<p dir="ltr">Dear colleagues,</p>
<p dir="ltr">I hate to stir the pot on the resolution discussion, however, I have a question regarding any progress on analyzing the anisotropy potentially present in a 3d em map.</p>
<p dir="ltr">Aside from some discussion on 3d ssnr, particularly by P.P. and a recent paper on 3d covariance estimation from J.F. Has anybody tried to implement a concrete way of assessing this issue? </p>
<p dir="ltr">I am particularly concerned with maps generated from subTomogram averaging and classification: even with an angular distribution that is well sampled, I am concerned about the fact that cumulative dose, and increased sample thickness on tilting create a situation where the individual projections do not have equivalent SNR and therefore a simple plot of angular distributions would not accurately reflect the quality of the sampling in Fourier space.</p>
<p dir="ltr">It seems a 3d SSNR might work, but the interpretation of such a plot, beyond its "potato" like quality, even in terms of the eigenvalues of the principle axes is not immediately clear to me.</p>
<p dir="ltr">Many thanks,</p>
<p dir="ltr">Benjamin Himes</p>