
<html>

  <head>


    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">

  </head>

  <body>

    <p>Hi, in the relion4 tutorial for tomagraphy a coordinates star

      file is provided starting like this:</p>

    <p># version 30001 by xpytools<br>

      <br>

      data_particles<br>

      <br>

      loop_<br>

      _rlnTomoName #1<br>

      _rlnTomoParticleId #2<br>

      _rlnTomoManifoldIndex #3<br>

      _rlnCoordinateX #4<br>

      _rlnCoordinateY #5<br>

      _rlnCoordinateZ #6<br>

      _rlnOriginXAngst #7<br>

      _rlnOriginYAngst #8<br>

      _rlnOriginZAngst #9<br>

      _rlnAngleRot #10<br>

      _rlnAngleTilt #11<br>

      _rlnAnglePsi #12<br>

      _rlnClassNumber #13<br>

      _rlnRandomSubset #14<br>

      TS_01Â Â Â  1Â Â Â  1Â Â Â  644Â Â Â  1164Â Â Â  72Â Â Â  -0.000Â Â Â  -0.000Â Â Â 

      -0.000Â Â Â  -8.72Â Â Â  167.29Â Â Â  87.57Â Â Â  -1Â Â Â  2<br>

      TS_01Â Â Â  2Â Â Â  1Â Â Â  624Â Â Â  1112Â Â Â  64Â Â Â  -0.000Â Â Â  -0.000Â Â Â 

      -0.000Â Â Â  -130.65Â Â Â  175.35Â Â Â  84.29Â Â Â  -1Â Â Â  1<br>

      TS_01Â Â Â  3Â Â Â  1Â Â Â  676Â Â Â  1120Â Â Â  68Â Â Â  -0.000Â Â Â  -0.000Â Â Â 

      -0.000Â Â Â  -117.88Â Â Â  170.53Â Â Â  95.89Â Â Â  -1Â Â Â  2<br>

      TS_01Â Â Â  4Â Â Â  1Â Â Â  696Â Â Â  1168Â Â Â  84Â Â Â  -0.000Â Â Â  -0.000Â Â Â 

      -0.000Â Â Â  53.64Â Â Â  158.62Â Â Â  86.53Â Â Â  -1Â Â Â  1<br>

      TS_01Â Â Â  5Â Â Â  1Â Â Â  592Â Â Â  1156Â Â Â  72Â Â Â  -0.000Â Â Â  -0.000Â Â Â 

      -0.000Â Â Â  -78.74Â Â Â  169.66Â Â Â  78.39Â Â Â  -1Â Â Â  2</p>

    <p>...</p>

    <p>...</p>

    <p><br>

    </p>

    <p><br>

    </p>

    <p>Could anyone letÂ  me know:</p>

    <p>1.- _rlnCoordinateX y and Z are in pixels?</p>

    <p>2.- are the coordinates picked on a binning 1 image set

      (1.35A/pixel)</p>

    <p>3.- are relion coordinates referred to a "BOTTOM_LEFT" origin</p>

    <p>4.- What was the thickness of the tomograms where the picking

      happened?</p>

    <p><br>

    </p>

    <p>Thanks in advance, <br>

    </p>

    <p><br>

    </p>

    <div class="moz-signature">-- <br>

      Pablo Conesa - <strong>Madrid <a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__scipion.i2pc.es&d=DwMDaQ&c=-35OiAkTchMrZOngvJPOeA&r=L7-zyQ-04fFCMRqzLIOnx7H0exGZHwIQe_wMPuY600I&m=mFXNrid_T1zGgJeYYid_PWwgqMEx_nRfYpn6B1j9QvKrVwpZMqVyDMevUCmS5Kkh&s=VPrtbQGHSiiGEYeAvUQ16vLOmkQQG0UBAW_bVvSSIKA&e=">Scipion</a>

        team</strong></div>

  </body>

</html>