
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" /></head><body style='font-size: 10pt; font-family: Verdana,Geneva,sans-serif'>

<p>pdb_extract merges coordinate data, author-provided metadata, and data processing information from output files produced by structure determination programs into a complete PDBx/mmCIF file that can used for easy deposition with OneDep. Use the pdb_extract <a href="https://urldefense.com/v3/__https://pdb-extract.wwpdb.org/__;!!Mih3wA!HUdhHKvs8sVjyRJylWRHUH5mUQzRYo11AaamOXRINDyZ-h4oPKG3-kbyi9OJQYH9LtBGoEuppkOGr9iAolku1hrS$" target="_blank" rel="noopener noreferrer">online form</a> or the easily-installed <a href="https://urldefense.com/v3/__https://sw-tools.rcsb.org/apps/PDB_EXTRACT/source.html__;!!Mih3wA!HUdhHKvs8sVjyRJylWRHUH5mUQzRYo11AaamOXRINDyZ-h4oPKG3-kbyi9OJQYH9LtBGoEuppkOGr9iAoiBgxW6N$" target="_blank" rel="noopener noreferrer">command line interface</a> that been re-engineered (Python).</p>

<h4>Coordinate Data</h4>

<p>Uploaded coordinate files (PDBx/mmCIF or PDB) will be checked against the PDBx/mmCIF dictionary. Legacy PDB formatted files will be converted to a OneDep-compliant PDBx/mmCIF data file.</p>

<h4>Metadata</h4>

<p>Depositors are encouraged to use the PDBj CIF editor to easily edit a template file to include corresponding metadata (sequence, crystallization condition, etc.). Method-specific templates have been pre-loaded into the PDBj CIF editor: <a href="https://urldefense.com/v3/__https://pdbj.org/cif-editor/*filterErroneousData=false,url=https:/*pdb-extract.wwpdb.org/help/data_template_xray.cif__;Iy8!!Mih3wA!HUdhHKvs8sVjyRJylWRHUH5mUQzRYo11AaamOXRINDyZ-h4oPKG3-kbyi9OJQYH9LtBGoEuppkOGr9iAorqZyVdW$" target="_blank" rel="noopener noreferrer">X-ray</a>, <a href="https://urldefense.com/v3/__https://pdbj.org/cif-editor/*filterErroneousData=false,url=https:/*pdb-extract.wwpdb.org/help/data_template_em.cif__;Iy8!!Mih3wA!HUdhHKvs8sVjyRJylWRHUH5mUQzRYo11AaamOXRINDyZ-h4oPKG3-kbyi9OJQYH9LtBGoEuppkOGr9iAonnvEVY5$" target="_blank" rel="noopener noreferrer">3DEM</a>, and <a href="https://urldefense.com/v3/__https://pdbj.org/cif-editor/*filterErroneousData=false,url=https:/*pdb-extract.wwpdb.org/help/data_template_nmr.cif__;Iy8!!Mih3wA!HUdhHKvs8sVjyRJylWRHUH5mUQzRYo11AaamOXRINDyZ-h4oPKG3-kbyi9OJQYH9LtBGoEuppkOGr9iAouIK9cg-$" target="_blank" rel="noopener noreferrer">NMR</a>. Click on the top-left menu (light gray widget icon) to save the edited metadata file in PDBx/mmCIF. Upload this completed file in pdb_extract to prepare single or multiple related structures for submission.</p>

<h4>Structure Determination Output Files</h4>

<p>Upload the log file produced during data processing, and pdb_extract will parse the related diffraction metadata. Log files from various standalone packages and from CCP4 and autoPROC pipelines are supported, including:</p>

<ul>

<li>Aimless</li>

<li>DIALS</li>

<li>d*TREK</li>

<li>HKL-2000</li>

<li>HKL-3000</li>

<li>Pointless</li>

<li>Scala</li>

<li>Scalepack</li>

<li>XDS</li>

<li>Xia2</li>

<li>Xscale</li>

</ul>

<div id="v1v1_rc_sig"> </div>

</body></html>