<div dir="auto">Thanks a lot. I'll have a look at the 0 and 30degree data separately and see if I get a difference on resolution.</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Takanori Nakane <<a href="mailto:tnakane.protein@osaka-u.ac.jp">tnakane.protein@osaka-u.ac.jp</a>> schrieb am Do., 7. Sept. 2023, 11:57:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
Tilted data collection means that defoci vary a lot within a micrograph.<br>
RELION uses CTFFIND, which finds only one defocus value per micrograph.<br>
If the dataset is good enough, you can repeat CtfRefine and Refine3D<br>
to bootstrap (see Fig 3 of <a href="https://urldefense.com/v3/__https://elifesciences.org/articles/42166__;!!Mih3wA!AnimFSo7qGvWrVPMUf3pJDzBeoDKRfRjvihyb6Diktr0NQutZuEqaIb6gXZVx8uSCtu5m9NBsxsf1BiZCFr5NAC1H3AmRizEXqA$" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://urldefense.com/v3/__https://elifesciences.org/articles/42166__;!!Mih3wA!AnimFSo7qGvWrVPMUf3pJDzBeoDKRfRjvihyb6Diktr0NQutZuEqaIb6gXZVx8uSCtu5m9NBsxsf1BiZCFr5NAC1H3AmRizEXqA$</a> ). <br>
Otherwise, you might need local CTF estimation by other programs such<br>
as Warp.<br>
<br>
Even if you manage to get local CTF, a tilted grid means a longer<br>
path electrons have to pass through; so this has the same effect<br>
as thicker ice.<br>
<br>
In my opinion, tilted data collection is the last resort against<br>
preferred orientation problems. If you can resolve the issue by<br>
other means (e.g. optimization of blotting parameters, additives,<br>
slightly different construct), that would be much better.<br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
Takanori Nakane<br>
<br>
On 9/7/23 18:48, Dario Saczko-Brack wrote:<br>
> Dear all,<br>
> <br>
> I have acquired a small cryo EM data set of a protein (ca 120kDa) and <br>
> processed it with Relion and Cryosparc. Since the 2D classes looked <br>
> promising, but the orientation bias was very strong and the number of <br>
> usable holes was very small, I made new grids and acquired another, much <br>
> larger data set of the same protein at 0° and 30°.<br>
> <br>
> For some reason, I dont get to a similar resolution as the first data <br>
> set. Any idea why? Would you say that is rather due to not optimal <br>
> processing parameters or is it due to bad ice quality? Meaning, is it <br>
> worth to invest more time into processing or into making new grids?<br>
> <br>
> Best<br>
> <br>
> <br>
> Dario<br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> 3dem mailing list<br>
> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
> <a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
</blockquote></div>