<p dir="ltr">Dear Roman & Misha,</p>
<p dir="ltr">Thank you both for pointing out your respective papers regarding the subdivision of Fourier space by shells & cones in order to estimate resolution anisotropy.</p>
<p dir="ltr">Follow up questions:</p>
<p dir="ltr">1) are you concerned with the effect of undersampling an already sparse transform (particularly in the case of the tomogram work?)</p>
<p dir="ltr">Roman - you report use of 200 cones. Did you try other numbers, and what did you observe; I would guess the overall pattern to be very similar with different "resolution" values?</p>
<p dir="ltr">2) both papers reference resolution comparing in either pixel^-1 or nm^-1. Depending on your answer to question 1, do you think this is appropriate, or would a relative measure (scale the highest to 1) perhaps be a better representation.</p>
<p dir="ltr">3) Neither presentation seemed to reflect friedel symmetry. While your choice of cone axis could result in asymmetric sampling, I find this curious. Comments? </p>
<p dir="ltr">Thanks again! </p>
<p dir="ltr">Benjamin Himes<br><br></p>
<p dir="ltr">Dear Benjamin,</p>
<p dir="ltr"> </p>
<p dir="ltr">We recently published a paper on how to measure the anisotropy in electron tomograms (<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25843950">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25843950</a>). Though we did not test this on subtomogram averages it might be useful to have a look at the paper (in case you did not do that yet).</p>
<p dir="ltr"> </p>
<p dir="ltr">Best regards,</p>
<p dir="ltr"> </p>
<p dir="ltr">Roman</p>
<p dir="ltr"> </p>
<p dir="ltr"><b>Dr. R.I.Koning (Roman)</b></p>
<p dir="ltr"> </p>
<p dir="ltr">Department of Cell Biology, Leiden University Medical Center</p>
<p dir="ltr">Postal Zone S1-P, P.O.Box 9600, 2300 RC Leiden, The Netherlands</p>
<p dir="ltr"><b>visiting address</b>: Einthovenweg 20, Building 2, zone S1-P, room R-90-20</p>
<p dir="ltr"><b>tel.</b> (31) 71 526 9296<b> fax.</b><a href="tel:%28%2B31%29%2071%20526%208270"> (+31) 71 526 8270</a><b> mail.</b><a href="mailto:r.i.koning@lumc.nl"> r.i.koning@lumc.nl</a><b> web.</b><a href="http://electronmicroscopy.lumc.nl"> electronmicroscopy.lumc.nl</a></p>
<p dir="ltr"> </p>
<p dir="ltr">Netherlands Centre for Electron Nanoscopy, Institute Biology Leiden, Leiden University</p>
<p dir="ltr"><b>visiting address:</b> Einsteinweg 55, 2333 RC Leiden, The Netherlands, room 05.11</p>
<p dir="ltr"><b>tel.</b> (31) 71 527 1423<b> mail.</b><a href="mailto:r.i.koning@biology.leidenuniv.nl"> r.i.koning@biology.leidenuniv.nl</a><b> web.</b><a href="http://www.necen.nl"> www.necen.nl</a></p>
<p dir="ltr"> </p>
<p dir="ltr"> </p>
<p dir="ltr"><b>From:</b> 3dem [mailto:<a href="mailto:3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu">3dem-bounces@ncmir.ucsd.edu</a>]<b> On Behalf Of</b> Benjamin Himes<br>
<b>Sent:</b> maandag 24 augustus 2015 15:44<br>
<b>To:</b><a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu"> 3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<b>Subject:</b> [3dem] Anisotropic resolution</p>
<p dir="ltr"> </p>
<p dir="ltr">Dear colleagues,</p>
<p dir="ltr">I hate to stir the pot on the resolution discussion, however, I have a question regarding any progress on analyzing the anisotropy potentially present in a 3d em map.</p>
<p dir="ltr">Aside from some discussion on 3d ssnr, particularly by P.P. and a recent paper on 3d covariance estimation from J.F. Has anybody tried to implement a concrete way of assessing this issue?</p>
<p dir="ltr">I am particularly concerned with maps generated from subTomogram averaging and classification: even with an angular distribution that is well sampled, I am concerned about the fact that cumulative dose, and increased sample thickness on tilting create a situation where the individual projections do not have equivalent SNR and therefore a simple plot of angular distributions would not accurately reflect the quality of the sampling in Fourier space.</p>
<p dir="ltr">It seems a 3d SSNR might work, but the interpretation of such a plot, beyond its "potato" like quality, even in terms of the eigenvalues of the principle axes is not immediately clear to me.</p>
<p dir="ltr">Many thanks,</p>
<p dir="ltr">Benjamin Himes</p>