<div dir="auto"><div>Hi Steinar,</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I will give a +1 to Vladan's suggestion. In emClarity, the option "fscSplitOnTomos" was added for just this reason.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I realize you have removed the overlapping particles, by editing your star files I suppose, but what distance do you use to ensure no overlap? </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Keep in mind that there may be mixing of signal/noise some distance outside your particle envelope as well, especially if you are multiple micron off focus.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Ben H</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br><br><div class="gmail_quote" dir="auto"><div dir="ltr">On Fri, Nov 2, 2018, 3:00 PM  <<a href="mailto:3dem-request@ncmir.ucsd.edu">3dem-request@ncmir.ucsd.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send 3dem mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:3dem-request@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem-request@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:3dem-owner@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem-owner@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of 3dem digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: Add random noise to reconstruction (Vladan Lucic)<br>
   2. Re: Add random noise to reconstruction (Steinar Halldorsson)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Fri, 2 Nov 2018 18:21:04 +0100<br>
From: Vladan Lucic <<a href="mailto:vladan@biochem.mpg.de" target="_blank" rel="noreferrer">vladan@biochem.mpg.de</a>><br>
To: <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>
Subject: Re: [3dem] Add random noise to reconstruction<br>
Message-ID: <<a href="mailto:8b43672d-ec5e-c6ff-514d-bd06dc136257@biochem.mpg.de" target="_blank" rel="noreferrer">8b43672d-ec5e-c6ff-514d-bd06dc136257@biochem.mpg.de</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="windows-1252"; Format="flowed"<br>
<br>
Hi Stelnar,<br>
<br>
<br>
Perhaps you have double (overlapping) particles, as a result of double <br>
picking or translations during refinement for example. A quick way to <br>
check for this is to make particle half-sets from different tomograms <br>
(split tomograms in two groups and make each half particle set from one <br>
group). In this way, double particles will always be in the same <br>
particle half-set. If the FSC between these halves goes to 0, it's <br>
double particles.<br>
<br>
<br>
Just a guess, hope it helps<br>
<br>
<br>
Best,<br>
<br>
Vladan<br>
<br>
<br>
On 11/2/18 5:44 PM, Steinar Halldorsson wrote:<br>
><br>
> Hi all<br>
><br>
><br>
> I have something which looks like an artefact in my FSC curves from <br>
> tomography data calculated in Relion. Basically the curves hover <br>
> around 0.1 instead of reaching 0... And this is not coming from my <br>
> mask btw. There is quite a lot of information (protein) outside of the <br>
> mask, you can see clear but slightly smeary density from neighbours in <br>
> the final maps, and I wonder if this is?causing these correlations? <br>
> One way I have thought to test this is to take my two half maps, <br>
> somehow add random noise to parts outside of my region of interest and <br>
> then recalculate my FSC.<br>
><br>
><br>
> Firstly, does this sound like a reasonable thing to try?<br>
> Secondly, does anyone have a suggestion of how to actually do the <br>
> random noise addition outside of my region of interest?<br>
><br>
> Cheers,<br>
><br>
> Steinar<br>
><br>
><br>
> ---<br>
><br>
> Steinar Halldorsson<br>
><br>
> Postdoctorate Fellow<br>
><br>
> Rosenthal lab<br>
><br>
> The Francis Crick Institute<br>
> London, United Kingdom<br>
><br>
> The Francis Crick Institute Limited is a registered charity in England <br>
> and Wales no. 1140062 and a company registered in England and Wales <br>
> no. 06885462, with its registered office at 1 Midland Road London NW1 1AT<br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> 3dem mailing list<br>
> <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
> <a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mail.ncmir.ucsd.edu/pipermail/3dem/attachments/20181102/42ae2e0e/attachment-0001.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://mail.ncmir.ucsd.edu/pipermail/3dem/attachments/20181102/42ae2e0e/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Fri, 2 Nov 2018 18:19:11 +0000<br>
From: Steinar Halldorsson <<a href="mailto:steinar.halldorsson@crick.ac.uk" target="_blank" rel="noreferrer">steinar.halldorsson@crick.ac.uk</a>><br>
