<div dir="auto">Ridiculous amount of RAM could mean 512Gb?</div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, 20 May 2021 at 13:21, Guillaume Gaullier <<a href="mailto:guillaume.gaullier@icm.uu.se">guillaume.gaullier@icm.uu.se</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204)">



<div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
Hello Kilian,
<div><br>
</div>
<div>Regarding number of cores versus frequency, I would suggest going for more cores: some job types in RELION are not GPU-accelerated but scale very well with more MPI processes (motion correction, bayesian polishing and CTF refinement), so for those
 you will benefit a lot more from having many cores than from having fewer faster cores. And 2.8-3.7 GHz is already plenty.</div>
<div><br>
</div>
<div>Another general advice would be: don’t be cheap with RAM and storage, both in terms of speed and amount. Fast CPUs and GPUs are no use if you can’t feed them your data fast enough (they would spend a lot of their time waiting for inputs). The
 amount of RAM is also easy to overlook, thinking you will only ever use RELION and cryoSPARC which can both use an SSD cache efficiently, but newer programs don’t always have this capability (I am thinking about cryoDRGN in particular), and it would be frustrating
 to have to wait until they implement this or find workarounds (RAM upgrade, or not using your entire dataset, etc.) in the meantime. Last year I bought a workstation for the lab I work at with what seemed like a ridiculous amount of RAM, and this year I’m
 thinking it was a good idea in hindsight, since I’ve been happily running cryoDRGN with large box sizes and many particles without any problem (besides that it takes a long time to run, of course… but I haven’t been limited by RAM when cryoDRGN loads the entire
 dataset).<br>
<div>
<div><br>
</div>
<div>I have no idea about your other questions, but there are probably compromises to make between all options (if not technical ones, at least in terms of budget).</div>
<div><br>
</div>
<div>I hope this helps, good luck!</div>
<div>
<div dir="auto" style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space;color:rgb(0,0,0)">
<div dir="auto" style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space;color:rgb(0,0,0)">
<div dir="auto" style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space;color:rgb(0,0,0)">
<div dir="auto" style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space;color:rgb(0,0,0)">
<div dir="auto" style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space;color:rgb(0,0,0)">
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space;color:rgb(0,0,0)">
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space;color:rgb(0,0,0)">
<div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space;color:rgb(0,0,0)">
<div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space;font-family:Helvetica">
<div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;color:rgb(0,0,0)">
<br>
Guillaume</div>
<div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div></div><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space"><div><div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On 20 May 2021, at 11:46, Kilian Schnelle <<a href="mailto:kilian.schnelle@uni-osnabrueck.de" target="_blank">kilian.schnelle@uni-osnabrueck.de</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
Hello everyone,
<div><br>
</div>
<div>I am currently thinking about which hardware to get for compute nodes mostly used for cryosparc and Relion with Sturm and would be glad if someone could give me an advice.</div>
<div><br>
</div>
<div>I was hovering over maybe something like the G292-Z43 servers from Gigabyte with 2-4 RTX 3090, 64-128 GB Ram and a NVMe SSD for cache. (Someone actually has experience with an exported NVMe SSD cache for all nodes? Worth over having one in every
 node?) I am not sure which CPU to get though I was thinking of:</div>
<div><br>
</div>
<div>- 2x <span>AMD Epyc 7543 32c/64t, 2,8-3,7 GHz, 256 MB L3, ~3700$/each</span></div>
<div><span><br>
</span></div>
<div><font style="color:rgb(0,0,0)">Or higher frequency and less cores?</font></div>
<div><font style="color:rgb(0,0,0)"><br>
</font></div>
<div>- 2x <span>AMD Epyc 74F3 24c/48t, 3,2-4,0 GHz, 256 MB L3, ~2900$/each</span></div>
<div><span><br>
</span></div>
<div><font style="color:rgb(0,0,0)">Or even just a single socket CPU with a different server like the 7532P?(Would have to calculate the PCIe lanes I need for everything but, would PCIe 4.0 x8 or x16 for the GPUs even make a difference?, I mean its same as 3.0 x16
 in throughput in theory)</font></div>
<div><br>
</div>
<div>- AMD Epyc 7543P 32c/64t, 2,8-3,7 GHz, 256 MB L3, ~2700$</div>
<div><br>
</div>
<div>Is it even worth going for the 256 MB L3 cache? Or is it worth going for Team Blue CPUs because of AVX 512?</div>
<div><br>
</div>
<div>Any insides would be highly appreciated.</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Best wishes</div>
<div>Kilian</div>
</div>
_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div></div></div><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space"><div><div></div>
</div>
<u></u>

<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
När du har kontakt med oss på Uppsala universitet med e-post så innebär det att vi behandlar dina personuppgifter. För att läsa mer om hur vi gör det kan du läsa här: <a href="https://urldefense.com/v3/__http://www.uu.se/om-uu/dataskydd-personuppgifter/__;!!Mih3wA!W1Uag_Pu-I6ca5jvZWv9Sa-me5dBrMSCy_wySw8GrmNJHJu6GbwIbrA5eNoI_OYasg$" target="_blank">http://www.uu.se/om-uu/dataskydd-personuppgifter/</a>
<br>
<br>
E-mailing Uppsala University means that we will process your personal data. For more information on how this is performed, please read here: <a href="https://urldefense.com/v3/__http://www.uu.se/en/about-uu/data-protection-policy__;!!Mih3wA!W1Uag_Pu-I6ca5jvZWv9Sa-me5dBrMSCy_wySw8GrmNJHJu6GbwIbrA5eNoVP56dCQ$" target="_blank">http://www.uu.se/en/about-uu/data-protection-policy</a>
</div>

_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
</blockquote></div></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Israel S Fernandez<div>Columbia University, New York City, NY, USA</div></div></div>