<div dir="ltr"><div><span style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">Dear 3DEM,</span></div><span style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline"><div><span style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline"><br></span></div>We are pleased to announce the public release of cryoSPARC™ v2!</span><br style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><br style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><span style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">Thank you to all v2 beta testers and the hundreds of labs using the original version of cryoSPARC, released in 2017, for your tremendous support and feedback.<span> </span></span><a href="https://cryosparc.com/" style="color:rgb(17,85,204);font-size:small">Click here to get cryoSPARC v2</a><span style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">.</span><br style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><br style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><b style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">About v2</b><br style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><br style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><span style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">CryoSPARC v2 is an easy to use and intuitive platform for all stages of processing single particle cryo-EM data. This new version introduces new algorithms, robust high-performance implementations of established algorithms, and incorporates the methodological advances that were made in the original cryoSPARC. A major software and UI redesign provides a new fluid interface for basic and advanced users, automatic workflows, cluster compatibility, and more. CryoSPARC is available for both academic and commercial use, and is built by<span> </span></span><a href="https://structura.bio/" style="color:rgb(17,85,204);font-size:small">Structura Biotechnology Inc.</a><span style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">, where development of the software and methods are ongoing.</span><br><div><span style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline"><br></span></div><div><span style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline"><div style="text-align:center"><a href="https://youtu.be/KFRyTujTGWA"><img src="cid:ii_jky5u28c0_165488b5d228717d" width="544" height="340" alt="https://youtu.be/KFRyTujTGWA"></a><br></div><br></span></div><div><span style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline"><br></span></div><div><span style="font-size:small;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline"><b style="background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">Highlights</b><br style="background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><ul style="background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><li>Optimized and robust full-pipeline processing from raw movies to refined structures in just a few hours. For example, 3 hours on a single workstation to process 1500 raw movies into a 2.2 A refined map of beta-galactosidase<br></li><li>Novel non-uniform refinement algorithm that accounts for disordered regions in structures and achieves substantial gains in map quality and resolution, especially for membrane proteins (beta version available now, manuscript in preparation)<br></li><li>New fast algorithms for motion correction with automatic data-driven optimal smoothing for both full-frame and local motion correction with exposure-weighting<br></li><li>Powerful curation tool to identify, inspect and select high quality micrographs<br></li><li>Automatic particle selection with interactive curation and rejection of false positives<br></li><li>Extremely fast 2D classification. For example, 1,000,000 particles into 50 classes in 2 hours on a single GPU<br></li><li>Ab-initio reconstruction for both homogeneous and heterogeneous datasets, capable of identifying multiple conformations, distinct structures, and junk particles effectively and automatically<br></li><li>Extremely fast high-resolution refinement, typically 30 minutes on a single GPU for 100,000 particles<br></li><li>Interactive tree view showing complete processing workflows and fluid UI<br></li><li>Drag and drop job builder: cryoSPARC handles all bookkeeping for files, paths and metadata<br></li><li>Smart queuing system that allows users to chain jobs together and create complex workflows, and then queue them to run fully automatically<br></li><li>Fully transparent, managed SSD caching - files are cached, reused, and purged automatically<br></li><li>Full cluster and multi-node support, allowing one cryoSPARC master instance to spawn jobs on as many worker nodes as required<br></li><li>Simple installation with no compilation and all dependencies bundled<br></li><li>Clear documentation and tutorials<br></li><li>Seamless upgrades as new versions are deployed<br></li></ul><br style="background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><a href="https://cryosparc.com/" style="color:rgb(17,85,204);background-color:rgb(255,255,255)">Click here</a><span style="background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"> </span><span style="background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">for more information and to download cryoSPARC v2.</span><span style="background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"> </span><a href="https://cryosparc.com/docs" style="color:rgb(17,85,204);background-color:rgb(255,255,255)">Full documentation</a><span style="background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"> </span><span style="background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">and a</span><span style="background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"> </span><a href="https://cryosparc.com/docs/tutorial" style="color:rgb(17,85,204);background-color:rgb(255,255,255)">step-by-step tutorial</a><span style="background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"> </span><span style="background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">are also available.</span><br style="background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><br style="background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><span style="background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">Thanks,</span><br style="background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><div style="background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">The cryoSPARC Team</div><br class="gmail-Apple-interchange-newline"><br></span></div></div>