<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr">
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
Dear colleagues,</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
<br>
</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
We've newly installed Relion 2 on our work station with 128GB RAM and 2x GTX1080 graphic cards.</p>
<p><font size="3">During 3-D refine with "</font><font color="#212121" face="wf_segoe-ui_normal, Segoe UI, Segoe WP, Tahoma, Arial, sans-serif, serif, EmojiFont"><span style="font-size: 15px;">3-MPI processes, preload particles in RAM and combined processes
 through the disk", we got errors as below and it always terminate at iteration 11</span></font><font color="#212121" face="wf_segoe-ui_normal, Segoe UI, Segoe WP, Tahoma, Arial, sans-serif, serif, EmojiFont"><span style="font-size: 15px;">.</span></font></p>
<p><font color="#212121" face="wf_segoe-ui_normal, Segoe UI, Segoe WP, Tahoma, Arial, sans-serif, serif, EmojiFont"><span style="font-size: 15px;">Does any one know what this issue is related and how to resolve it?</span></font></p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
<span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: wf_segoe-ui_normal, 'Segoe UI', 'Segoe WP', Tahoma, Arial, sans-serif, serif, EmojiFont; font-size: 15px;"><br>
</span></p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
Kernel_error:invalid argument in /home/sbgrid/Downloads/relion/src/gpu_utils/cuda_ml_optimister.cu at line 289 (error-code 11)<br>
</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
---------------</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
mpirun noticed that process rank 1 with PID 16702 no node primo exited on signal 11 (Segmentation fault).</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
---------------</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
[primo:16702] [6]/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5)[0x7f49a9e7db35]</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
[primo:16702] [7]/usr/local/bin/relion/bin/relion_refine_mpi[0x40a2bf]</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
[primo:16702] ***End of error message***</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
<br>
</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
Thank you very much!</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
<br>
</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
Fei Guo</p>
<p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', NotoColorEmoji, 'Segoe UI Symbol', 'Android Emoji', EmojiSymbols; font-size: 12pt;">
<br>
</p>
</div>
</body>
</html>