWAAutoLink">https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304399123001997</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div>CryoDRGN-ET: deep reconstructing generative networks for visualizing dynamic biomolecules inside cells<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41592-024-02340-4__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmJqBqgKAQ$" id="OWA21c50371-37ae-8945-06d0-fa7016ca057b" class="OWAAutoLink">https://www.nature.com/articles/s41592-024-02340-4</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div>Exploring Cellular Processes by Modeling Ligands in Cryo-EM Maps</div>

<div><a href="https://urldefense.com/v3/__https://app.jove.com/b/66310/modeling-small-molecule-ligands-in-cryoem-maps-of-macromolecules__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmIi0Z-0ow$" id="OWA210a624b-b11e-4803-5a4e-21696a423e21" class="OWAAutoLink">https://app.jove.com/b/66310/modeling-small-molecule-ligands-in-cryoem-maps-of-macromolecules</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div>AQuaRef: Machine learning accelerated quantum refinement of protein structures</div>

<div><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.21.604493v1__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmJqU6aujw$" id="OWA1575bcf9-52fd-2c0c-1e8f-a56ca2d0df8d" class="OWAAutoLink">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.21.604493v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div>The myth of high-resolution liquid phase biological electron microscopy</div>

<div><a href="https://urldefense.com/v3/__https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pro.5125__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmJj4o-ofQ$" id="OWAdc6a48df-da04-c2cb-36ef-e48408ebb130" class="OWAAutoLink">https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pro.5125</a></div>

</li></ul>

<div style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Best wishes,</div>

<div style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Alex Noble</div>

<div id="appendonsend" style="color: inherit;"></div>

<div style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<hr style="display: inline-block; width: 98%;">

<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr" style="color: inherit;"><span style="font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);"><b>From:</b> Alex Noble<br>

<b>Sent:</b> Monday, July 15, 2024 2:39 PM<br>

<b>To:</b> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" class="linkificator-ext" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" rel="noreferrer">3dem@ncmir.ucsd.edu</a> <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" class="linkificator-ext" title="Linkificator: mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" rel="noreferrer">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>

<b>Subject:</b> New cryoEM papers (#cryoem_papers)</span>

<div> </div>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Hi cool people,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I've been finding new cryoEM papers that are interesting to me (methods/new tech, machine learning, cryoFIB/SEM-ET, etc.; typically no biology-focused papers) for our internal Slack channel for years and decided to share them with the community as well. Many

 papers fall through the cracks, so I think it would be good to have the whole cryoEM community on the same page. Hopefully it will make the community more productive and speed up the pace of developments.=)</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

There used to be a twitter bot that (<a href="https://urldefense.com/v3/__https://x.com/cryoem_papers__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmLzUWbZNA$" id="OWA76ad8c20-9ecf-9693-73ec-2e990c950b9a" class="x_OWAAutoLink" title="https://x.com/cryoem_papers" data-auth="NotApplicable">@cryoem_papers</a>) that did this work. I'll add #cryoem_papers

 to this recurrent email so it's easy for you to filter them as you wish.</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I'll aim to post new papers every Monday. Here's the first batch covering the past 2 weeks:</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<ul style="direction: ltr;">

<li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">CryoViT: Efficient Segmentation of Cryogenic Electron Tomograms with Vision Foundation Models<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.26.600701v1__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmIxij_6Dw$" id="OWA14aaeab8-15dd-0116-0d1f-7103e34484a6" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.26.600701v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Accurate size-based protein localization from cryo-ET tomograms<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2590152424000096__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmK2xfW9fA$" id="OWA5e475b12-3fc9-879e-3953-d906e9f8cb12" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2590152424000096</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Accurate Prediction of Protein Structural Flexibility by Deep Learning Integrating Intricate Atomic Structures and Cryo-EM Density Information<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41467-024-49858-x__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmJ0DPDXrw$" id="OWAeddf68ae-22e1-73a9-7e41-d1c04579d295" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s41467-024-49858-x</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">OPUS-TOMO: Deep Learning Framework for Structural Heterogeneity Analysis in Cryo-electron Tomography</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.30.601442v1__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmIXE9YCrw$" id="OWA58d6baa5-3526-ec95-77ee-af79141b7368" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.30.601442v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Frontiers in integrative structural biology: modeling disordered proteins and utilizing in situ data</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2407.00566__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmIbWoELtQ$" id="OWAc086c264-0e14-2424-7ae1-6ea9456ebfdd" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2407.00566</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Direct Measurement of the Critical Cooling Rate for the Vitrification of Water</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2407.01087__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmJte3c5hw$" id="OWAddd714f2-90b8-d8c8-acd9-664c9a70735a" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2407.01087</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">DiffFit: Visually-Guided Differentiable Fitting of Molecule Structures to a Cryo-EM Map</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2404.02465__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmJ07XBQyw$" id="OWA54ae43b9-5941-575d-fa8b-5199b4ec9e4c" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2404.02465</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Einstein from Noise: Statistical Analysis</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.06.602366v1__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmKwW0XTvg$" id="OWAf2e60f88-fd63-6a62-0048-9e9d22b8b46e" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.06.602366v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Advances in cryo-ET data processing: meeting the demands of visual proteomics</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X24000885__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmLgq-oBaw$" id="OWA6df0f173-ae7e-1fd2-42aa-7af5e54a5d7f" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X24000885</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Expanding insights from in situ cryo-EM</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0959440X2400112X__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmLRgS6i4Q$" id="OWAd55cc5b7-92e4-0c14-74bb-5b0c2a27370b" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0959440X2400112X</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">High-resolution real-space reconstruction of cryo-EM structures using a neural field network</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s42256-024-00870-2__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmLrPOkA-w$" id="OWAa3fa3eb0-2cb6-4303-c761-f8db47b8edaf" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s42256-024-00870-2</a></div>

