Thank you to everyone that has replied...<div><br></div><div>My LD focus magnification is the same as the LD exposure...a common question.</div><div><br></div><div>Some suggestions I will try include...</div><div><br><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">1.  "Image Shifts SA" alignment applies an automatic correction to each SA magnification to make focus difference small between all SA magnifications:</span></font></div><div><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br></span></font></div><div><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">2.  </span><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">There is an option in low dose to take a defocus series.  Make sure that that is not activated.  It is designed to take an exposure at a certain defocus from where you set it in focus mode.  </span></font></div><div><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br></span></font></div><div><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">3.  <span></span></span><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">check beam shift pivot point alignment to make sure the track ball is shifting the beam instead of tilting the beam. </span></font></div><div><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br></span></font></div><div><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">4.  <span></span></span><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"> redo your parfocal alignment. </span></font></div><div><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br></span></font></div><div><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">5. <span></span></span><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"> check that the Alignment parameter “Image Shift and Focus” at the magnifications </span></font></div><div><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br></span></font></div><div><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">6.  <span></span><span></span></span><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">Is the eucentric focus preset at real "zero" focus as well? If you do leave the normalization "on" for the lenses when switching form focus to exposure, and the eucentric focus preset is off by, say, two microns, then that's the cause of what you're observing ...</span></font></div><div><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br></span></font></div><div><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">7.  </span><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"> in the alignment procedures there is a magnification dependent defocus step which often is neglected.</span></font></div><div><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br></span></font></div><div><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">I will report back on what worked (probably later this week)...thanks again for all the suggestions.</span></font></div><div><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br></span></font></div><div><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">Sincerely,<span></span></span></font></div><div><font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">Tommi</span></font></div><div><font size="2"><span><br></span></font></div><div><font size="2"><span><br></span></font>On Monday, April 27, 2015, Tommi White <<a>whitetommi@gmail.com</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div><div>Dear 3DEM.<br><br>Perhaps the community can assist with this issue we are struggling with.  In Low Dose on our Tecnai F30, the Low Dose focus image has a different defocus value (using FFT) versus Low Dose Exposure. <br><br>I have been checking this on a relatively flat cross-grating (not cryo) specimen.  I set LD exposure to be zero defocus (with focus knob), but when I switch over to LD focus (~ 3 micron away on tilt axis) the image is defocused (~ -2 micron).  <br><br>I believe there is some 200 kV procedure alignment that must not be set properly - but am not quite sure which one...any suggestions on what to tweak to get this exposure/focus area reflecting the same defocus?<br><br></div>Thanks for any suggestions...<br></div>Tommi<br><br></div>Tommi A. White, Ph.D.<br></div>Associate Director, Electron Microscopy Core Facility<br></div>Assistant Professor of Biochemistry<br></div>University of Missouri<br></div>W125 Veterinary Medicine<br></div>Columbia, MO 65211<br></div>573-882-8304<br><a href="http://emc.missouri.edu" target="_blank">http://emc.missouri.edu</a><br><br></div>
</blockquote></div>