<div dir="ltr"><div>Dear All,</div><div>Is it possible to do elemental analysis to have an idea of elements present in this purified protein?</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Jaime Llodrá<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jan 17, 2023 at 11:59 AM Schacherl, Magdalena <<a href="mailto:magdalena.schacherl@charite.de">magdalena.schacherl@charite.de</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg-5018360079083570174">





<div style="overflow-wrap: break-word;" lang="DE">
<div class="m_-5018360079083570174WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span>Dear Alexander and Rémi,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">did you ever measure UV-Vis or Excitation spectra of your proteins, to get some spectroscopic information on the bound cluster?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">What kind of protein class is it? Are you sure about the modelling of the protein part (identity of the side chains at the “cluster”)?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">A bit more information would be helpful – you could also send them in an individual email.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Best regards,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Magdalena<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US">------------------------------------------------------------------------------------------------</span><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black" lang="EN-US"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US">Magdalena Schacherl, PhD</span><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black" lang="EN-US"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US">Group Leader Structural Enzymology</span><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black" lang="EN-US"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US">Charité - Universitätsmedizin Berlin</span><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black" lang="EN-US"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US">Institute of Medical Physics and Biophysics  | Charitéplatz 1 | 10117 Berlin</span><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black" lang="EN-US"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black" lang="EN-US">Internal address: Virchowweg 6 Room 03.322, level 3</span><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black" lang="EN-US"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">T: +49 30 450 524196 | F: +49 30 450 524952</span><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"><a href="mailto:magdalena.schacherl@charite.de" title="mailto:magdalena.schacherl@charite.de" target="_blank"><span style="color:black">magdalena.schacherl@charite.de</span></a></span><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"> </span><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"><a href="https://urldefense.com/v3/__https://biophysik.charite.de/en/research/structural_enzymology/__;!!Mih3wA!G1w8c_FrzvLWzceNy-t7E4DhjKlnSzWviw3d16mO6j1s6g02DvtU8_7HUKl1Z1Ti-NCEc2ZzyVjuAV1VJuTh_icltfs7r7Oh$" title="https://biophysik.charite.de/en/research/structural_enzymology/" target="_blank"><span style="color:black">Website Schacherl lab</span></a></span><span style="font-size:13.5pt;font-family:"Times New Roman",serif;color:black"><u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<div style="border-color:rgb(181,196,223) currentcolor currentcolor;border-style:solid none none;border-width:1pt medium medium;padding:3pt 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:12pt;color:black">Von: </span></b><span style="font-size:12pt;color:black">3dem <<a href="mailto:3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu</a>> im Auftrag von "<a href="mailto:r.fronzes@iecb.u-bordeaux.fr" target="_blank">r.fronzes@iecb.u-bordeaux.fr</a>" <<a href="mailto:r.fronzes@iecb.u-bordeaux.fr" target="_blank">r.fronzes@iecb.u-bordeaux.fr</a>><br>
<b>Datum: </b>Dienstag, 17. Januar 2023 um 12:22<br>
<b>An: </b>"Dr. Alexander Belyy" <<a href="mailto:alexander.belyy@mpi-dortmund.mpg.de" target="_blank">alexander.belyy@mpi-dortmund.mpg.de</a>><br>
<b>Cc: </b>"<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>" <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>
<b>Betreff: </b>[ext] Re: [3dem] A strong density in the cryo-EM map<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal">Dear Alexander, Dear All,  <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">We have seen the same type of non-identified density in some of our maps. Very dense pyramidal density with a similar binding site.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">So far, we could not identify it. So we are also very interested by any hints !!!<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">To us, the high density points towards a metal (Fe, Zn, …) complexed in some larger structure….<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Many thanks<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">All the best<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Rémi<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Rémi Fronzes, PhD<br>
<br>
Group Leader Institut Européen de Chimie et Biologie<br>
Directeur de recherche CNRS <br>
<br>
UMR 5234 CNRS/université de Bordeaux <br>
Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité (MFP)<br>
<br>
IECB - Univ. Bordeaux<br>
2 rue Robert Escarpit, <br>
33607 Pessac, France<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Rémi Fronzes, PhD<br>
<br>
Group Leader Institut Européen de Chimie et Biologie<br>
Directeur de recherche CNRS <br>
<br>
UMR 5234 CNRS/université de Bordeaux <br>
Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité (MFP)<br>
<br>
IECB - Univ. Bordeaux<br>
2 rue Robert Escarpit, <br>
33607 Pessac, France<br>
<br>
<br>
————————————————————————————————<br>
<br>
<i>I don’t expect you to read or respond to my email outside your work hours.<br>
<br>
Je ne m'attends pas à ce que vous lisiez ou répondiez à mon courrier électronique en dehors de vos heures de travail.</i><br>
<br>
<br>
 <u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<u></u><u></u></p>
<blockquote style="margin-top:5pt;margin-bottom:5pt">
<div>
<p class="MsoNormal">Le 17 janv. 2023 à 11:17, Dr. Alexander Belyy <<a href="mailto:alexander.belyy@mpi-dortmund.mpg.de" target="_blank">alexander.belyy@mpi-dortmund.mpg.de</a>> a écrit :<u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div id="m_-5018360079083570174divtagdefaultwrapper">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9pt;font-family:Helvetica">Dear community of structural biologists,<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<div>
<div id="m_-5018360079083570174divtagdefaultwrapper">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9pt;font-family:Helvetica"><br>
In a 3.5 Å cryo-EM reconstruction, we have discovered a large density of 10-12 Å diameter that we are having difficulty identifying (see attachment). This density is surrounded by 5 arginines, 3 asparagines, 2 glutamines, 1 aspartate, and 1 glutamate coming
 from 4 different regions of the protein. Functionally, the density is needed to hold the protein together. This density appears at higher thresholds than the protein itself and is visible even at the 2D class level. After local refinement and sharpening, the
 density becomes pyramid-like with a series of smaller spheres with pseudosymmetry (or C3?).<br>
<br>
We would be grateful for any suggestions as to what this might be.<br>
<br>
Thank you!<br>
<br>
Best regards from Dortmund,<br>
Alexander<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><MysteriousDensity.jpg><span style="font-size:9pt;font-family:Helvetica">_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
</span><a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank"><span style="font-size:9pt;font-family:Helvetica">3dem@ncmir.ucsd.edu</span></a><span style="font-size:9pt;font-family:Helvetica"><br>
</span><a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" target="_blank"><span style="font-size:9pt;font-family:Helvetica">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</span></a><u></u><u></u></p>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<u></u><u></u></p>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
</div></blockquote></div>