<div dir="ltr">Hi Henning,<div><br></div><div>We have a similarly equipped system and encountered the following issues that could lead to something like this:</div><div><br></div><div>1. A mild pulsing of the HT, visible at spot 1 in probe mode near crossover.  This was made worse by the Keithley power supply for our Phase Plate.  We resolved this by moving the power supply farther from the column, and plugging it onto the microscope powered outlets.  Since the LS Quantums are not coupled directly to the HT, this makes the problem even worse when going through the GIF.</div><div>2. Vibration caused by pump (either turbo, or rotary, depending on what was happening in vacuum-land).</div><div>3. Improperly "tuned" GIF.</div><div><br></div><div>I would also do a drift test to see if you have systematic motion along Y.  If you have a pre-GIF camera, check if you have a similar attenuation, thereby possibly excluding the GIF as the source. Check to make sure the phase plate is properly grounded, if you have one.</div><div><br></div><div>Let us know what it was once you figure it out.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div><br></div><div>mike</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 12, 2017 at 5:20 PM, Shi, Dan <span dir="ltr"><<a href="mailto:shid@janelia.hhmi.org" target="_blank">shid@janelia.hhmi.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif">
<div>Hi Henning,</div>
<div><br>
</div>
<div>There is one more thing you may check, the comma free alignment is important to the high resolution, beam tilted too much would distort images.</div><span class="">
<div><br>
</div>
<div>Dan</div>
<div><br>
</div>
<div>Dan Shi</div>
<div>Janelia Research Campus, HHMI</div>
</span><div>19700 Helix Dr, Ashbirn</div><span class="">
<div>VA 20147, USA </div>
<div><br>
</div>
<span id="m_8971328581347250286OLK_SRC_BODY_SECTION">
<div style="font-family:Calibri;font-size:11pt;text-align:left;color:black;BORDER-BOTTOM:medium none;BORDER-LEFT:medium none;PADDING-BOTTOM:0in;PADDING-LEFT:0in;PADDING-RIGHT:0in;BORDER-TOP:#b5c4df 1pt solid;BORDER-RIGHT:medium none;PADDING-TOP:3pt">
<span style="font-weight:bold">From: </span>3dem <<a href="mailto:3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu</a>> on behalf of Henning Stahlberg <<a href="mailto:henning.stahlberg@unibas.ch" target="_blank">henning.stahlberg@unibas.ch</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Thursday, May 11, 2017 at 9:08 AM<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span>3dem <<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu" target="_blank">3dem@ncmir.ucsd.edu</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>[3dem] Request for help to find source of resolution loss in cryo-EM<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div style="word-wrap:break-word">
Hi,<br>
<br>
We have a strange problem on one of our instruments (Titan Krios with Quantum-LS GIF and K2 Summit in counting mode).<br>
When recording images at low mag (1.04 A/px for the 4k images) and low-dose conditions of a partly devitrified sample, and compute the FFTs, we can see the 3.7A ice ring and also the second-order 2.1A ice ring, sometimes a third-order ring in the corners at
 1.7A resolution.<br>
We recently observed a resolution loss visible in the FFTs only in the vertical direction, shown by an amplitude decay in the upper and lower quarter of the FFTs. <br>
However, while the 3.7A ring shows that anisotropic resolution loss, the 2.1A ring is still isotropically present.  An example image is attached.<br>
<br>
Does anybody have an idea what could cause such a behavior?<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Henning.<br>
<br>
<br>
<br>
<div>Henning Stahlberg, PhD<br>
Prof. for Structural Biology, C-CINA, Biozentrum, University Basel<br>
Mattenstrasse 26 | D-BSSE | WRO-1058 | CH-4058 Basel | Switzerland<br>
<a href="http://c-cina.org" target="_blank">http://c-cina.org</a> | Tel. <a href="tel:+41%2061%20387%2032%2062" value="+41613873262" target="_blank">+41-61-387 32 62</a><br>
<br>
<br>
</div>
<img id="m_8971328581347250286066316CC-995C-4F56-A073-8679AD175598" src="cid:B7A95807-B089-4AE2-83FE-006601983C3B"></div>
</div>
</span>
</span></div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/<wbr>mailman/listinfo/3dem</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>