<div dir="ltr"><div>Dear Christian,</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">I personally have experience with [X/K/U]buntu, Centos, and some Arch<br>Linux, so I am aware of the basic differences (e.g. apt vs yum).</blockquote><div dir="ltr"><br></div><div>If you are going to manage this server then this is your answer. Use the OS that you have most experience with.</div><div><br></div><div>I wouldn't use Arch Linux for a server (it is mostly for "bleeding edge" desktop enthusiasts) and if you go for Ubuntu, in my opinion a server does not have GUI, so no X/Kubuntu. Personally, I'm not an Ubuntu fan and use Debian.</div><div dir="ltr"><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Proposed by cryoSPARC is Ubuntu, at some other point (might be in the<br>Scipion mailing list), Rocky Linux was proposed. Also, afaik, Scientific<br>Linux is often used.</blockquote></div><div dir="ltr"><br></div><div>CentOS has been buried by Red Hat/IBM, so Rocky linux, Alma linux or VZlinux are the alternatives currently being developed by the community. </div><div dir="ltr"><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><span style="font-size:10pt">Hope this helps,<br>Grigory</span></font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><span style="font-size:10pt"><br></span></font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><span style="font-size:10pt">--------------------------------------------------------------------------------</span></font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><span style="font-size:12.8px">Grigory Sharov, Ph.D.</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">MRC Laboratory of Molecular Biology,</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Francis Crick Avenue,</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Cambridge Biomedical Campus,</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Cambridge CB2 0QH, UK.</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">tel. </span><a href="tel:+44%201223%20267228" value="+441223267542" style="color:rgb(17,85,204);font-size:12.8px" target="_blank">+44 (0) 1223 267228</a></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><span style="font-size:12.8px">e-mail: </span><a href="mailto:gsharov@mrc-lmb.cam.ac.uk" style="color:rgb(17,85,204);font-size:12.8px" target="_blank">gsharov@mrc-lmb.cam.ac.uk</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, May 10, 2022 at 9:29 AM Christian Tüting <<a href="mailto:christian.tueting@biochemtech.uni-halle.de">christian.tueting@biochemtech.uni-halle.de</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear 3dem mailing list recipients,<br>
<br>
I would like to get your opinion on which operating system is the most<br>
suitable for our local server environment.<br>
<br>
To frame the question:<br>
We have multiple local workstations and storage servers with a very<br>
heterogeneous architecture:<br>
Different GPUs (2080Ti, 3090), different CPUs (Intel i9, Intel Xeon, AMD<br>
EPYC), sometimes with a cache SSD, sometimes not. Different memory<br>
sizes/types, different hard drive organization, etc.<br>
<br>
Currently, Centos 7 is installed on all the machines, but as you might<br>
know, this OS is pretty old and the EOL is just in 2 years. As some of<br>
the workstations needs some maintenance, I would like to not install<br>
Centos 7 again, just to redo this in a couple of months.<br>
<br>
Our need for the machines is the following:<br>
cryoSPARC, Scipion3, Relion<br>
AlphaFold, NAMD/Gromacs<br>
<br>
For the storage/main node servers, there is no special need. We don't<br>
have any workload balancer like SLURM, and also the storage servers<br>
"just" stores the data, without any special need. Interconnectivity is<br>
established over NFS or sshfs, but these should be possible in any unix<br>
OS.<br>
<br>
I personally have experience with [X/K/U]buntu, Centos, and some Arch<br>
Linux, so I am aware of the basic differences (e.g. apt vs yum).<br>
<br>
Proposed by cryoSPARC is Ubuntu, at some other point (might be in the<br>
Scipion mailing list), Rocky Linux was proposed. Also, afaik, Scientific<br>
Linux is often used.<br>
<br>
As I am used to Centos 7, handling outdated repos (e.g. GCC4 being the<br>
default compiler) is a daily business, I would like to avoid in the<br>
future. I think, this strongly points to Ubuntu, where a big and active<br>
community is present.<br>
<br>
Thank you for your feedback :)<br>
<br>
<br>
Best regards<br>
Christian<br>
Dr. rer. nat. Christian Tüting<br>
<br>
Kastritis Laboratory for Biomolecular Research<br>
Cryo-Electron Microscopy & Computational Structural Biology  <br>
________________________________________________<br>
Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg<br>
Biozentrum, Room A.2.19<br>
IWE ZIK HALOmem NWG III<br>
"Kryo-Elektronenmikroskopie an Membranproteinkomplexen"<br>
Weinbergweg 22, 06120 Halle<br>
tel: +49 345 5524985<br>
web (Lab): <a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__blogs.urz.uni-2Dhalle.de_kastritislab_&d=DwIDaQ&c=-35OiAkTchMrZOngvJPOeA&r=L7-zyQ-04fFCMRqzLIOnx7H0exGZHwIQe_wMPuY600I&m=M5tV4i7vwtyCEWiBFwqltoUDbWfJrQ6Rq4OeG3w6Pf3szICL5sanWtIgUYWC3B5_&s=UJR09zZF0h0c-vOZd4S3RmffzgEiJ7y_XgkY01dJpm8&e=" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__blogs.urz.uni-2Dhalle.de_kastritislab_&d=DwIDaQ&c=-35OiAkTchMrZOngvJPOeA&r=L7-zyQ-04fFCMRqzLIOnx7H0exGZHwIQe_wMPuY600I&m=M5tV4i7vwtyCEWiBFwqltoUDbWfJrQ6Rq4OeG3w6Pf3szICL5sanWtIgUYWC3B5_&s=UJR09zZF0h0c-vOZd4S3RmffzgEiJ7y_XgkY01dJpm8&e=</a> <br>
web (HALOmem): <a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__www.halomem.de_en_&d=DwIDaQ&c=-35OiAkTchMrZOngvJPOeA&r=L7-zyQ-04fFCMRqzLIOnx7H0exGZHwIQe_wMPuY600I&m=M5tV4i7vwtyCEWiBFwqltoUDbWfJrQ6Rq4OeG3w6Pf3szICL5sanWtIgUYWC3B5_&s=YPBQ4XfDHsZK6U3AgwzMuzhoNUcTjc4S2ntJIQ9jrJo&e=" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__www.halomem.de_en_&d=DwIDaQ&c=-35OiAkTchMrZOngvJPOeA&r=L7-zyQ-04fFCMRqzLIOnx7H0exGZHwIQe_wMPuY600I&m=M5tV4i7vwtyCEWiBFwqltoUDbWfJrQ6Rq4OeG3w6Pf3szICL5sanWtIgUYWC3B5_&s=YPBQ4XfDHsZK6U3AgwzMuzhoNUcTjc4S2ntJIQ9jrJo&e=</a> <br>
<br>
_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
</blockquote></div></div>