<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<p>Hi David,    I remembered this paper from 2007 in Ultramicroscopy, "<span>The contrast-imaging function for tilted specimens</span>" (doi:<span>10.1016/j.ultramic.2006.07.010</span>). seems relevant to your question!</p>
<p>best wishes,<br>
Michael<br>
</p>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> 3dem <3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu> on behalf of Morgan, David Gene <dagmorga@indiana.edu><br>
<b>Sent:</b> Friday, March 4, 2022 7:23:40 PM<br>
<b>To:</b> 3dem@ncmir.ucsd.edu<br>
<b>Subject:</b> [3dem] tilted transfer functions again</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Hi,</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Thanks to all for their input.  Prodded by several of you, I realized that I was trying to remember a program called ctftilt that was release in parallel with ctffind3 many years ago.<br>
</div>
<div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
>From the responses I received, it appears that goCTF and the version of ctffind in the development branch of cisTEM are more recent versions that do what ctftilt did.<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
It's also clear that some packages have built-in ways to process single particle data acquired from a tilted grid.  I was looking for something to evaluate the images themselves, before doing any further processing.  I did not try any of these packages, and
 it is entirely possible that they generate diagnostic data similar to the results from ctftilt (and the others listed above).</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Again, thanks for all your input, and I hope this summary isn't a waste of your time.<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div id="Signature">
<div>
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">
-- </div>
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">
    politics is more difficult than physics.</div>
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">
                                             A. Einstein</div>
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">
<br>
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">
            David Gene Morgan<br>
        Electron Microscopy Center<br>
             047E Simon Hall<br>
             IU Bloomington<br>
          812 856 1457 (office)<br>
          812 856 3221 (3200)<br>
      <a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__iubemcenter.indiana.edu&d=DwQFAw&c=-35OiAkTchMrZOngvJPOeA&r=L7-zyQ-04fFCMRqzLIOnx7H0exGZHwIQe_wMPuY600I&m=dbUmaOFY0ssPif0AxYT8iJWdtuzixGBdO6C7oSpGo-S7QDWcsO1_HKYps4oAqMz7&s=Yl0KbKb-jxPrLpAzxyLswWqTeHNE6FFbfgRXaumFz5U&e=">
http://iubemcenter.indiana.edu</a></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>