<div dir="auto">Hi David,<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Did you try changing the origin of the image (pixel 1,1 or 0,0) from the bottom left corner to the top left corner ? Or the other way around?</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Cheers,</div><div dir="auto">Sylvain</div><div dir="auto"><br><div data-smartmail="gmail_signature" dir="auto">PhD<br>Research Fellow - Microscopy Australia<br><br>Monash University<br><br>Ramaciotti Centre for Cryo-EM<br>G92, 15 Innovation Walk, Clayton Campus<br>Victoria, 3800 Australia</div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, 7 Sept 2023, 2:29 am Morgan, David Gene, <<a href="mailto:dagmorga@indiana.edu">dagmorga@indiana.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Hi,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I'm cross-posting this both to the 3dem and the serialEM lists in the hope that someone may be able to help me.  It concerns data from our Talos Arctica acquired with EPU that I would like to be able to make serialEM aware of.<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
For reasons I won't bore you with, I am trying to take the stage positions acquired during an EPU data acquisition run and map them onto the image of a grid square also acquired during that same run.  In other words, from the XML files that EPU produces, I
 can extract the stage coordinates of both the data acquisitions and the grid square image, and I want to "unify" them at the level of the grid square image.<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
With a bit of math, I can convert the stage coordinates of the acquisitions into pixel coordinates for the grid square image.  I'm initially overlaying these coordinates onto the grid square image using IMOD, after which I will move to making serialEM aware
 of this information. When I map locations onto the grid square image, the resulting locations don't make much sense...  For example, some of the acquisitions are deep into grid bars and none of them align with holes in the holey carbon film.  Something is
 clearly very wrong (and I don't think it's the relatively simple math).</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
It could be a simple as an incorrect pixel size for the grid square image (but it would require that the pixel size be incredibly wrong), or it may be something going on inside EPU that I don't understand (like the application of some sort of transformation
 between the EPU imaging states - I'm thinking of the steps to align the various images).</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Has anyone attempted anything like this, or does anyone have a clue about why the results seem so "off"?</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Thanks in advance for any insights.<br>
</div>
<div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div id="m_-9021651010187524604Signature">
<div>
<div name="divtagdefaultwrapper">
<div name="divtagdefaultwrapper">
-- </div>
<div name="divtagdefaultwrapper">
    politics is more difficult than physics.</div>
<div name="divtagdefaultwrapper">
                                             A. Einstein</div>
<div name="divtagdefaultwrapper">
<br>
<div name="divtagdefaultwrapper">
            David Gene Morgan<br>
        Electron Microscopy Center<br>
             047E Simon Hall<br>
             IU Bloomington<br>
          812 856 1457 (office)<br>
          812 856 3221 (3200)<br>
      <a href="https://urldefense.com/v3/__http://iubemcenter.indiana.edu__;!!Mih3wA!BgZ796gEahBwBUSEgTzfZjLw3Z91dAWVb5PguJmeu-VJmIi1R2kbkMlqw-Kui9WufPIoqCfWhMhN4BPbLKueUTff-mcwyUTn$" target="_blank" rel="noreferrer">http://iubemcenter.indiana.edu</a></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>


<p></p>

-- <br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:serialem@colorado.edu" target="_blank" rel="noreferrer">serialem@colorado.edu</a><br>
To unsubscribe from this group, send email to <a href="mailto:serialem%2Bunsubscribe@colorado.edu" target="_blank" rel="noreferrer">serialem+unsubscribe@colorado.edu</a><br>
--- <br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:serialem+unsubscribe@colorado.edu" target="_blank" rel="noreferrer">serialem+unsubscribe@colorado.edu</a>.<br>
</blockquote></div>