<div dir="ltr">Hi Jay,<div><br></div><div>In cryoSPARC, you can try the new 3D Variability Analysis (3DVA) algorithm that can directly resolve continuous heterogeneity and flexibility from single particle data. We've recently written a paper about the algorithm and how to interpret results (preprint: <a href="https://urldefense.com/v3/__https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.08.032466v1__;!!Mih3wA!TcYCUD_wBUr5IORGTt-uKmJtnjAN7is2w2qHfWKXW5ewtmxRcaG0CfJN6xQiqEm9CQ$" target="_blank">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.08.032466v1</a>) and there are a couple of detailed tutorials online as well (<a href="https://urldefense.com/v3/__https://cryosparc.com/docs/tutorials/3d-variability-analysis__;!!Mih3wA!TcYCUD_wBUr5IORGTt-uKmJtnjAN7is2w2qHfWKXW5ewtmxRcaG0CfJN6xQykYwUEg$" target="_blank">https://cryosparc.com/docs/tutorials/3d-variability-analysis</a>). The algorithm has been used in several published studies to date and can resolve flexible dynamics even for smaller proteins eg. GPCR complexes. </div><div>You may also be interested in related discussions ongoing on the cryoSPARC discussion forum (<a href="https://urldefense.com/v3/__https://discuss.cryosparc.com/__;!!Mih3wA!TcYCUD_wBUr5IORGTt-uKmJtnjAN7is2w2qHfWKXW5ewtmxRcaG0CfJN6xR2x7wM2Q$" target="_blank">https://discuss.cryosparc.com/</a>).</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Ali Punjani</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, May 25, 2020 at 8:04 PM Jay Rai <<a href="mailto:jrai@fsu.edu" target="_blank">jrai@fsu.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:14pt;color:rgb(0,0,0)">
Just to be add: Its work like a charm on big complexes like ribosome. In other words- which software is best for the multibody refinement/ protein dynamics?</div>
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:14pt;color:rgb(0,0,0)">
Thanking you in advance,</div>
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:14pt;color:rgb(0,0,0)">
jay</div>
<div id="gmail-m_4054143205810765082gmail-m_4346403007355345395appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_4054143205810765082gmail-m_4346403007355345395divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> 3dem <<a href="mailto:3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu</a>> on behalf of Jay Rai <<a href="mailto:jrai@fsu.edu" target="_blank">jrai@fsu.edu</a>><br>
<b>Sent:</b> Monday, May 25, 2020 3:27 PM<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a> <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>
<b>Subject:</b> [3dem] About dynamics</font>
<div> </div>
</div>

<div dir="ltr">
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:14pt;color:rgb(0,0,0)">
Dear Cryo-EM folks,</div>
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:14pt;color:rgb(0,0,0)">
I am trying to solve the dynamics of  300 kD multi proteins complex. Any idea which software is the most useful? Any tips and suggestions. So, far I tried Relion and cryosprac. Both gave me different results. </div>
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:14pt;color:rgb(0,0,0)">
Thanks</div>
<div style="font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:14pt;color:rgb(0,0,0)">
Jay</div>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
</blockquote></div>