
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" /></head><body style='font-size: 10pt; font-family: Verdana,Geneva,sans-serif'>

<p>With continuing growth of the PDB archive, the size of the file that lists all directory contents (currently <a href="https://urldefense.com/v3/__https://files.wwpdb.org/pub/pdb/ls-lR__;!!Mih3wA!BGWSIyRbxWfOMaTcBMURR_HO4hfOYhRyVNHTksDG78infvOOUD7CH2x2GzJ2ORQGMFP7IYdtWGPtb-SNT3FQe90S$" target="_blank" rel="noopener noreferrer">https://files.wwpdb.org/pub/pdb/ls-lR</a>) will become a challenge for long term maintenance. wwPDB plans to remove this file from the PDB archive at 00:00 UTC on July 12, 2023. We strongly encourage users to utilize files previously announced that contain the same data (<a href="https://urldefense.com/v3/__https://files.wwpdb.org/pub/pdb/holdings/__;!!Mih3wA!BGWSIyRbxWfOMaTcBMURR_HO4hfOYhRyVNHTksDG78infvOOUD7CH2x2GzJ2ORQGMFP7IYdtWGPtb-SNT0GeqH8X$" target="_blank" rel="noopener noreferrer">https://files.wwpdb.org/pub/pdb/holdings/</a>).</p>

<p>These inventory data files offer a quick overview of data in the archive. These files are in the extensible JSON format, and can be found under the new /pdb/holdings/ archive tree.</p>

<p>The inventory lists provided include:</p>

<ul>

<li>all_removed_entries.json.gz: a list of obsoleted PDB entries including information for entry authors, entry title, release date, obsolete date, and superseding PDB ID, if any.</li>

<li>current_file_holdings.json.gz: a list of released PDB entries and the file types present for each in the PDB Core Archive (e.g. coordinate data, experimental data, validation report).</li>

<li>obsolete_structures_last_modified_dates.json.gz: a list of obsoleted PDB entries with information about the most recent modification date of the PDBx/mmCIF file.</li>

<li>refdata_id_list.json.gz: a list of released chemical reference entries, their content types (e.g., Chemical Component, BIRD), and the most recent modification date of the reference file.</li>

<li>released_structures_last_modified_dates.json.gz: a list of released PDB entries with the most recent modification date of the PDBx/mmCIF file.</li>

<li>unreleased_entries.json.gz: a list of on-hold PDB entries, their entry status, deposition date, and pre-release sequence information, where available.</li>

</ul>

<p>Users are encouraged to utilize these inventory files. For example, checking for the update of the PDB archive can be performed using <a href="https://urldefense.com/v3/__https://s3.rcsb.org/pub/pdb/holdings/current_file_holdings.json.gz__;!!Mih3wA!BGWSIyRbxWfOMaTcBMURR_HO4hfOYhRyVNHTksDG78infvOOUD7CH2x2GzJ2ORQGMFP7IYdtWGPtb-SNT9XyJYLH$" target="_blank" rel="noopener noreferrer">current_file_holdings.json.gz</a> or <a href="https://urldefense.com/v3/__https://s3.rcsb.org/pub/pdb/holdings/released_structures_last_modified_dates.json.gz__;!!Mih3wA!BGWSIyRbxWfOMaTcBMURR_HO4hfOYhRyVNHTksDG78infvOOUD7CH2x2GzJ2ORQGMFP7IYdtWGPtb-SNT-hwQyEI$" target="_blank" rel="noopener noreferrer">released_structures_last_modified_dates.json.gz</a> in /pub/pdb/holdings/.</p>

<p>Please contact <a href="mailto:info@wwpdb.org" rel="noreferrer">info@wwpdb.org</a> with any questions.</p>

</body></html>