<div dir="ltr"><div>Hi Alexis,</div><div><br></div><div>Just a small clarification: for the urease and apoferritin data collected in Basel, the B-factors estimated from the amplitude spectrum (i.e. postprocessing) were from the symmetrized maps, whereas the ResLog B-factors you reported were from C1 reconstructions. For consistency, I share below the complete data and plots, with ResLog B-factors for C1 and symmetrized reconstructions. I am intrigued by their difference.</div><div><br></div><div>
<div>Urease</div><div>Resolution (FSC 0.143): 1.98 Å</div><div>Sharpening B-factor: -38 
Å^2</div><div>Reconstruction ("ResLog") B-factor: 64.1
Å^2 (C1) and 71.5 Å^2 (T)</div><div><br></div><div>
<div>Apoferritin</div><div>Resolution (FSC 0.143): 1.96 Å</div><div>Sharpening B-factor: -50 Å^2</div><div>Reconstruction ("ResLog") B-factor: 74.0
Å^2 (C1) and 114.3 Å^2 (O)</div><div><br></div><div>Best wishes,</div></div></div><div><div><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><br>--<br>Ricardo Diogo Righetto<br></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Em dom., 30 de ago. de 2020 às 08:05, Takanori Nakane <<a href="mailto:tnakane@mrc-lmb.cam.ac.uk" target="_blank">tnakane@mrc-lmb.cam.ac.uk</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Alexis,<br>
<br>
The B factor of 2.3 is not the value that made the spectrum flat.<br>
The value estimated by PostProcess was 22.3. However, this was blurred by 20<br>
before input into REFMAC. Thus, 2.3 in the "Refinement" table.<br>
<br>
The reason we need some blurring before model refinement is as follows.<br>
<br>
Wilson plot for crystallography is calculated after taking the resolution<br>
dependency of atomic scattering factors into account<br>
(see capital sigma in <a href="https://urldefense.com/v3/__https://smb.slac.stanford.edu/facilities/software/ccp4/html/pxmaths/bmg10.html__;!!Mih3wA!VbzHfREaHa5xs1lUjL_JGaOxMgD9UaTjmdYW60M0pH8wqO08R9mny2J8xHO6I1vSIA$" rel="noreferrer" target="_blank">https://urldefense.com/v3/__https://smb.slac.stanford.edu/facilities/software/ccp4/html/pxmaths/bmg10.html__;!!Mih3wA!VbzHfREaHa5xs1lUjL_JGaOxMgD9UaTjmdYW60M0pH8wqO08R9mny2J8xHO6I1vSIA$</a> ).<br>
This is not done in RELION's PostProcess. Thus, the value estimated by RELION "over-compensates"<br>
intrinsic resolution fall-off due to electron scattering factors, making them like<br>
normalized structure factors E in crystallography, which are not what REFMAC expects.<br>
<br>
Also note that some residues have lower flexibility than other residues.<br>
Sharpening them by a "global" B factor can make their ADPs negative.<br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
Takanori Nakane<br>
<br>
On 2020/08/30 0:20, Alexis Rohou wrote:<br>
> Dear colleagues,<br>
> <br>
> Thanks to those who replied. Below are a few examples I gathered of structures for which both types of B factors were available.<br>
> <br>
> Cheers,<br>
> Alexis<br>
> <br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> B factor (Å^2 )<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> Estimation method<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> Reference<br>
> <br>
> In situ bacterial 70S ribosomal subunit at 3.7 Å<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> 5<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> Amplitude spectrum<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> (Tegunov /et al./, 2020) and pers. comm. from D. Tegunov<br>
> <br>
> 86<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> ResLog<br>
> <br>
> Mouse apoferritin at 1.22 Å<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> 2.3<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> Amplitude spectrum<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> (Nakane /et al./, 2020)<br>
> <br>
> 32.5<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> ResLog<br>
> <br>
> Urease at 1.98 Å<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> 38<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> Amplitude spectrum<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> (Righetto /et al./, 2020) and pers. comm. from R. Righetto<br>
> <br>
> 64.1<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> ResLog<br>
> <br>
> Apoferritin at 1.96 Å<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> 50<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> Amplitude spectrum<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> Pers. comm. from R. Righetto<br>
> <br>
> 74<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> ResLog<br>
> <br>
> Mycobacterial secretion system ESX-3 dimer at 3.8 Å<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> 101<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> Amplitude spectrum<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> (Famelis /et al./, 2019) and pers. comm. from A. Rivera Calzada<br>
> <br>
> 144<br>
> <br>
>       <br>
> <br>
> ResLog<br>
> <br>
> <br>
> Famelis, N. /et al./ (2019) ‘Architecture of the mycobacterial type VII secretion system.’, /Nature/, 576(7786), pp. 321–325. doi: <br>
> 10.1038/s41586-019-1633-1.<br>
> <br>
> Merk, A. /et al./ (2020) ‘1.8 Å resolution structure of β-galactosidase with a 200 kV CRYO ARM electron microscope’, /IUCrJ/. International Union of <br>
> Crystallography, 7(4), pp. 1–5. doi: 10.1107/s2052252520006855.<br>
> <br>
> Nakane, T. /et al./ (2020) ‘Single-particle cryo-EM at atomic resolution’.<br>
> <br>
> Righetto, R. D. /et al./ (2020) ‘High-resolution cryo-EM structure of urease from the pathogen Yersinia enterocolitica’, /bioRxiv/, p. <br>
> 2020.04.28.065599. doi: 10.1101/2020.04.28.065599.<br>
> <br>
> Tegunov, D. /et al./ (2020) ‘Multi-particle cryo-EM refinement with M visualizes ribosome-antibiotic complex at 3 . 7 Å inside cells’.<br>
> <br>
> <br>
> <br>
> <br>
> On Sun, Jul 5, 2020 at 11:49 AM Alexis Rohou <<a href="mailto:a.rohou@gmail.com" target="_blank">a.rohou@gmail.com</a> <mailto:<a href="mailto:a.rohou@gmail.com" target="_blank">a.rohou@gmail.com</a>>> wrote:<br>
> <br>
>     Dear colleagues,<br>
> <br>
>     If you know of a publication that includes, for the same dataset, both:<br>
> <br>
>     (1) an estimate of the "sharpening" B factor (i.e. based on the radial amplitude spectrum of a 3D reconstruction) as well as<br>
>     (2) the B factor estimated from a plot of resolution as a function of number of particles (also known as ResLog plot),<br>
> <br>
>     ... would you please point me to relevant citation(s)?<br>
> <br>
>     Thanks!<br>
>     Alexis<br>
> <br>
>     PS. Feel free to reply to me directly if you prefer - I can summarize findings to the list in a few days<br>
> <br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> 3dem mailing list<br>
> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
> <a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
> <br>
<br>
_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
</blockquote></div>