<div dir="auto"><div>Dear Raj,<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">if you insist on using Relion, you can also exploit <i>relion_project</i> tool to generate desired number of backprojections (which will be on absolute grayscale) of your reference map. Then you can select a few of them for 2D-template-based picking.<br><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Best regards,</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Jan</div></div><br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Feb 13, 2020, 6:18 PM Ali Punjani <<a href="mailto:alipunjani@cs.toronto.edu">alipunjani@cs.toronto.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Clara,<br><br>In cryoSPARC, particle picking using references (2D or 3D) does not require references to be on the same greyscale as the data. You can use a 3D model generated from a PDB file without issue. The exact steps you might use in this case are:<br><ol><li>Create a volume from PDB (using eg. Chimera)</li><li>Import the volume into cryoSPARC using the "Import Volume" job</li><li>Use the “Create Templates” job to generate 2D templates from various orientations based on the input volume</li><li>Use the "Template Picker" job (GPU accelerated) to perform template picking using the generated references.</li></ol>The resulting particle picking scores can be thresholded to cleanly separate good particle picks from bad, interactively using the "Inspect Particle Picks" job (gif below):<br><br><div><img src="cid:ii_k6l080x30" alt="ezgif.com-optimize.gif" width="468" height="351" style="margin-right:0px"><br></div><br>Particle picking is described in the the standard cryoSPARC tutorial (<a href="https://cryosparc.com/docs/tutorials/t20s/#step-9" target="_blank" rel="noreferrer">https://cryosparc.com/docs/tutorials/t20s/#step-9</a>) and more details are provided in a blog post (<a href="https://cryosparc.com/docs/tutorials/particle-picking-calibration/" target="_blank" rel="noreferrer">https://cryosparc.com/docs/tutorials/particle-picking-calibration/</a>)<div><br>There are also several posts on the cryoSPARC discussion forum (<a href="https://discuss.cryosparc.com" target="_blank" rel="noreferrer">https://discuss.cryosparc.com</a>) regarding strategies and results using particle picking that may be of interest.<br><br>Hope this helps!<br><br></div><div>Thanks,</div><div>Ali</div><div><br></div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Feb 12, 2020 at 3:14 PM Clara Kielkopf <<a href="mailto:ckielkop@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">ckielkop@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Takanori, </div><div dir="ltr">Do you have similar reservations about reference-based particle picking in Cryosparc?</div><div>Many thanks,</div><div>-Clara</div><div dir="ltr"><br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Message: <br>
Date: Wed, 12 Feb 2020 16:00:45 -0000<br>
From: "Takanori Nakane" <<a href="mailto:tnakane@mrc-lmb.cam.ac.uk" target="_blank" rel="noreferrer">tnakane@mrc-lmb.cam.ac.uk</a>><br>
To: "Raja Dey" <<a href="mailto:rddey80@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">rddey80@gmail.com</a>><br>
Cc: <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
Subject: Re: [3dem] Autopick in relion 3.06 using 3D reference<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:5bf02f0ee0bad565b4d4fcb5f87b2f69.squirrel@mail.mrc-lmb.cam.ac.uk" target="_blank" rel="noreferrer">5bf02f0ee0bad565b4d4fcb5f87b2f69.squirrel@mail.mrc-lmb.cam.ac.uk</a>><br>
Content-Type: text/plain;charset=iso-2022-jp<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
I don't recommend this. I always start by picking<br>
about 10K - 100K particles by Laplacian-of-Gaussian picker<br>
(this is very quick) and running Class2D to make a<br>
template.<br>
<br>
A 3D map from a PDB file does not necessarily match<br>
the absolute grey scale of the micrographs. It might work,<br>
but not always.<br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
Takanori Nakane<br>
<br>
> Dear Members,<br>
> I am trying to pick particles using a 3D reference created from a<br>
> published<br>
> pdb file. I followed these steps to create the reference.<br>
> 1. used chimera to create a 15A mrc file from the pdb file.<br>
> 2. used relion image handler to change the pixel size (equal to the<br>
> micrographs) and box size (approximately double the particle size).<br>
> 3. So far, no particle has been picked up after multiple trials<br>
> 4. Then I ran the same job as a control on tutorial data of beta<br>
> galatosidase and unfortunately no success.<br>
><br>
> Don't know what I am missing. If anyone got success and have experience on<br>
> running autopicking job in relion3 using 3D reference, sharing your<br>
> knowledge would be very helpful.<br>
><br>
> Thanks and have a wonderful day.<br>
><br>
> Raj<br>
> _______________________________________________<br>
> 3dem mailing list<br>
> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
> <a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
><br>
<br><br>
End of 3dem Digest, Vol 150, Issue 22<br>
*************************************<br>
</blockquote></div></div></div>
_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
</blockquote></div></div></div>
_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
</blockquote></div></div></div>