To: Vladan Lucic <<a href="mailto:vladan@biochem.mpg.de" target="_blank" rel="noreferrer">vladan@biochem.mpg.de</a>>, "<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>"<br>
        <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>
Subject: Re: [3dem] Add random noise to reconstruction<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:HE1PR03MB300415F5567827E4B12DF23ABFCF0@HE1PR03MB3004.eurprd03.prod.outlook.com" target="_blank" rel="noreferrer">HE1PR03MB300415F5567827E4B12DF23ABFCF0@HE1PR03MB3004.eurprd03.prod.outlook.com</a>><br>
<br>
Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>
<br>
Hi Vladan<br>
<br>
<br>
I have removed overlapping particles but it didn't change the FSC behaviour.<br>
<br>
<br>
Steinar<br>
<br>
________________________________<br>
From: 3dem <<a href="mailto:3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu</a>> on behalf of Vladan Lucic <<a href="mailto:vladan@biochem.mpg.de" target="_blank" rel="noreferrer">vladan@biochem.mpg.de</a>><br>
Sent: 02 November 2018 17:21:04<br>
To: <a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
Subject: Re: [3dem] Add random noise to reconstruction<br>
<br>
<br>
Hi Stelnar,<br>
<br>
<br>
Perhaps you have double (overlapping) particles, as a result of double picking or translations during refinement for example. A quick way to check for this is to make particle half-sets from different tomograms (split tomograms in two groups and make each half particle set from one group). In this way, double particles will always be in the same particle half-set. If the FSC between these halves goes to 0, it's double particles.<br>
<br>
<br>
Just a guess, hope it helps<br>
<br>
<br>
Best,<br>
<br>
Vladan<br>
<br>
<br>
On 11/2/18 5:44 PM, Steinar Halldorsson wrote:<br>
<br>
Hi all<br>
<br>
<br>
I have something which looks like an artefact in my FSC curves from tomography data calculated in Relion. Basically the curves hover around 0.1 instead of reaching 0... And this is not coming from my mask btw. There is quite a lot of information (protein) outside of the mask, you can see clear but slightly smeary density from neighbours in the final maps, and I wonder if this is causing these correlations? One way I have thought to test this is to take my two half maps, somehow add random noise to parts outside of my region of interest and then recalculate my FSC.<br>
<br>
Firstly, does this sound like a reasonable thing to try?<br>
Secondly, does anyone have a suggestion of how to actually do the random noise addition outside of my region of interest?<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Steinar<br>
<br>
<br>
---<br>
<br>
Steinar Halldorsson<br>
<br>
Postdoctorate Fellow<br>
<br>
Rosenthal lab<br>
<br>
The Francis Crick Institute<br>
London, United Kingdom<br>
<br>
The Francis Crick Institute Limited is a registered charity in England and Wales no. 1140062 and a company registered in England and Wales no. 06885462, with its registered office at 1 Midland Road London NW1 1AT<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><mailto:<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><<a href="https://emea01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fmail.ncmir.ucsd.edu%2Fmailman%2Flistinfo%2F3dem&data=02%7C01%7C%7Ccb937a620d89499489db08d640e79c9e%7C4eed7807ebad415aa7a99170947f4eae%7C0%7C0%7C636767760866341286&sdata=ZGt4aA6fFvTtxlf2mbVxg5eVJzyuhS3LgKiiCH0shTc%3D&reserved=0" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://emea01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fmail.ncmir.ucsd.edu%2Fmailman%2Flistinfo%2F3dem&data=02%7C01%7C%7Ccb937a620d89499489db08d640e79c9e%7C4eed7807ebad415aa7a99170947f4eae%7C0%7C0%7C636767760866341286&sdata=ZGt4aA6fFvTtxlf2mbVxg5eVJzyuhS3LgKiiCH0shTc%3D&reserved=0</a>><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
The Francis Crick Institute Limited is a registered charity in England and Wales no. 1140062 and a company registered in England and Wales no. 06885462, with its registered office at 1 Midland Road London NW1 1AT<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mail.ncmir.ucsd.edu/pipermail/3dem/attachments/20181102/7363db70/attachment-0001.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://mail.ncmir.ucsd.edu/pipermail/3dem/attachments/20181102/7363db70/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Subject: Digest Footer<br>
<br>
_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank" rel="noreferrer">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
End of 3dem Digest, Vol 135, Issue 3<br>
************************************<br>
</blockquote></div></div></div>