<div dir="ltr">Dear Colleagues,<div><br></div><div>I am delighted to announce that we have reached another milestone in our journey to promote cryoET and subtomogram averaging for in situ structural determination. AreTomo3, a live preprocessing pipeline, has been officially released. It is open source and can be downloaded at <a href="https://urldefense.com/v3/__https://github.com/czimaginginstitute/AreTomo3__;!!Mih3wA!ERxgaptMme28k5nCSY9N0i0bBH7U150qcRtiq_RmMuVXXfJnqBzoUCdxVWFAZBBH_FVsfEcu5riW4OaXzIXd90s$">https://github.com/czimaginginstitute/AreTomo3</a>. The following is a brief intro of AreTomo3. We sincerely hope that you will find this package useful and welcome any suggestions that are always appreciated.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Shawn Zheng</div><div><br></div><div><span style="color:rgb(31,35,40);font-family:-apple-system,"system-ui","Segoe UI","Noto Sans",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji"">AreTomo3 is a multi-GPU accelerated software package that enables real-time fully automated reconstruction of cryoET tomograms in parallel with cryoET data collection. Integrating MotionCor3, AreTomo2, and GCtfFind in a single application, AreTomo3 has established an autonomous preprocessing pipeline that, whenever a new tilt series is collected, can activate and repeat itself from correction of beam induced motion and assembling tilt series to CTF estimation and correction, tomographic alignment, and 3D reconstruction throughout entire session of data collection without human intervention. The end results include not only tomograms but also a rich set of alignment parameters to bootstrap subtomogram averaging. Our test shows that AreTomo3 can catch up to 9-target PACE Tomo data collection with 4 NVidia RTX A6000 GPUs when it was configured to perform 2D local motion correction on movies and 3D local motion correction on tilt series. The offline testing shows that AreTomo3 runs faster than the data collection. </span><span style="color:rgb(31,35,40);font-family:-apple-system,"system-ui","Segoe UI","Noto Sans",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji"">As a result, GPU resources can be shared with other tasks to expand the preprocessing capacity. Tomogram denoising and particle picking now can run concurrently with AreTomo3 to maximize the preprocessing workflow.</span></div></div>