<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.msonormal0, li.msonormal0, div.msonormal0
        {mso-style-name:msonormal;
        mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0in;
        mso-margin-bottom-alt:auto;
        margin-left:0in;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
span.apple-tab-span
        {mso-style-name:apple-tab-span;}
span.EmailStyle19
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi Amedee,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">NVLINK can provide more GPU memory. I am not aware of any cryo-EM tools which make significant use of shared GPU memory or use NCCL (<a href="https://developer.nvidia.com/nccl">https://developer.nvidia.com/nccl</a>). Please let me know
 if you have ideas for applications which would benefit and any efforts underway to implement.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thank you.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">-Jon<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;color:#1A1A1A;background:white">Jonathan Lefman<br>
</span></b><span style="font-size:10.0pt;color:#1A1A1A">Developer Relations Manager - Healthcare and Life Sciences</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:#1A1A1A"><br>
</span><span style="font-size:10.0pt;color:#1A1A1A"><a href="http://www.nvidia.com/" target="_blank"><span style="color:#76B900;background:white">NVIDIA</span></a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b>From:</b> 3dem <3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu> <b>On Behalf Of
</b>Amedee des Georges<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, February 6, 2019 4:52 PM<br>
<b>To:</b> 3dem@ncmir.ucsd.edu<br>
<b>Subject:</b> [3dem] Using NVLink on RTX cards<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Following the question on the Titan RTX, I see that we can add an NVLink between two cards to potentially double the available memory. 
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">I am sure many would be interested to know if our beloved cryo-EM programs can take advantage of this natively or if it is not so simple. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Best,<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt">--<br>
Amedee des Georges, Ph.D. <br>
Assistant Professor, Structural Biology Initiative, CUNY Advanced Science Research Center<br>
Assistant professor of Chemistry & Biochemistry, City College of New York<br>
<a href="mailto:amedee.desgeorges@asrc.cuny.edu">amedee.desgeorges@asrc.cuny.edu</a> - <a href="http://asrc.cuny.edu">http://asrc.cuny.edu</a>  -  212-413-3232</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
Message: 1<br>
Date: Wed, 6 Feb 2019 19:02:10 +0000<br>
From: Jonathan Lefman <<a href="mailto:jlefman@nvidia.com">jlefman@nvidia.com</a>><br>
To: Saikat Chowdhury <<a href="mailto:saikatbioinfo@gmail.com">saikatbioinfo@gmail.com</a>><br>
Cc: "<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>" <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>>,<br>
"<a href="mailto:CCPEM@jiscmail.ac.uk">CCPEM@jiscmail.ac.uk</a>" <<a href="mailto:CCPEM@jiscmail.ac.uk">CCPEM@jiscmail.ac.uk</a>><br>
Subject: Re: [3dem] [ccpem] Titan RTX Vs RTX2080Ti<br>
<br>
<br>
Hi Saikat,<br>
<br>
Would you please let me know which application / functional component of cryo-EM data processing? I will do my best to provide guidance where I am able.<br>
<br>
Thank you.<br>
<br>
-Jon<br>
<br>
Jonathan Lefman<br>
Developer Relations Manager - Healthcare and Life Sciences<br>
NVIDIA<<a href="http://www.nvidia.com/">http://www.nvidia.com/</a>><br>
<br>
<br>
<br>
From: 3dem <<a href="mailto:3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu">3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu</a>> On Behalf Of Saikat Chowdhury<br>
Sent: Tuesday, February 5, 2019 9:43 PM<br>
To: <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
Cc: <a href="mailto:CCPEM@jiscmail.ac.uk">CCPEM@jiscmail.ac.uk</a><br>
