<div dir="ltr"><div style="font-size:12.8px">Dear Structural Biologists:<br></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">We announce the release of a new version of our program package <b>SIMPLE (v2.1)</b> for single-particle cryo-EM <i>ab initio</i> 3D reconstruction.</div><div style="font-size:12.8px"> </div><div style="font-size:12.8px">Please note that the webpage has moved to <a href="http://www.simplecryoem.com/" target="_blank">www.simplecryoem.com</a>.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><u>New features include:</u></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><b>* PRIME2D:</b> A Stochastic Hill Climbing Approach for Simultaneous 2D Alignment and Clustering of cryo-EM images (DOI: <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.str.2016.04.006" target="_blank">http://dx.doi.org/10.1016/j.str.2016.04.006</a>) which</div><div style="font-size:12.8px">  (1) generates improved 2D class averages from large single-particle cryo-EM datasets</div><div style="font-size:12.8px">  (2) can be used in conjunction with PRIME3D to obtain a reliable 3D starting model in a rapid and unbiased fashion</div><div style="font-size:12.8px">  (3) overcomes inherent limitations in widely used clustering approaches</div><div style="font-size:12.8px">  (4) is many times faster than other widely used approaches</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><b>* PRIME3D:</b> ~150-fold speedup as compared to the previously released version. This was accomplished using new theory for fast rotational matching of polar Fourier transforms based on Hadamard products calculated using a re-organised and highly parallelizable data structure. The paper is not yet published, but we decided to nevertheless release the code since we anticipate that the massive speedup of PRIME3D will have major impacts for our users. For example, less than 10,0000 particles downscaled to around 100x100 pixels can feasibly be processed on a modern laptop equipped with an Intel i5 or i7 processor. We executed an <i>ab initio</i> 3D reconstruction run using PRIME3D on half a million images downscaled to 64x64 pixels in less than 5 hours on a cluster with 224 CPU cores (Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2670 0 @ 2.60GHz).</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><b>* MRC file format support.</b> The file handling classes are shared with the Frealix program for helical reconstruction.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><b>* Improved manuals</b> and easier to use command line-based front-end.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><b>* Extended automatic unit test suite </b>(executed via the optional "make check").</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><u>Our next release (SIMPLE 3.0) is planned for January 2017 and will include:</u></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">* GPU accelerated motion correction</div><div style="font-size:12.8px">* GPU accelerated PRIME2D/3D</div><div style="font-size:12.8px">* GPU accelerated multiparticle 3D reconstruction</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">We thank our beta testers for their constructive feedback. If you need help installing SIMPLE, optimising its execution for your computer architecture or experience any problems or bugs please use the contact form on the webpage (<a href="http://www.simplecryoem.com/" target="_blank">www.simplecryoem.com</a>) to file a help ticket. We will endeavour to respond within two days.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Happy image processing!</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><b>The SIMPLE team:</b></div><div style="font-size:12.8px">Sarah N Le</div><div style="font-size:12.8px">Cyril F Reboul</div><div style="font-size:12.8px">Frederic Bonnet</div><div style="font-size:12.8px">Dominika & Hans Elmlund</div><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><p style="font-size:12pt;margin-bottom:0px;margin-top:24px;line-height:24px;font-family:'times new roman',serif;color:rgb(96,102,109)"><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small;line-height:normal">-- </span><br style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small;line-height:normal"></p><div style="line-height:normal;font-size:small"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="arial narrow, sans-serif"><span style="font-size:12.8px"><b>HANS ELMLUND PhD </b>                </span><br></font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif">Associate Professor</font></div><div dir="ltr"><font face="arial narrow, sans-serif"><br></font></div><div dir="ltr"><font face="arial narrow, sans-serif"><b>ARC Centre of Excellence for Advanced Molecular Imaging</b></font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif"><b>Dept. of Biochemistry and Molecular Biology</b></font></div><div dir="ltr"><font face="arial narrow, sans-serif">Monash University</font></div><div dir="ltr"><font face="arial narrow, sans-serif">Room 228, Level 2, Building 77, Clayton Campus</font></div><div dir="ltr"><div><font face="arial narrow, sans-serif">23 Innovation Walk</font></div><div><font face="arial narrow, sans-serif">Clayton VIC 3800 </font></div><div dir="ltr"><font face="arial narrow, sans-serif">Australia</font></div></div><div dir="ltr"><font face="arial narrow, sans-serif"><br></font></div><div dir="ltr"><font face="arial narrow, sans-serif">T: +61 399029310                  </font></div><div dir="ltr"><font face="arial narrow, sans-serif">M: +61 (0)45271213</font></div><div dir="ltr"><font face="arial narrow, sans-serif">E: <a href="mailto:hans.elmlund@monash.edu" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">hans.elmlund@monash.edu</a></font></div><div dir="ltr"><a href="http://simplecryoem.com/" style="font-size:12.8px" target="_blank">simplecryoem.com</a></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>