<div dir="ltr"><p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;line-height:normal;text-align:justify"><font face="arial, sans-serif" style="">Dear all,</font></p>

<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;line-height:normal;text-align:justify"><font face="arial, sans-serif"> </font></p>

<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;line-height:normal;text-align:justify"><font face="arial, sans-serif">I am trying to solve the structure of a tetrameric membrane protein
complex, with the protein embedded in detergent micelle (0.05% GDN) and a
soluble accessory protein attached to it. </font></p>

<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;line-height:normal;text-align:justify"><font face="arial, sans-serif"> </font></p>

<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;line-height:normal;text-align:justify"><font face="arial, sans-serif">Following 2D classification, while the side views and oblique views are
easily visible, and the top/bottom are very few (~1-2%) (please see attached image)
and get further diminished in subsequent rounds of 2D classification.   </font></p>

<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;line-height:normal;text-align:justify"><font face="arial, sans-serif"> </font></p>

<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;line-height:normal;text-align:justify"><font face="arial, sans-serif">While we are trying different grid types to overcome the orientation
problem at the sample level, I was wondering if there are certain tweaks we can
make to the analysis parameters (particle picking, box size, mask, ctf etc.) to
enhance the signal of protein embedded within a micelle in the current data
set. We are using Relion3.1 for SPA.</font></p>

<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;line-height:normal;text-align:justify"><font face="arial, sans-serif"> </font></p>

<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;line-height:normal;text-align:justify"><font face="arial, sans-serif">Any suggestions to salvage this set of data will be very helpful.</font></p>

<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;line-height:normal;text-align:justify"><font face="arial, sans-serif"> </font></p>

<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;line-height:normal;text-align:justify"><font face="arial, sans-serif">Thank you.</font></p>

<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;line-height:normal;text-align:justify"><font face="arial, sans-serif">Best regards,</font></p>

<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;line-height:normal;text-align:justify"><font face="arial, sans-serif" style="">Saumya</font></p></div>