<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style><![endif]--><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
{font-family:"Cambria Math";
panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
{font-family:DengXian;
panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
{font-family:Calibri;
panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
{font-family:"\@DengXian";
panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
{margin:0in;
margin-bottom:.0001pt;
font-size:11.0pt;
font-family:"Calibri",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
{mso-style-priority:99;
color:#0563C1;
text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
{mso-style-priority:99;
color:#954F72;
text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
{mso-style-type:personal-compose;
font-family:"Calibri",sans-serif;
color:windowtext;}
.MsoChpDefault
{mso-style-type:export-only;
font-family:"Calibri",sans-serif;}
@page WordSection1
{size:8.5in 11.0in;
margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
{page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-US" link="#0563C1" vlink="#954F72">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Dear Relion users,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Exxact Corporation has performed a series of Relion 3.0 benchmarks utilizing NVIDIA RTX 2080 GPUs. These were ran using CUDA9.2 and CUDA 10.0 See below for our results. We plan to release more benchmarks in the future. <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><b><o:p> </o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><b>Version:</b> Relion 3.0 Git version as of Oct 21<sup>st</sup>, 2018<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><b>System:</b> <a href="https://www.exxactcorp.com/Relion-for-Cryo-EM-Solutions?utm_source=web%20referral&utm_medium=backlink&utm_campaign=Relion%20User%20Mailing%20List&utm_term=3dem&utm_content=rtx%202080%20benchmark">
Exxact Relion Cryo-em Workstation</a> 2 x Intel Xeon Scalable Silver 4114 CPUs, 4 x RTX2080, 2 x 2TB SSD Raid 0, NVIDIA Driver Version: 410.57 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><b>Benchmark Set 1</b> - from <a href="https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php?title=Benchmarks_%26_computer_hardware">
https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php?title=Benchmarks_%26_computer_hardware</a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">wget <a href="ftp://ftp.mrc-lmb.cam.ac.uk/pub/scheres/relion_benchmark.tar.gz">
ftp://ftp.mrc-lmb.cam.ac.uk/pub/scheres/relion_benchmark.tar.gz</a> .<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">tar -zxf relion_benchmark.tar.gz<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><b>SUMMARY CUDA 9.2 sm6.1(hrs) CUDA 10.0 sm7.5(hrs)<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal">1 x RTX2080 5.24 5.79<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">1 x RTX2080 Preread 5.10 5.22<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">2 x RTX2080 3.00 3.04<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">2 x RTX2080 Preread 2.68 2.69<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">4 x RTX2080 2.00 2.05<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><img border="0" width="671" height="445" style="width:6.9895in;height:4.6354in" id="Picture_x0020_3" src="cid:image001.png@01D4D26C.12DF9310" alt="A screen shot of a computer
Description automatically generated"><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><b>COMMANDS<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><b>3D Classification<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal">Base Command<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">mpirun -n XXX `which relion_refine_mpi` --i Particles/shiny_2sets.star --ref emd_2660.map:mrc --firstiter_cc --ini_high 60 --ctf --ctf_corrected_ref --iter 25 --tau2_fudge 4 --particle_diameter 360 --K 6 --flatten_solvent --zero_mask --oversampling
