<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt; color:#000000; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255)">
Dear Steinar,</div>
<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255)">
<br>
</div>
<div dir="ltr" style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255)">
EMAN2 contains a program "e2unwrap.py" written by John Flanagan that unspools a virus onto a cylinder. You should apply an inner and outer mask to your map before running e2unwrap.py. After you install EMAN2, I recommend you open e2unwrap.py in a text editor
 and change the line</div>
<div dir="ltr" style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255)">
polarslice = slice2d.unwrap(0,-1,180,0,0,1,<wbr>0)</div>
<div dir="ltr" style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255)">
to</div>
<div dir="ltr" style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255)">
polarslice = slice2d.unwrap(0,-1,720,0,0,1,<wbr>0)</div>
<div dir="ltr" style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: small; orphans: 2; widows: 2; background-color: rgb(255, 255, 255)">
because otherwise the sampling will not look good with today's high-DPI figures.<br>
<div><br>
</div>
<div>An example is seen in Fig. 4C of <a href="https://www.pnas.org/content/113/41/11519.long" target="_blank" style="color: rgb(17, 85, 204)">https://www.pnas.org/<wbr>content/113/41/11519.long</a><span> </span>from Junjie Zhang group</div>
<div>I also have done "double unwrapping" in FIgure 7 of my review on virus cryoEM <a href="https://www.annualreviews.org/doi/full/10.1146/annurev-virology-101416-041921" target="_blank" style="color: rgb(17, 85, 204)">https://www.<wbr>annualreviews.org/doi/full/10.<wbr>1146/annurev-virology-101416-<wbr>041921</a><span> </span>where
 I used e2unwrap, then transformed the output and ran e2unwrap again.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div>Jason</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>--</div>
<div>J T Kaelber, PhD</div>
<div>Director, Rutgers New Jersey CryoEM/CryoET Core Facility</div>
<div>Institute for Quantitative Biomedicine</div>
<div>174 Frelinghuysen Rd</div>
<div>Piscataway, NJ 08854</div>
</div>
</div>
</div>
<div id="signature"></div>
</body>
</html>