<div dir="ltr">Hi Jacopo,<div><br></div><div>I try but relion is my nightmare. I feel so useless with it.</div><div><br></div><div>In cryosparc I get nice 2D classes (or that what people say because of course I'm far far from have basic knowledge):</div><img src="cid:ii_knsrkfsw0" alt="Screenshot 2021-04-22 at 12.50.05.png" width="563" height="306"><br><div>But then in the 3D, anything makes sense. The "best" AB-initio for the moment looks like...</div><div><img src="cid:ii_knsrs8et2" alt="Screenshot 2021-04-22 at 12.56.00.png" width="563" height="342"><br></div><div><br></div><div><br></div><div>So I moved to relion and I set different combinations of parameters, but when I try to do the 2D classes (independently of my parameters in the autopick) I get that:</div><div><img src="cid:ii_knsrozm41" alt="Screenshot 2021-04-22 at 12.53.48.png" width="563" height="416"><br></div><div><br></div><div>It's obvious even for me that I'm doing something AWFULLY wrong, but I swear I tried and I don't understand what I'm doing wrong neither how to overcome it.</div><div><br></div><div>Thanks!!!!</div><div>Lucia</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El jue, 22 abr 2021 a las 12:43, Marino Jacopo (PSI) (<<a href="mailto:jacopo.marino@psi.ch">jacopo.marino@psi.ch</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">





<div lang="en-CH" style="overflow-wrap: break-word;">
<div class="gmail-m_2129297712275950613WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hi Lucia,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Don’t be desperate. You are in the initial phase of learning how to use Relion and cryosparc, so frustration might be normal.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Preferential orientation is an interesting topic and it might not impede that you reach high resolution density maps.
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">The suggestion of using Relion to circumvent orientation bias is funny. In Relion you might need to play around with the parameters to pick particles, better you do it with a small set
 of micrographs.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">You can also continue with cryosparc, maybe change the picking parameters to see whether you really don’t have much other 2D classes.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Go to ab-initio with your best 2D-classes. What do you get there ?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Good luck<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Jacopo<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="en-CH"><u></u> <u></u></span></p>
<div style="border-right:none;border-bottom:none;border-left:none;border-top:1pt solid rgb(225,225,225);padding:3pt 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">From:</span></b><span lang="EN-US"> 3dem <<a href="mailto:3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu</a>>
<b>On Behalf Of </b>Lucia<br>
<b>Sent:</b> Thursday, 22 April 2021 12:17<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<b>Subject:</b> [3dem] Relion issue Autopick - 2D classification<u></u><u></u></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi all,<br>
<br>
Sorry for bother and thanks for your patience/help. I’m trying to use Relion to Autopick (Laplacian) a set of elongated particles that are around 150A long. I managed to get a nice set of 2D classes in Cryosparc but, since I have preferential orientation, people
 recommend me to use Relion to redo my dataset analysis.<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
But... I'm really stuck, I have no experience with Relion and I don't manage to get any good autopicking that lead me to a 2D classification (even a preliminar one to re do the picking after), I just get black images or nonsense in the 2D classification, even
 when I check the images after the autopicking and they don't look bad.<br>
<br>
Honestly idk what to put here about the parameters that I'm using because I tried a bunch but blindly (since I have no idea neither experience).<br>
<br>
I was hoping someone could give me some suggestions that help me to overcome that point because I'm desperate.<br>
<br>
Thanks!<br>
Lucia<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div>