1 --healpix_order 2 --offset_range 5 --offset_step 2 --sym C1 --norm --scale --random_seed 0 --o class3d<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><b>CUDA 9.2, sm6.1 (Default Relion 3.0beta2 build)<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal">### 1 x RTX2080 ###<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">mpirun -n 2 `which relion_refine_mpi` --i Particles/shiny_2sets.star --ref emd_2660.map:mrc --firstiter_cc --ini_high 60 --ctf --ctf_corrected_ref --iter 25 --tau2_fudge 4 --particle_diameter 360 --K 6 --flatten_solvent --zero_mask --oversampling
1 --healpix_order 2 --offset_range 5 --offset_step 2 --sym C1 --norm --scale --random_seed 0 --o class3d --scratch_dir /scr --gpu 0 --pool 100 --dont_combine_weights_via_disc --j 6<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">5.24 HOURS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">### 1 x 2080 pre-read ###<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">mpirun -n 2 `which relion_refine_mpi` --i Particles/shiny_2sets.star --ref emd_2660.map:mrc --firstiter_cc --ini_high 60 --ctf --ctf_corrected_ref --iter 25 --tau2_fudge 4 --particle_diameter 360 --K 6 --flatten_solvent --zero_mask --oversampling
1 --healpix_order 2 --offset_range 5 --offset_step 2 --sym C1 --norm --scale --random_seed 0 --o class3d --preread_images --gpu 0 --pool 100 --dont_combine_weights_via_disc --j 6<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">5.10 HOURS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">### 2 x RTX2080 ###<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">mpirun -n 3 `which relion_refine_mpi` --i Particles/shiny_2sets.star --ref emd_2660.map:mrc --firstiter_cc --ini_high 60 --ctf --ctf_corrected_ref --iter 25 --tau2_fudge 4 --particle_diameter 360 --K 6 --flatten_solvent --zero_mask --oversampling
1 --healpix_order 2 --offset_range 5 --offset_step 2 --sym C1 --norm --scale --random_seed 0 --o class3d --scratch_dir /scr --gpu 0:1 --pool 100 --dont_combine_weights_via_disc --j 6<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">3.00 HOURS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">### 2 x 2080 pre-read ###<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">mpirun -n 3 `which relion_refine_mpi` --i Particles/shiny_2sets.star --ref emd_2660.map:mrc --firstiter_cc --ini_high 60 --ctf --ctf_corrected_ref --iter 25 --tau2_fudge 4 --particle_diameter 360 --K 6 --flatten_solvent --zero_mask --oversampling
1 --healpix_order 2 --offset_range 5 --offset_step 2 --sym C1 --norm --scale --random_seed 0 --o class3d --preread_images --gpu 0:1 --pool 100 --dont_combine_weights_via_disc --j 6<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">2.68 HOURS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">### 4 x 2080 ###<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">mpirun -n 5 `which relion_refine_mpi` --i Particles/shiny_2sets.star --ref emd_2660.map:mrc --firstiter_cc --ini_high 60 --ctf --ctf_corrected_ref --iter 25 --tau2_fudge 4 --particle_diameter 360 --K 6 --flatten_solvent --zero_mask --oversampling
1 --healpix_order 2 --offset_range 5 --offset_step 2 --sym C1 --norm --scale --random_seed 0 --o class3d --scratch_dir /scr --gpu 0:1:2:3 --pool 100 --dont_combine_weights_via_disc --j 6<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">2.00 HOURS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><b>CUDA 10.0, sm7.5<o:p></o:p></b></p>
<p class="MsoNormal">### 1 x 2080 ###<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">mpirun -n 2 `which relion_refine_mpi` --i Particles/shiny_2sets.star --ref emd_2660.map:mrc --firstiter_cc --ini_high 60 --ctf --ctf_corrected_ref --iter 25 --tau2_fudge 4 --particle_diameter 360 --K 6 --flatten_solvent --zero_mask --oversampling
1 --healpix_order 2 --offset_range 5 --offset_step 2 --sym C1 --norm --scale --random_seed 0 --o class3d --scratch_dir /scr --gpu 0 --pool 100 --dont_combine_weights_via_disc --j 6<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">5.79 HOURS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">### 1 x 2080 pre-read ###<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">mpirun -n 2 `which relion_refine_mpi` --i Particles/shiny_2sets.star --ref emd_2660.map:mrc --firstiter_cc --ini_high 60 --ctf --ctf_corrected_ref --iter 25 --tau2_fudge 4 --particle_diameter 360 --K 6 --flatten_solvent --zero_mask --oversampling
