<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Takanori, </div><div dir="ltr">Do you have similar reservations about reference-based particle picking in Cryosparc?</div><div>Many thanks,</div><div>-Clara</div><div dir="ltr"><br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Message: <br>
Date: Wed, 12 Feb 2020 16:00:45 -0000<br>
From: "Takanori Nakane" <<a href="mailto:tnakane@mrc-lmb.cam.ac.uk" target="_blank">tnakane@mrc-lmb.cam.ac.uk</a>><br>
To: "Raja Dey" <<a href="mailto:rddey80@gmail.com" target="_blank">rddey80@gmail.com</a>><br>
Cc: <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
Subject: Re: [3dem] Autopick in relion 3.06 using 3D reference<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:5bf02f0ee0bad565b4d4fcb5f87b2f69.squirrel@mail.mrc-lmb.cam.ac.uk" target="_blank">5bf02f0ee0bad565b4d4fcb5f87b2f69.squirrel@mail.mrc-lmb.cam.ac.uk</a>><br>
Content-Type: text/plain;charset=iso-2022-jp<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
I don't recommend this. I always start by picking<br>
about 10K - 100K particles by Laplacian-of-Gaussian picker<br>
(this is very quick) and running Class2D to make a<br>
template.<br>
<br>
A 3D map from a PDB file does not necessarily match<br>
the absolute grey scale of the micrographs. It might work,<br>
but not always.<br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
Takanori Nakane<br>
<br>
> Dear Members,<br>
> I am trying to pick particles using a 3D reference created from a<br>
> published<br>
> pdb file. I followed these steps to create the reference.<br>
> 1. used chimera to create a 15A mrc file from the pdb file.<br>
> 2. used relion image handler to change the pixel size (equal to the<br>
> micrographs) and box size (approximately double the particle size).<br>
> 3. So far, no particle has been picked up after multiple trials<br>
> 4. Then I ran the same job as a control on tutorial data of beta<br>
> galatosidase and unfortunately no success.<br>
><br>
> Don't know what I am missing. If anyone got success and have experience on<br>
> running autopicking job in relion3 using 3D reference, sharing your<br>
> knowledge would be very helpful.<br>
><br>
> Thanks and have a wonderful day.<br>
><br>
> Raj<br>
> _______________________________________________<br>
> 3dem mailing list<br>
> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
> <a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
><br>
<br><br>
End of 3dem Digest, Vol 150, Issue 22<br>
*************************************<br>
</blockquote></div></div></div>