<div dir="ltr">Dear 3DEM community,<div>I hope you are all well.</div><div><br></div><div><div>A couple of months ago we started a collaboration on the structure of bacteriophages, a CryoEM approach very different from what I have done before.</div><div>I am facing one very specific problem, in which I was hoping to benefit from your experience, if you would be kind to share a bit of it. </div><div><br></div><div>We are trying to solve the structure of a podoviridiae isolated form wastewater, and when I do the 2D classification and 3D refinement on the capside (using eihter Cryosparc or relion), the much stronger signal of the major components results in neglected signals for the portal and tail regions. As a consequence, particles are aligned in the central symmetry of the capsid, and the 3D density ends up with portal signals averaged out between the two extremities, artificially giving a two-tailed phage (figure in annex). This is surely artificial, as the raw micrographs very clearly show a single tail per phage.</div></div><div><div><br></div><div>I already tried several approaches to solve this issue:</div><div>-Using a larger box size to account for more tail signal</div><div>-Doing a refinement in C1, followed by a 3D classification, either with or without particle alignment</div><div>-Doing a local refinement on the capsid only</div><div>-artificially deleting one of the tails in the map and using this as an input for another round of refinement</div><div>-playing with the T parameter in relion, rising it up to 15</div><div>-doing signal subtraction on the capsid signal</div><div><br></div><div>I´m really out of ideas on how to solve this, so I thank you in advance for your time, and for your willingness to share your views on it,</div><div>Kind wishes,</div><div>Leonardo</div></div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:16px"><font color="#999999">*************************</font></div><font color="#999999" style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:16px">Leonardo TALACHIA ROSA, PhD</font><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:16px"><font color="#999999">PostDoctoral Researcher</font></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:16px"><font color="#999999">Microbiology and Structural Biology</font></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:16px"><font color="#999999">Instituto de Química, Universidade de São Paulo - IQ-USP<br></font></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:16px"><font color="#999999">Av. Prof. Lineu Prestes, 748 - Butantã, São Paulo - SP</font></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:16px"><font color="#999999">**************************</font></div></div></div></div>