1 --healpix_order 2 --offset_range 5 --offset_step 2 --sym C1 --norm --scale --random_seed 0 --o class3d --preread_images --gpu 0 --pool 100 --dont_combine_weights_via_disc --j 6<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">5.22 HOURS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">### 2 x 2080 ###<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">mpirun -n 3 `which relion_refine_mpi` --i Particles/shiny_2sets.star --ref emd_2660.map:mrc --firstiter_cc --ini_high 60 --ctf --ctf_corrected_ref --iter 25 --tau2_fudge 4 --particle_diameter 360 --K 6 --flatten_solvent --zero_mask --oversampling
1 --healpix_order 2 --offset_range 5 --offset_step 2 --sym C1 --norm --scale --random_seed 0 --o class3d --scratch_dir /scr --gpu 0:1 --pool 100 --dont_combine_weights_via_disc --j 6<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">3.04 HOURS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">### 2 x 2080 pre-read ###<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">mpirun -n 3 `which relion_refine_mpi` --i Particles/shiny_2sets.star --ref emd_2660.map:mrc --firstiter_cc --ini_high 60 --ctf --ctf_corrected_ref --iter 25 --tau2_fudge 4 --particle_diameter 360 --K 6 --flatten_solvent --zero_mask --oversampling
1 --healpix_order 2 --offset_range 5 --offset_step 2 --sym C1 --norm --scale --random_seed 0 --o class3d --preread_images --gpu 0:1 --pool 100 --dont_combine_weights_via_disc --j 6<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">2.69 HOURS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">### 4 x 2080 ###<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">mpirun -n 5 `which relion_refine_mpi` --i Particles/shiny_2sets.star --ref emd_2660.map:mrc --firstiter_cc --ini_high 60 --ctf --ctf_corrected_ref --iter 25 --tau2_fudge 4 --particle_diameter 360 --K 6 --flatten_solvent --zero_mask --oversampling
1 --healpix_order 2 --offset_range 5 --offset_step 2 --sym C1 --norm --scale --random_seed 0 --o class3d --scratch_dir /scr --gpu 0:1:2:3 --pool 100 --dont_combine_weights_via_disc --j 6<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">2.05 HOURS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Best Regards, <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="color:#015991">James Montantes </span></b><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;color:#404040">Ph </span></b><span style="font-size:10.0pt;color:#404040">510.226.7366 x319 |<b> M
</b>408.761.3071<b> </b>|<b> Fax</b> 510.226.7367</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#404040"><img border="0" width="283" height="16" style="width:2.9479in;height:.1666in" id="Picture_x0020_2" src="cid:image002.jpg@01D4D26C.12DF9310" alt="Description: line2.jpg"></span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<table class="MsoNormalTable" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="border-collapse:collapse">
<tbody>
<tr>
<td width="66" style="width:49.5pt;padding:0in 5.4pt 0in 5.4pt">
<p class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center"><span style="color:black"><img border="0" width="50" height="50" style="width:.5208in;height:.5208in" id="Picture_x0020_1" src="cid:image003.jpg@01D4D26C.12DF9310" alt="Description: icon-3.jpg"></span><b><span style="font-size:10.0pt;color:#404040"><o:p></o:p></span></b></p>
</td>
<td width="252" valign="top" style="width:189.0pt;padding:0in 5.4pt 0in 5.4pt">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;color:#404040">Exxact Corporation</span></b><span style="font-size:10.0pt;color:#404040"> | </span><u><span style="font-size:10.0pt;color:#0563C1"><a href="https://www.exxactcorp.com/Relion-for-Cryo-EM-Solutions?utm_source=web%20referral&utm_medium=backlink&utm_campaign=Relion%20User%20Mailing%20List&utm_term=3dem&utm_content=rtx%202080%20benchmark">www.exxactcorp.com<span style="font-size:11.0pt"><o:p></o:p></span></a></span></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#404040">Leading HPC and AV Solutions Provider</span><span style="color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#404040">ISO 9001:2008 Certified<b><o:p></o:p></b></span></p>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</body>
</html>