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<div style="direction: ltr;">Nanobody-assisted cryoEM structural determination for challenging proteins</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.cell.com/trends/biochemical-sciences/abstract/S0968-0004(24)00136-1__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmJSrw03Bg$" id="OWAfa2d08ad-a609-5a6b-b13f-1da98f61bf52" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.cell.com/trends/biochemical-sciences/abstract/S0968-0004(24)00136-1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">De novo atomic protein structure modeling for cryoEM density maps using 3D transformer and HMM<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.nature.com/articles/s41467-024-49647-6__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmJ9v5cerg$" id="OWAebbf7166-ee47-87bf-f894-7068a1eb8453" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.nature.com/articles/s41467-024-49647-6</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Training-free CryoET Tomogram Segmentation</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.arxiv.org/abs/2407.06833__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmLvj9BzDQ$" id="OWAe5b60dea-100b-7a14-c022-af2ded4287ca" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.arxiv.org/abs/2407.06833</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Improving Ab-Initio Cryo-EM Reconstruction with Semi-Amortized Pose Inference</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2406.10455v1__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmJAdcBD0g$" id="OWA502ab8a6-a151-3a9c-26e2-346e459f5714" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2406.10455v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">CryoJAM: Automating Protein Homolog Fitting in Medium Resolution Cryo-EM Density Maps</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.10.602952v1__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmILxo7S_w$" id="OWA2792be80-41b5-f014-2915-eddc24f0c72d" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.10.602952v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Ais: streamlining segmentation of cryo-electron tomography datasets<br>

<a href="https://urldefense.com/v3/__https://elifesciences.org/reviewed-preprints/98552__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmIEST-Q1g$" id="OWA5963c994-b168-174c-c25b-45d7a5db5dd3" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://elifesciences.org/reviewed-preprints/98552</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Cryo-electron tomography pipeline for plasma membranes</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.27.600657v1__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmJvczKoIQ$" id="OWA169fea9b-2c46-7b8f-fabe-38d491cb3d5b" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.27.600657v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">DeepOrientation: Deep Orientation Estimation of Macromolecules in Cryo-electron tomography</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.12.603241v1__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmIb8Lfy_Q$" id="OWA403052dc-f350-efab-b012-50383c4859db" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.12.603241v1</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Graphene in cryo-EM specimen optimization</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X24000502__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmL6bSGXCQ$" id="OWAfb6fee22-69d1-117a-7d94-3e0aff00292b" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X24000502</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">FakET: Simulating Cryo-Electron Tomograms with Neural Style Transfer</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2304.02011__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmIn02DjGw$" id="OWA38816e46-8512-9686-82eb-36551f81b510" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2304.02011</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Vox-UDA: Voxel-wise Unsupervised Domain Adaptation for Cryo-Electron Subtomogram Segmentation with Denoised Pseudo Labeling</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://arxiv.org/abs/2406.18610__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmLN8bjxBw$" id="OWA6f6770a7-cfc8-74ba-616c-e4da098ef8b1" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://arxiv.org/abs/2406.18610</a></div>

</li><li style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div style="direction: ltr;">Visualizing the translation landscape in human cells at high resolution</div>

<div style="direction: ltr;"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.02.601723v1__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmIEEVnthA$" id="OWA078b1cf9-66ab-1bd6-a00a-9c01d2fc91a6" class="x_OWAAutoLink" data-auth="NotApplicable">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.02.601723v1</a></div>

</li></ul>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Best wishes,</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

-Alex Noble</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

SEMC/NYSBC</div>

<div style="direction: ltr; font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

X: <u><a href="https://urldefense.com/v3/__https://x.com/alexjamesnoble__;!!Mih3wA!CdiU0Vgw5chdif1JGLunIe36zGhqRXUDynxsJbvTAQkkRQK6vDHEZRK-fg6UphZrDLKK_7OCNmKBIFu5Hg$" id="OWA9e400d29-a5df-c7d5-e385-82a233172032" class="x_OWAAutoLink" title="https://x.com/alexjamesnoble" data-auth="NotApplicable">@alexjamesnoble</a></u></div>

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