<div dir="ltr">Hi,<div>I am having a problem changing the symmetry from C1 to D2. I have a 3D auto-refined map created in C1 where I can see secondary structures and now want to switch to D2. I followed as enclosed below:</div><div><span style="font-family:CMTT10;font-size:10pt;color:rgb(0,0,0);white-space:pre-wrap">-------------------------------------</span><br></div><div><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-size:10pt;font-family:CMTT10">relion_align_symmetry --i InitialModel/job017/run_it150_class001.mrc \
  --o InitialModel/job017/run_it150_class001_alignD2.mrc --sym D2
</span></pre><p style="color:rgb(0,0,0)"><span style="font-size:10pt;font-family:CMR10">And after confirming in UCSF Chimera or </span><span style="font-size:10pt;font-family:CMTT10">relion_display </span><span style="font-size:10pt;font-family:CMR10">that the symmetry axes in the map are now indeed aligned with the X, Y and Z-axes, we can now impose D2 symmetry using:</span></p><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-size:10pt;font-family:CMTT10">relion_image_handler --i InitialModel/job017/run_it150_class001_alignD2.mrc \
  --o InitialModel/job017/run_it150_class001_symD2.mrc --sym D2
</span></pre><p style="color:rgb(0,0,0)"><span style="font-size:10pt;font-family:CMR10">The output map of the latter command should be similar to the input map. You could check this by:</span></p><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-size:10pt;font-family:CMTT10">relion_display --i InitialModel/job017/run_it150_class001_alignD2.mrc &
relion_display --i InitialModel/job017/run_it150_class001_symD2.mrc &</span></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-size:10pt;font-family:CMTT10">------------------------------------------</span></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-size:10pt;font-family:CMTT10">and created the map </span></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)">refjob30_ct25_class001_symD2.mrc  Please see below</pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><br></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><img src="cid:ii_ku4jw8sx0" alt="image.png" width="485" height="542"><br></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-size:10pt;font-family:CMTT10">Now used the above map as a reference map in 3D auto-refinement run with the same extracted particles(that were without binning and used in the earlier 3D auto-ref run with C1-sym). </span></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-size:10pt;font-family:CMTT10">It didn't work and resulted in a totally useless map. </span></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-size:10pt;font-family:CMTT10">While the same data sets can produce good map with D2 symmetry in cryosparc.</span></pre><pre><font color="#000000" face="CMTT10"><span style="font-size:10pt;white-space:pre-wrap">Can someone </span><span style="white-space:pre-wrap;font-size:13.3333px">help </span><span style="font-size:10pt;white-space:pre-wrap">creating a good map in relion with D2 symmetry? </span></font></pre><pre><font color="#000000" face="CMTT10"><span style="font-size:10pt;white-space:pre-wrap">Thanking you in advance...</span></font></pre><pre><font color="#000000" face="CMTT10"><span style="font-size:10pt;white-space:pre-wrap">Best regards,</span></font></pre><pre><font color="#000000" face="CMTT10"><span style="font-size:10pt;white-space:pre-wrap">Raja</span></font></pre></div></div>