<div dir="ltr">Hi, Sayan<div><br></div><div>Our suggestions: </div><div>1. You can actually install CUDA on the headnode (you will not be able to run the program without the driver but compiling should be fine). Make sure that all nodes have the same CUDA installed and for compute nodes, NVIDIA driver is installed properly. </div><div><br></div><div>2. Then compile and make RELION into a module that can be loaded on all nodes. </div><div><br></div><div>3. Set up a job submission template for RELION. We typically use SLURM scheduler, but it really depends on your cluster setup. </div><div><br></div><div>Good luck!</div><div><br></div><div>Best regards, </div><div><br></div><div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>-Clara</div><div>SingleParticle.com</div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Wed, Oct 24, 2018 at 12:41 PM Sayan Bhakta <<a href="mailto:19sayanbhakta89@gmail.com">19sayanbhakta89@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="auto"><div dir="auto">Hi,</div><div dir="auto">I am using a cluster with 4 blades. One is the master node without any graphics card. Other three have CUDA compatible high end graphics card. In the master node CUDA was installed without any graphics driver and in the three slave nodes CUDA was installed with appropriate graphics driver. All the four nodes has similar architecture and CUDA installation paths are same on each blades.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I was going to compile relion with cmake in the master node and I got stuck how to source the paths of CUDA and Nvidia driver environments from different nodes while compiling with cmake. As on the master node there are no graphics driver, cmake will not be able to compile the GPU version of relion. </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">My plan was as below.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">First, making a module with CUDA environment variables and loading it before relion compilation. But I don't know how to make the module with CUDA from different nodes. If any guidance is there would be very helpful.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Secondly, after successful installation, making a module for relion with all CUDA and other necessary (like openmpi,  ctffind, gctf, mitioncorrection, etc) environment variables and loading it while submitting the job. But in this case also I don't know how to specify GPU from different nodes in the module file. </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Please help and ask for further information if needed.</div><div dir="auto"><br></div></div>
_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
</blockquote></div>