<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>
</head>
<body fpstyle="1" ocsi="0">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p>Hi Greg Alushin:</p>
<p><br>
</p>
<p>That would be very useful for us. Do you mind to share the link of the program? I would like to have a test for my images.</p>
<p><br>
</p>
<p>Thanks a lot.</p>
<p><br>
</p>
<p>Xiaodi<br>
</p>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> 3dem <3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu> on behalf of Alushin, Gregory (NIH/NHLBI) [E] <gregory.alushin@nih.gov><br>
<b>Sent:</b> Thursday, June 9, 2016 11:25:17 AM<br>
<b>To:</b> 3dem@ncmir.ucsd.edu<br>
<b>Subject:</b> Re: [3dem] Image processing from the gold grids</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">
<div dir="ltr" style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
Hi Xiaodi-
<div><br>
</div>
<div>Following up on Bob's comment, if you do have gold occupying a significant portion of your image (e.g. the edge of the hole), it can give you problems with image normalization and CTF estimation with standard practices (programs like CTFFIND).  We once
 collected a dataset where we had enough images of this type that I wrote a small program to try and salvage them.  It finds the mean and stdev of the pixel values in a central 1024 region of the image (which is assumed to be free of gold), then "removes" the
 gold by replacing pixels more than a certain stdev threshhold with random noise from a distribution that matches the statistics of the central 1024 region.  We were able to get OK CTF estimates from these images and they were good for picking particles.  Obviously
 you would want to actually extract particles from the original, unmodified images.</div>
<div><br>
</div>
<div>If you (or anyone else on this list) would find this useful, I'll put up a download link.</div>
<div><br>
</div>
<div>Good luck!</div>
<div>-Greg Alushin</div>
</div>
<div class="gmail_extra" style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
<br>
<div class="gmail_quote">On Thu, Jun 9, 2016 at 9:08 AM, Grassucci, Robert <span dir="ltr"><<a href="https://mail.nih.gov/owa/redir.aspx?REF=E7wSDmAL0YTVvEXRbevKHDT8SAFDhzC6wavn_J3wO7uKtiBNk5DTCAFtYWlsdG86cmcyNTAyQGN1bWMuY29sdW1iaWEuZWR1" target="_blank" style="color: rgb(17, 85, 204);">rg2502@cumc.columbia.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-style: solid; border-left-color: rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div lang="EN-US">
<p class="MsoNormal" style="margin-right: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);">Dear Xiaodi,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-right: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);">What you may be seeing is normalization/display  issue if the gold is a significant portion of your image. 
 Of course I am assuming that your ice is the same thickness in both types of grids.  In our hands the holey gold grids do seem to require a slightly longer blot time so that could also be the problem.  We have also noticed some gold particles on both the commercial
 and home-made holey gold grids but as long as it does not significantly alter the overall standard deviation it is not a problem .  I hope that helps you.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-right: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);">Best,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-right: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);">Bob<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-right: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-right: 0px; margin-left: 0px;"><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(181, 196, 223); padding: 3pt 0in 0in;">
<p class="MsoNormal" style="margin-right: 0px; margin-left: 0px;"><b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;">From:</span></b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif;"> 3dem [mailto:<a href="https://mail.nih.gov/owa/redir.aspx?REF=mxxKymzeYJOyWjWo1IzHgHPKt5DHNoaaa72qV3VgUSCKtiBNk5DTCAFtYWlsdG86M2RlbS1ib3VuY2VzQG5jbWlyLnVjc2QuZWR1" target="_blank" style="color: rgb(17, 85, 204);">3dem-bounces@ncmir.<wbr>ucsd.edu</a>] <b>On
 Behalf Of </b>Xiaodi Yu<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, June 08, 2016 11:27 PM<br>
<b>To:</b> <a href="https://mail.nih.gov/owa/redir.aspx?REF=YS4ivVCTTWDqwq7d12WKjQ_6nTSpt3Ehtxc3wvAMsWGKtiBNk5DTCAFtYWlsdG86M2RlbUBuY21pci51Y3NkLmVkdQ.." target="_blank" style="color: rgb(17, 85, 204);">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<b>Subject:</b> [3dem] Image processing from the gold grids<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-right: 0px; margin-left: 0px;"><u></u> <u></u></p>
<div>
<p><span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: black;"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<p><span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: black;">Dear All:<u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: black;"><u></u> <u></u></span></p>
<p><span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: black;">We have one dataset collected from the gold grids. We feel that the particle contrast from the gold grids is weaker comparing with the one from the regular carbon grids. We do find some gold particles
 in the images. So we wonder is it possible that these gold particles affect the image normalization/contrast? And is any prefilter or re-adjust the normalization of the images needed before we process the dataset? The last question is comparing with the carbon
 grids, do the gold grids prefer longer blotting time in order to get the thin ice?<u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: black;"><u></u> <u></u></span></p>
<p><span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: black;">This is the first time we collected the data from the gold grids. So any suggestion is welcome. Thank you in advanced.<u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: black;"><u></u> <u></u></span></p>
<p><span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: black;">Best ,<u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: black;"><u></u> <u></u></span></p>
<p><span style="font-family: Calibri, sans-serif; color: black;">Xiaodi<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="https://mail.nih.gov/owa/redir.aspx?REF=YS4ivVCTTWDqwq7d12WKjQ_6nTSpt3Ehtxc3wvAMsWGKtiBNk5DTCAFtYWlsdG86M2RlbUBuY21pci51Y3NkLmVkdQ.." target="_blank" style="color: rgb(17, 85, 204);">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.nih.gov/owa/redir.aspx?REF=OSPIbgQmznQIdxJMScrO8CD_XVkSk-gHtbFei0x_YmWKtiBNk5DTCAFodHRwczovL21haWwubmNtaXIudWNzZC5lZHUvbWFpbG1hbi9saXN0aW5mby8zZGVt" rel="noreferrer" target="_blank" style="color: rgb(17, 85, 204);">https://mail.ncmir.ucsd.edu/<wbr>mailman/listinfo/3dem</a></blockquote>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-style: solid; border-left-color: rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
</blockquote>
</div>
</div>
<div><br>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div>
<p class="p1">Gregory M. Alushin, Ph.D.<br>
Early Independent Scientist<br>
Laboratory of Macromolecular Interactions<br>
Cell Biology and Physiology Center, NHLBI<br>
Building 50, Room 4140<br>
T: (301)-496-6530<br>
E: alushing@mail.nih.gov</p>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px"><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>