Subject: Re: [3dem] [ccpem] Titan RTX Vs RTX2080Ti<br>
<br>
Hi cryo-EM community members,<br>
<br>
I would like to know if anyone is using or benchmarked the Titan RTX card for cryo-EM data processing?<br>
<br>
Is it worth the price of the card (almost twice the price of the RTX 2080Ti)?<br>
<br>
Thanks,<br>
-Saikat<br>
<br>
-SAIKAT CHOWDHURY, Ph.D<br>
Assistant Professor<br>
Dept. of Biochemistry and Cell Biology<br>
Stony Brook University<br>
CMM 144<br>
Stony Brook, NY 11794-5115<br>
(Joint appointment - Brookhaven National Laboratory)<br>
<br>
<br>
On Wed, Dec 5, 2018 at 1:56 PM Min, Xiaoshan <<a href="mailto:xmin@amgen.com">xmin@amgen.com</a><<a href="mailto:xmin@amgen.com">mailto:xmin@amgen.com</a>>> wrote:<br>
Dear Community,<br>
<br>
A couple weeks ago there were a couple of  helpful discussions on the comparison between different GPUs.  I am wondering if people can provide some insight into the newly announced Titan RTX
<a href="https://www.nvidia.com/en-us/titan/titan-rtx/">https://www.nvidia.com/en-us/titan/titan-rtx/</a>   The 24GB memory seems to be particularly appealing.<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Xiaoshan<br>
<br>
<br>
Xiaoshan Min | Principal Scientist<br>
Amgen Inc.<br>
Department of Molecular Engineering<br>
1120 Veterans Blvd | South San Francisco, CA<br>
Ph. 6502442412 | <a href="mailto:xmin@amgen.com">xmin@amgen.com</a><<a href="mailto:xmin@amgen.com">mailto:xmin@amgen.com</a>><br>
<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Wed, 6 Feb 2019 14:06:09 -0500<br>
From: Saikat Chowdhury <<a href="mailto:saikatbioinfo@gmail.com">saikatbioinfo@gmail.com</a>><br>
To: Jonathan Lefman <<a href="mailto:jlefman@nvidia.com">jlefman@nvidia.com</a>><br>
Cc: "<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>" <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>>,<br>
"<a href="mailto:CCPEM@jiscmail.ac.uk">CCPEM@jiscmail.ac.uk</a>" <<a href="mailto:CCPEM@jiscmail.ac.uk">CCPEM@jiscmail.ac.uk</a>><br>
Subject: Re: [3dem] [ccpem] Titan RTX Vs RTX2080Ti<br>
<br>
Dear Jonathan,<br>
<br>
I am referring to the standard cryo-EM data processing packages like<br>
Relion-3-beta, Cryosparc 2, IMOD to name a few.<br>
<br>
Thanks,<br>
-Saikat<br>
<br>
On Wed, Feb 6, 2019 at 2:02 PM Jonathan Lefman <<a href="mailto:jlefman@nvidia.com">jlefman@nvidia.com</a>> wrote:<br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br>
*From:* 3dem <<a href="mailto:3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu">3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu</a>> *On Behalf Of *Saikat Chowdhury<br>
*Sent:* Tuesday, February 5, 2019 9:43 PM<br>
*To:* <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
*Cc:* <a href="mailto:CCPEM@jiscmail.ac.uk">CCPEM@jiscmail.ac.uk</a><br>
*Subject:* Re: [3dem] [ccpem] Titan RTX Vs RTX2080Ti<br>
<br>
<br>
<br>
Hi cryo-EM community members,<br>
<br>
<br>
<br>
I would like to know if anyone is using or benchmarked the Titan RTX card<br>
for cryo-EM data processing?<br>
<br>
<br>
<br>
Is it worth the price of the card (almost twice the price of the RTX<br>
2080Ti)?<br>
<br>
<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
-Saikat<br>
<br>
<br>
<br>
*-SAIKAT CHOWDHURY, Ph.D*<br>
<br>
Assistant Professor<br>
<br>
Dept. of Biochemistry and Cell Biology<br>
<br>
Stony Brook University<br>
<br>
CMM 144<br>
<br>
Stony Brook, NY 11794-5115<br>
<br>
(Joint appointment - Brookhaven National Laboratory)<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
</blockquote>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>

<DIV>
<HR>
</DIV>
<DIV>This email message is for the sole use of the intended recipient(s) and may 
contain confidential information.  Any unauthorized review, use, disclosure 
or distribution is prohibited.  If you are not the intended recipient, 
please contact the sender by reply email and destroy all copies of the original 
message. </DIV>
<DIV>
<HR>
</DIV>
</body>
</html>