<div dir="ltr">My god, I do not know how we get into these debates by email.....<div><br></div><div>Just on Ed email, indeed it is a measure of reproducibility, calculated by splitting the data sets into two parts...... However, have you thought how many different ways one has of splitting a data set of N samples into two of N/2 samples?. Quite a few. Naturally, this introduces another layer of statistics in the interpretation of that measure. We did some simple tests with very reduced data sets in the work below. Surely it could be done much better now</div><div><br></div><div>With best wishes..JM<br><div><br></div><div><span style="font-family:'Times New Roman',serif;font-size:16px">L. G. de la Fraga, J. Dopazo and J. M. Carazo. Confidence Limits for Resolution Estimation in Image Averaging by Random Subsamplig, Ultramicroscopy 60 (1995) pp. 385-391</span><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 12, 2015 at 3:26 PM, Edward Egelman <span dir="ltr"><<a href="mailto:egelman@virginia.edu" target="_blank">egelman@virginia.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Since Marin brought up the can of worms metaphor, let me just add my
    own two bits: FSC has never been a measure of resolution (in the
    Rayleigh sense of an instrument's ability two resolve two points)
    but has been a measure of self-consistency. One can then argue about
    the statistics of this measure, but please keep in mind that this
    still does not address the problem that one is still using this to
    estimate what is reproducible in a reconstruction and what is noise.
    This becomes most obvious if this measure is applied to a structure
    where symmetry has been imposed, but I believe that it is perfectly
    general. If one imposes the wrong symmetry, one can still measure a
    self-consistency between two different reconstructions, but this has
    no reality in terms of actual resolution (Egelman, eLife, 2015).<br>
    Regards,<br>
    Ed<br>
    <br>
    <div>On 8/12/15 8:51 AM, Frank, Joachim
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      
      <div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">IT DOESN'T.
        <div><br>
        </div>
        <div>Joachim.</div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    <div>-- <br>
      
      
      <br>
      <div><br>
        
        
        
        
        
        
        
        
        
        
        
        
        <div>
          <p class="MsoNormal">Edward H. Egelman, Ph.D.<u></u><u></u></p>
          <p class="MsoNormal">Professor<u></u><u></u></p>
          <p class="MsoNormal">Dept. of Biochemistry and Molecular
            Genetics<u></u><u></u></p>
          <p class="MsoNormal">University of Virginia<u></u><u></u></p>
          <p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
          <p class="MsoNormal">President<u></u><u></u></p>
          <p class="MsoNormal">Biophysical Society<u></u><u></u></p>
          <p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
          <p class="MsoNormal">phone: <a href="tel:434-924-8210" value="+14349248210" target="_blank">434-924-8210</a><u></u><u></u></p>
          <p class="MsoNormal">fax: <a href="tel:434-924-5069" value="+14349245069" target="_blank">434-924-5069</a><u></u><u></u></p>
          <p class="MsoNormal"><a href="mailto:egelman@virginia.edu" target="_blank">egelman@virginia.edu</a><u></u><u></u></p>
          <p class="MsoNormal"><a href="http://www.people.virginia.edu/%7Eehe2n" target="_blank"></a><a href="http://www.people.virginia.edu/~ehe2n" target="_blank">http://www.people.virginia.edu/~ehe2n</a><u></u><u></u></p>
          <br>
        </div>
      </div>
    </div>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
3dem mailing list<br>
<a href="mailto:3dem@ncmir.ucsd.edu">3dem@ncmir.ucsd.edu</a><br>
<a href="https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.ncmir.ucsd.edu/mailman/listinfo/3dem</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">Dr. Jose-Maria Carazo<br>Biocomputing Unit, Head, CNB-CSIC<br>Spanish National Center for Biotechnology<br>Cell: +34639197980<br></div>
</div>