<div dir="ltr"><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Dear Benjamin, Dear colleagues, </span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><br></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I think it is rather simple to estimate
resolution anisortopy using Fourier Shell Correlation within cones in Fourier
space pointing to different directions. For each cone you can estimate the
resolution (using an FSC threshold) and visualize resolutions for each cone on
a unit sphere. We had a bovine respirasome molecule with preferential orientation on an EM grid (<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21876144">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21876144</a>).
The resulting structure had an anisortopic resolution which we estimated in
Supplementary Figure 1 of that paper.</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><br></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">If the two half-maps are statistically
independent a lower threshold could be used. This is easy to program; we did
this with an early version of Dynamo (Daniel Castano-Diez programmed it)</span>, but any software or a validation server
may have such functionality.</p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><br></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Best regards,</span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Misha</span></p></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-08-24 15:44 GMT+02:00 Benjamin Himes <span dir="ltr"><<a href="mailto:himes.benjamin@gmail.com" target="_blank">himes.benjamin@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><p dir="ltr">Dear colleagues,</p>
<p dir="ltr">I hate to stir the pot on the resolution discussion, however, I have a question regarding any progress on analyzing the anisotropy potentially present in a 3d em map.</p>
<p dir="ltr">Aside from some discussion on 3d ssnr, particularly by P.P. and a recent paper on 3d covariance estimation from J.F. Has anybody tried to implement a concrete way of assessing this issue? </p>
<p dir="ltr">I am particularly concerned with maps generated from subTomogram averaging and classification: even with an angular distribution that is well sampled, I am concerned about the fact that cumulative dose, and increased sample thickness on tilting create a situation where the individual projections do not have equivalent SNR and therefore a simple plot of angular distributions would not accurately reflect the quality of the sampling in Fourier space.</p>
<p dir="ltr">It seems a 3d SSNR might work, but the interpretation of such a plot, beyond its "potato" like quality, even in terms of the eigenvalues of the principle axes is not immediately clear to me.</p>
<p dir="ltr">Many thanks,</p>
<p dir="ltr">Benjamin Himes</p>
<br>_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><span><font color="#888888">Misha Kudryashev, PhD<br>Biozentrum, University of Basel<br>Mattenstrasse 26<br>CH-4058 Basel, Switzerland<br>tel: <a value="+41613873232">+41 61 387 32 32</a><br>
<a href="mailto:email%3Amikhail.kudryashev@unibas.ch" target="_blank">email:mikhail.kudryashev@unibas.ch</a><br>web: <a href="http://www.c-cina.unibas.ch/" target="_blank">www.c-cina.unibas.ch</a></font></span></div></div>
</div>