<div dir="ltr">Dear 3DEM,<br><br>We are excited to announce that 3D Flexible Refinement (3DFlex) is available in CryoSPARC v4.1 Beta released today, December 12, 2022. <br><br>3DFlex is a motion-based deep generative model for continuous heterogeneity. It models non-rigid motion and flexibility of a protein molecule across its conformational landscape, and can use the motion model to combine signal from particle images in different conformations to improve refinement resolution in flexible regions. An in-depth tutorial, video, new example results, and discussion of considerations and limitations are available in the <a href="https://urldefense.com/v3/__https://guide.cryosparc.com/processing-data/tutorials-and-case-studies/tutorial-3d-flexible-refinement__;!!Mih3wA!BvB-tIg22Y8k2cOkaa81yTaXXp8COBBKIoQOJ-STgPEliiBXf5lviVY8WI0nAN150lj_2eR4DLEGH4lTKh22HJKCb7a2$">CryoSPARC Guide</a>. A <a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.04.22.440893v1__;!!Mih3wA!BvB-tIg22Y8k2cOkaa81yTaXXp8COBBKIoQOJ-STgPEliiBXf5lviVY8WI0nAN150lj_2eR4DLEGH4lTKh22HLCQmD_r$">bioRxiv preprint is online</a> and an updated paper is coming soon.<br><br>CryoSPARC v4.1 also features cryosparc-tools (BETA), a new open-source Python library that enables powerful scripting access to CryoSPARC. cryosparc-tools can be used to read and write exposure, particle and volume data, perform advanced operations on metadata (e.g., alignments, CTF, etc.), programmatically insert modified data back into CryoSPARC, build and run jobs to orchestrate custom workflows, and extend CryoSPARC functionality with third-party software packages. <a href="https://urldefense.com/v3/__https://github.com/cryoem-uoft/cryosparc-tools__;!!Mih3wA!BvB-tIg22Y8k2cOkaa81yTaXXp8COBBKIoQOJ-STgPEliiBXf5lviVY8WI0nAN150lj_2eR4DLEGH4lTKh22HDgEoFQl$">cryosparc-tools is on Github</a> and available via `pip`. It can be used outside of the CryoSPARC environment in your own programs and tools. The full documentation and example use cases are available at <a href="https://urldefense.com/v3/__https://tools.cryosparc.com__;!!Mih3wA!BvB-tIg22Y8k2cOkaa81yTaXXp8COBBKIoQOJ-STgPEliiBXf5lviVY8WI0nAN150lj_2eR4DLEGH4lTKh22HOOzfayq$">https://tools.cryosparc.com</a>.<br><br>The update also includes many enhancements and improvements across the workflow and UI. For the full list of what’s new in v4.1 and all associated documentation, please see <a href="https://urldefense.com/v3/__http://cryosparc.com/updates__;!!Mih3wA!BvB-tIg22Y8k2cOkaa81yTaXXp8COBBKIoQOJ-STgPEliiBXf5lviVY8WI0nAN150lj_2eR4DLEGH4lTKh22HIKCpYy_$">cryosparc.com/updates</a>.<br><br>CryoSPARC v4.0 was initially released in beta on October 3, 2022 and has been followed by several updates. We look forward to the stable release of v4 early in the new year.<br><br>Thank you!<br><a href="https://urldefense.com/v3/__https://structura.bio/*team__;Iw!!Mih3wA!BvB-tIg22Y8k2cOkaa81yTaXXp8COBBKIoQOJ-STgPEliiBXf5lviVY8WI0nAN150lj_2eR4DLEGH4lTKh22HNVQAn6e$">The CryoSPARC Team</a><br><a href="https://urldefense.com/v3/__https://structura.bio/__;!!Mih3wA!BvB-tIg22Y8k2cOkaa81yTaXXp8COBBKIoQOJ-STgPEliiBXf5lviVY8WI0nAN150lj_2eR4DLEGH4lTKh22HOImfriT$">Structura Biotechnology Inc.</a><br></div>