<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi Philip,<br></div><div>It's just an additional phase added to the argument of the sine and cosine (amplitude contrast) functions in the CTF. See e.g. Eqn 2. in the <a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1047847715300460">CTFFIND4 paper</a>. It is not dependent on spatial frequency - every frequency gets the same additional phase shift due to the plate. Here is a <a href="https://gist.github.com/asarnow/b47c7f1c7aab1d292c10a8c03dd1b6b8">gist</a> of a Python function for evaluating the CTF, which is much the same as those in Relion or cisTEM.<br></div><div><br></div><div>I'm not sure if anyone knows the sign of the accumulated charge, but I imagine electrons are deposited and the charge is negative. Maybe someone else here has a better physically intuitive argument one way or the other.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>-da<br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, Mar 23, 2019 at 5:23 AM Philip Köck <<a href="mailto:Philip.Koeck@ki.se">Philip.Koeck@ki.se</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:rgb(0,0,0);font-size:10pt">
<div>Hi.</div>
<div><br>
</div>
<div>I've been looking for information on the contribution of a self charging phase plate (hole free or Volta)<br>
to the argument of the CTF in weak amplitude and phase approximation for homogenous specimens.</div>
<div><br>
What function is used to describe the phase shift as a function of spatial frequency?</div>
<div><br>
</div>
<div>Also, is the charge produced by the TEM-beam positive or negative (or both)?</div>
<div><br>
</div>
<div>All the best,</div>
<div><br>
</div>
<div>Philip</div>
</div>
<u></u>





<p class="gmail-m_-2647066060543709712p1"><span class="gmail-m_-2647066060543709712s1"></span><br>
</p>
<p class="gmail-m_-2647066060543709712p1"><span class="gmail-m_-2647066060543709712s1"></span><br>
</p>
<p class="gmail-m_-2647066060543709712p2"><span class="gmail-m_-2647066060543709712s1"><i>När du skickar e-post till Karolinska Institutet (KI) innebär detta att KI kommer att behandla dina personuppgifter.
</i><a href="https://ki.se/medarbetare/integritetsskyddspolicy" target="_blank"><span class="gmail-m_-2647066060543709712s2">Här finns information om hur KI behandlar personuppgifter</span></a>.<span class="gmail-m_-2647066060543709712Apple-converted-space"> </span></span></p>
<p class="gmail-m_-2647066060543709712p1"><span class="gmail-m_-2647066060543709712s1"></span><br>
</p>
<p class="gmail-m_-2647066060543709712p2"><span class="gmail-m_-2647066060543709712s1"><i>Sending email to Karolinska Institutet (KI) will result in KI processing your personal data.</i>
<a href="https://ki.se/en/staff/data-protection-policy" target="_blank"><span class="gmail-m_-2647066060543709712s2">You can read more about KI’s processing of personal data here</span></a>.<span class="gmail-m_-2647066060543709712Apple-converted-space"> </span></span></p>
</div>

_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
</blockquote></div>